Ako prvé sa v regióne usadili Pygmejské národy. Ako sa pohybovali, kmene Bantu ich hlavne vytláčali a asimilovali.
Prví Európania prišli v 15. storočí. V Gabone vznikla v 18. storočí myensky hovoriaca monarchia známa ako Orungu.
Bartholomew Roberts, waleský pirát známy ako Black Bart, zahynul na mori pri pobreží Cape Lopez 10. februára 1722. V rokoch 1719 až 1722 útočil na lode pozdĺž pobrežia Ameriky a západnej Afriky.
V roku 1875 prvú expedíciu do regiónu Gabon-Kongo uskutočnil francúzsky dobrodruh Pierre Savorgnan de Brazza. Založil Franceville a následne pôsobil ako koloniálny guvernér. Keď Francúzsko v roku 1885 formálne dobylo Gabon, mnoho kmeňov Bantu sídlilo v oblasti, ktorá je dnes Gabonom.
Gabon sa pripojil k štyrom regiónom Francúzskej rovníkovej Afriky v roku 1910 a vytvoril federáciu, ktorá trvala do roku 1959. 17. augusta 1960 tieto regióny získali nezávislosť. Léon M'ba bol prvým prezidentom Gabonu, zvoleným v roku 1961, spolu s Omarom Bongom Ondimbou za jeho viceprezidenta.
Po M'bovom nástupe k moci bola tlač potlačená, politické zhromaždenia boli zakázané, sloboda prejavu bola obmedzená, ostatné politické strany boli postupne vytláčané z moci a ústava bola upravená podľa francúzskych línií, aby udelila moc prezidentovi, ktorý M'ba vzal. Keď M'ba v januári 1964 rozpustil Národné zhromaždenie, aby nastolil vládu jednej strany, armádny prevrat sa ho pokúsil zosadiť a obnoviť parlamentnú demokraciu. Do 24 hodín dorazili francúzski výsadkári, aby obnovili moc M'ba.
Napriek masívnym demonštráciám a nepokojom sa prevrat po niekoľkých dňoch bojov skončil a opozícia bola uväznená. Dodnes sú francúzske jednotky umiestnené v Camp de Gaulle na okraji mesta Gabon. Bongo prevzal funkciu prezidenta, keď M'Ba zomrel v roku 1967.
Bongo vyhlásil Gabon za štát jednej strany v marci 1968, rozpustil BDG a založil Parti Democratique Gabonais (PDG). Privítal všetkých Gabončanov, aby sa pripojili, bez ohľadu na ich minulú politickú oddanosť. Bongo použil PDG ako prostriedok na utopenie regionálnych a kmeňových konfliktov, ktoré predtým rozdelili gabonskú politiku s cieľom vytvoriť jednotné národné hnutie v prospech rozvojových cieľov vlády. Vo februári 1975 bol Bongo zvolený za prezidenta; v apríli 1975 bolo podpredsedníctvo zrušené a nahradené predsedníctvom vlády, ktoré nemalo žiadne automatické nástupnícke práva. Bongo bol opätovne zvolený na 7-ročné funkčné obdobie za prezidenta v decembri 1979 a novembri 1986.
Študenti a robotníci organizovali násilné protesty a štrajky na začiatku 1990. rokov, podnecované ekonomickou nespokojnosťou a túžbou po politickej reforme. Spoločnosť Bongo pracovala so zamestnancami podľa jednotlivých sektorov v reakcii na ich sťažnosti a výrazne znížila mzdy. Povedal tiež, že otvorí PDG a usporiada národnú politickú konferenciu v marci až apríli 1990 na diskusiu o budúcej politickej štruktúre Gabonu. Na schôdzi sa zúčastnilo PDG a 74 politických skupín. Vládna PDG a jej stúpenci boli rozdelení do dvoch voľných koalícií, Spojeného frontu opozičných združení a strán, medzi ktoré patrili odštiepenec Morena Fundamental a Gabonská strana pokroku.
Konferencia v apríli 1990 schválila významné politické zmeny, vrátane zriadenia národného Senátu, decentralizácie rozpočtového procesu, slobody zhromažďovania a tlače a odstránenia potreby výjazdových víz. Bongo odstúpil z funkcie predsedu PDG v snahe viesť prechod politického systému k demokracii s viacerými stranami a bola vytvorená prechodná administratíva vedená novým premiérom Casimirom Oye-Mba. Výsledná administratíva, známa ako Gabonské sociálnodemokratické zoskupenie (RSDG), bola menšia ako predchádzajúca a vo svojom kabinete mala členov rôznych opozičných skupín. V máji 1990 RSDG vytvorilo dočasnú ústavu, ktorá obsahovala základnú listinu práv a nezávislé súdnictvo, ale dala prezidentovi široké administratívne právomoci. Tento dokument vstúpil do platnosti v marci 1991 po dodatočnom preskúmaní ústavným výborom a Národným zhromaždením.
