Alvaro Caminha založil Svätý Tomáš v roku 1493. Portugalci prišli do So Tomé v snahe získať pôdu z cukrovej trstiny. Pred príchodom Portugalcov v roku 1470 bol ostrov neobývaný. Tomé bol teda blízko pri rovníku a bolo tam dosť vlhko na to, aby sa cukrová trstina rozrástla.
Jeho blízkosť k africkému kráľovstvu Kongo ponúkala v budúcnosti zásobu otrockej práce pre cukrové plantáže.
Mesto Svätý Tomáš je postavené okolo katedrály zo šestnásteho storočia. Fort So Sebastio, ktorá bola dokončená v roku 1575 a teraz je Národným múzeom So Tomé, je ďalšou ranou stavbou.
Mesto a ostrovy sa na dva dni zmocnili Holanďania v roku 1599, potom opäť na rok v roku 1641. Bolo hlavným mestom portugalskej kolónie Svätý Tomáš a Princov ostrov a od roku 1975 hlavným mestom nezávislej krajiny Svätý Tomáš. Tomé a Principe.
Podnebie Svätého Tomáša je tropické, vlhké a suché, s dlhým obdobím dažďov a krátkym obdobím sucha.
Obdobie dažďov trvá od októbra do mája, zatiaľ čo obdobie sucha trvá nasledujúce štyri mesiace.
Teploty v meste sú celkom konzistentné, s priemernými maximami 30 stupňov Celzia (86 stupňov Fahrenheita) a priemernými minimami 22 stupňov Celzia (72 stupňov Fahrenheita).
S. Tomé sa nachádza v zálive Ana Chaves na severovýchode ostrova Svätý Tomáš a je dôležitým prístavom a Ilhéu das Cabras sa nachádza pri pobreží. Tomé teda leží severozápadne od Santany, severovýchodne od Trindade a juhovýchodne od Guadalupe. S týmito osadami ho spája množstvo ciest, z ktorých najdôležitejšia je diaľnica, ktorá obkolesuje celý ostrov So Tomé. S Kapverdmi ho spája týždenná loď.
