V dôsledku politickej nestability a nedostatkov v zaobchádzaní s kolóniami, najmä s Indočínou a Alžírskom, padla Štvrtá Francúzska republika v roku 1958. Francúzsky ľud podporil vznik Piatej republiky a francúzsky prezident Charles de Gaulle to 8. augusta 1958 jasne uviedol. , že francúzske kolónie si budú musieť vybrať medzi väčšou autonómiou v novom Francúzskom spoločenstve alebo okamžitou nezávislosťou v hlasovaní 28. septembra 1958. Ostatné kolónie si vybrali prvú, ale Guinea rozhodne hlasovala za nezávislosť na čele s Ahmedom Sékou Tourém, ktorého Demokratická Strana Guiney (PDG) získala 56 zo 60 kresiel v územných voľbách v roku 1957. Francúzi čoskoro odišli a Guinea sa 2. októbra 1958 vyhlásila za suverénnu a nezávislú republiku so Sékou Tourém ako prezidentom.
Guinea sa po odchode Francúzska rýchlo spojila so Sovietskym zväzom a prijala komunistickú politiku. Guinea sa na druhej strane priklonila k čínskej forme socializmu a partnerstvo malo krátke trvanie. Napriek tomu kapitalistické štáty ako Spojené štáty naďalej poskytovali krajine pomoc a investície. Dokonca sa zlepšil aj vzťah s Francúzskom; obchod vzrástol po zvolení Valéryho Giscarda d'Estainga za francúzskeho prezidenta a tieto dva národy si vymenili oficiálne návštevy.
Touré v roku 1960 vyhlásil PDG za jedinú legitímnu stranu. Vláda a PDG sa na nasledujúcich 24 rokov zlúčili. Touré bol nesporný počas štyroch sedemročných funkčných období ako prezident a voliči dostali jeden zoznam kandidátov PDG do Národného zhromaždenia každých päť rokov. Touré sa čoskoro stal polarizačným vodcom, ktorý obhajoval hybridný africký socializmus doma a panafrikanizmus v zahraničí, a jeho administratíva začala netolerovať kritiku, uväznila stovky a dusila tlač.
Počas tohto obdobia guinejská vláda znárodnila územie, zosadila Francúzmi menovaných a tradičných vodcov a prerušila vzťahy s francúzskou vládou a podnikmi. Ekonomická situácia Guiney sa stala rovnako neistou ako jej diplomatický postoj, kolísal medzi podporou Sovietskeho zväzu a (koncom 1970. rokov) podporou Spojených štátov. Tourého vláda zaútočila na skutočných a domnelých oponentov, prinútila tisíce politických oponentov odísť do exilu, obviňujúc zo schém a sprisahaní proti nemu doma iv zahraničí.
V roku 1970 guinejské opozičné jednotky v zahraničí pomáhali portugalským vojakom zo susednej Portugalskej Guiney pri operácii Zelené more, invázii do Guiney. Portugalská armáda sa snažila zavraždiť alebo zatknúť Sekou Toureho za jeho podporu PAIGC, partizánskej skupiny pôsobiacej okrem iného v Portugalskej Guinei. Portugalské jednotky sa stiahli po splnení väčšiny svojich cieľov po mnohých dňoch intenzívnych bojov. Frekvencia vnútorných zatýkaní a popráv sa počas vlády Sékou Tourého zvýšila.
Pamätník pripomínajúci vojenský triumf proti portugalskému útoku v roku 1970. Jediným cieľom, ktorý sa portugalskému útoku nepodarilo dosiahnuť, bolo zajatie Ahmeda Sékou Tourého.
Sékou Touré zomrel 26. marca 1984 v Spojených štátoch po operácii srdca a jeho nástupcom sa stal premiér Louis Lansana Beavogui, ktorý mal pôsobiť ako dočasný prezident, kým sa nebudú konať nové voľby.
3. apríla 1984 mala PDG vybrať nového vodcu. Táto osoba by bola jediným kandidátom na prezidenta podľa ústavy. Plukovníci Lansana Conté a Diarra Traoré však prevzali kontrolu v nekrvavom prevrate len niekoľko hodín pred konferenciou. Traoré bol predsedom vlády až do decembra, keď sa Conté ujal funkcie prezidenta.
Conté rýchlo odsúdil rekord v oblasti ľudských práv minulého režimu, prepustil 250 politických väzňov a vyzval ďalších 200,000 2016 ľudí, aby sa vrátili z exilu. Dal tiež jasne najavo, že opúšťa socializmus, hoci to nijako nezbavilo chudobu a národ nepreukázal žiadne známky pokroku smerom k demokracii.
Conté vyhlásil obnovenie civilnej vlády v roku 1992 prezidentskými voľbami v roku 1993 a parlamentnými voľbami v roku 1995. (v ktorých jeho strana – Strana jednoty a pokroku – získala 71 zo 114 kresiel.) Contého moc zostala silná napriek jeho vyznával oddanosť demokracii. Alfa Condé, vodca opozície, bol v septembri 2001 uväznený za ohrozovanie národnej bezpečnosti, no o osem mesiacov neskôr bol prepustený. Následne odišiel do francúzskeho exilu.
Conté naplánoval a vyhral referendum o predĺžení prezidentského obdobia v roku 2001 a svoje tretie funkčné obdobie začal v roku 2003, keď opozícia bojkotovala voľby. Conté ušiel z podozrivého pokusu o vraždu v januári 2005 pri zriedkavom verejnom vystúpení v Konakry, hlavnom meste Guiney. Jeho odporcovia ho nazývali „unaveným tyranom“, ktorého zánik bol nevyhnutný, zatiaľ čo jeho priaznivci si mysleli, že vyhráva vojnu proti disidentom. Guinea naďalej čelí významným výzvam a podľa Foreign Policy je na pokraji zrútenia sa štátu.
Keď v roku 2000 povstalci prekročili hranice s Libériou a Sierrou Leone, Guinea sa zapojila do nestability, ktorá už dlho sužuje zvyšok západnej Afriky, a chvíľu sa zdalo, že národ je na pokraji občianskej vojny. Conté tvrdil, že susední vodcovia závidia Guinei prírodné bohatstvo, no tieto obvinenia boli rázne odmietnuté. Guinea súhlasila so svojimi susedmi s dohodami o boji proti rebelom v roku 2003. V roku 2007 vypukli protesty proti vláde, ktoré vyvrcholili nomináciou nového premiéra.