Opozícia voči PDG však pretrvávala aj po stretnutí v apríli 1990 a dva pokusy o prevrat boli odhalené a zmarené v septembri 1990. Napriek protivládnym protestom po nečakanej smrti lídra opozície získala PDG silnú väčšinu v prvej viacstrannej Národnej Voľby do parlamentu za takmer 30 rokov v septembri až októbri 1990.
Po znovuzvolení prezidenta Omara Bonga s 51 % hlasov v decembri 1993 opoziční kandidáti odmietli prijať výsledky. Po vážnych občianskych nepokojoch sa vláda a opozičné skupiny dohodli, že budú pracovať na politickom riešení. Tieto diskusie vyústili do Parížskych dohôd, ktoré boli podpísané v novembri 1994 a zahŕňali mnohých opozičných lídrov vo vláde národnej jednoty. Toto usporiadanie sa však rýchlo rozpadlo a parlamentné a komunálne voľby v rokoch 1996 a 1997 pripravili pôdu pre návrat k partizánskej politike. PDG jednoznačne zvíťazila v parlamentných voľbách, no v komunálnych voľbách v roku 1997 boli v mnohých veľkých mestách vrátane Libreville zvolení opoziční starostovia.
V decembri 1998 prezident Omar Bongo prešiel k znovuzvoleniu s obrovskou väčšinou hlasov, a to aj napriek rozpoltenej opozícii. Napriek početným údajným anomáliám viacerí zahraniční pozorovatelia označili výsledky za reprezentatívne a voľbám v roku 1993 predchádzali žiadne násilné nepokoje. PDG a pridružení nezávislí predstavitelia takmer úplne kontrolovali Národné zhromaždenie po pokojných, ale neúspešných parlamentných voľbách v rokoch 2001 – 2002, ktoré bojkotovalo množstvo menších opozičných strán a prísne odsúdené za administratívne nedostatky. Prezident Omar Bongo bol znovuzvolený v novembri 2005 na šieste funkčné obdobie. Bol pohodlne znovu zvolený, hoci oponenti tvrdia, že voľby boli sužované nezrovnalosťami. Po oznámení jeho víťazstva došlo k niekoľkým násilným incidentom, ale Gabon zostal celkovo pokojný.
V decembri 2006 sa uskutočnili nové voľby do Národného zhromaždenia. Ústavný súd zrušil mnohé kreslá, ktoré boli napadnuté z dôvodu nezrovnalostí pri hlasovaní, ale PDG si ponechalo kontrolu nad Národným zhromaždením v druhom kole volieb začiatkom roku 2007.
Prezident Omar Bongo zomrel na zástavu srdca 8. júna 2009 v španielskej nemocnici v Barcelone, čo signalizovalo začiatok novej éry v gabonskej politike. Rose Francine Rogombé, predsedníčka Senátu, bola v súlade s revidovanou ústavou 10. júna 2009 vymenovaná za dočasnú prezidentku. Dňa 30. augusta 2009 sa uskutočnili prvé súťažné voľby v histórii Gabonu bez Omara Bonga ako kandidáta s 18 kandidátmi na prezidenta. Pred voľbami sa konalo niekoľko menších demonštrácií, ale bez väčších problémov. Po trojtýždňovej kontrole ústavným súdom bol za víťaza oficiálne vyhlásený syn Omara Bonga, šéf vládnej strany Ali Bongo Ondimba; jeho inaugurácia sa konala 16. októbra 2009.
Mnoho opozičných kandidátov tvrdilo, že volebné podvody boli podvodné, a prvé zverejnenie výsledkov volieb vyvolalo nezvyčajne násilné demonštrácie v Port-Gentil, druhom najväčšom meste krajiny a dlhodobou baštou odporu voči správe PDG. Obyvatelia Port-Gentil sa ponáhľali do ulíc a podpálili množstvo podnikov a domov vrátane francúzskeho konzulátu a miestnej väznice. Podľa oficiálnych údajov boli pri nepokojoch zabití iba štyria ľudia, no opozícia a miestni lídri tvrdia, že ich bolo oveľa viac. Na pomoc bojujúcej polícii boli do Port-Gentil vyslaní žandári a armáda a na viac ako tri mesiace bol uvalený zákaz vychádzania.
V júni 2010 sa uskutočnili čiastočné parlamentné voľby. Prvýkrát sa zúčastnila novovytvorená koalícia strán Union Nationale (OSN). Prebehlíci z PDG, ktorí vystúpili zo strany po smrti Omara Bonga, tvoria väčšinu OSN. PDG získala tri z piatich kresiel, v ktorých sa tvrdo bojovalo, kým OSN dve; obe strany si pripísali víťazstvo.