Oblasť okolo Džibutska bola osídlená už od obdobia neolitu. Lingvisti sa domnievajú, že približne v tomto časovom období do oblasti migrovali prví afroázijci hovoriaci ľudia z domnelého rodinného urheimatu („pôvodnej vlasti“) v údolí Nílu alebo na Blízkom východe. Iní veria, že afroázijská jazyková rodina vznikla in situ v Africkom rohu a ľudia sa odtiaľ šírili.
V Asa Koma, vnútrozemskej jazernej oblasti na planine Gobaad, bola objavená keramika pochádzajúca z polovice druhého tisícročia. Keramika z lokality obsahuje bodkované a prerezané geometrické vzory, ktoré sú porovnateľné s keramikou fázy 1 kultúry Sabir z Ma'layba v južnej Arábii. V Asa Koma sa tiež našli kosti bezhrbých kráv s dlhými rohmi, čo naznačuje, že domestikovaný dobytok existoval asi pred 3,500 2016 rokmi. V Dorra a Balho je ďalšie skalné umenie zobrazujúce antilopy a žirafy.
Množstvo antropomorfných a falických stél možno nájsť aj medzi mestom Džibuti a Loyadou. Konštrukcie nadväzujú na pravouhlé hrobky ohraničené zvislými doskami, ktoré boli objavené aj v strednej Etiópii. Stély v Džibuti-Loyade sú neznámeho staroveku a niektoré z nich majú znak v tvare T.
Džibutsko sa považuje za najpravdepodobnejšie miesto oblasti známej starovekým Egypťanom ako Punt (alebo Ta Netjeru, čo znamená „Božia zem“), spolu so severným Somálskom, Eritreou a sudánskym pobrežím Červeného mora. Krajina Punt sa pôvodne spomínala v 25. storočí pred Kristom. Puntitovia boli národ, ktorý mal silné väzby na Staroveký Egypt za vlády faraóna Sahureho z piatej dynastie a kráľovnej Hatšepsut z osemnástej dynastie. Kráľ Parahu a kráľovná Ati riadili krajinu Punt počas tohto obdobia podľa chrámových malieb v Deir el-Bahari.
Somálske a afarské etniká v tejto oblasti patrili medzi prvých ľudí na kontinente, ktorí prijali islam po tom, čo viac ako 1,000 rokov obchodovali so susedným Arabským polostrovom.
V Africkom rohu bol Ifatský sultanát stredovekou krajinou. V roku 1285 ju založila dynastia Walashma a jej ústredie sa nachádzalo v Zeile. Ifat začal operácie v Džibuti a severnom Somálsku, potom sa presunul na juh do pohoria Ahmar. V roku 1285 jeho sultán Umar Walashma (alebo podľa inej správy jeho syn Ali) dobyl sultanát Shewa. Vojenská výprava sultána Umara bola podľa Taddesse Tamrata pokusom o zjednotenie moslimských držav v Horne, podobne ako sa cisár Yekuno Amlak snažil súčasne zjednotiť kresťanské kráľovstvá na vysočine. Tieto dva štáty sa nakoniec zrazili o Shewa a ďalšie južné regióny. Vypukla dlhá bitka, hoci vtedajšie moslimské sultanáty neboli dobre koordinované. V roku 1332 etiópsky cisár Amda Seyon I. zničil Ifat a on ustúpil zo Shewy.
Oblasť severne od zálivu Tadjoura bola v rokoch 1862 až 1894 známa ako Obock a spravovali ju somálski a afarskí sultáni, miestni vládcovia, s ktorými Francúzsko v rokoch 1883 až 1887 vyjednalo niekoľko zmlúv, aby sa v regióne ustanovila prítomnosť. Léonce Lagarde založil v Džibuti v roku 1894 stálu francúzsku vládu a premenoval územie na Francúzske Somaliland. Trvalo to od roku 1896 do roku 1967, kedy bolo založené Territoire Français des Afars et des Issas (TFAI) („Francúzske územie Afarov a Issas“).
Džibutsko uskutočnilo referendum v roku 1958, v predvečer nezávislosti susedného Somálska v roku 1960, aby sa rozhodlo, či sa pripojiť k Somálskej republike alebo zostať vo Francúzsku. Výsledkom referenda bolo kladné hlasovanie veľkej afarskej etnickej komunity, ako aj miestnych Európanov, čo naznačuje, že vzťah krajiny s Francúzskom by sa mal zachovať. Objavili sa aj obvinenia z masívnej manipulácie s hlasmi. Väčšina tých, ktorí hlasovali proti, boli Somálčania, ktorí podporili Mahmúda Harbiho, podpredsedu Rady vlády, v jeho návrhu na zjednotené Somálsko. Harbi zomrel o dva roky neskôr pri leteckej nehode.
V roku 1967 sa uskutočnilo druhé referendum, ktoré malo rozhodnúť o budúcnosti tejto oblasti. Predbežné zistenia naznačovali, že spojenie s Francúzskom by sa malo zachovať, aj keď s voľnejším držaním. Hlasovanie bolo rozdelené aj podľa etnických línií, pričom väčšina obyvateľov Somálska hlasovala za nezávislosť s cieľom konečného zjednotenia so Somálskom, zatiaľ čo Afri sa rozhodli zostať vo Francúzsku. Referendum opäť sužovali obvinenia z manipulácie hlasov francúzskou vládou. Bývalé Côte française des Somalis (francúzske Somaliland) bolo krátko po hlasovaní premenované na Territoire français des Afars et des Issas.
Tretie referendum sa konalo v roku 1977. Odstúpenie od Francúzska schválilo 98.8 % voličov drvivým hlasom, čo formálne znamenalo nezávislosť Džibutska. Prvým prezidentom krajiny (1958 – 1977) sa stal somálsky politik Hassan Gouled Aptidon, ktorý sa v referende v roku 1999 vyslovil za kladné hlasovanie.
Džibutsko vstúpilo do Organizácie africkej jednoty (teraz Africká únia), Arabskej ligy a Organizácie Spojených národov v priebehu prvého roka. Začínajúca krajina bola v roku 1986 aj zakladajúcim členom Medzivládneho úradu pre rozvoj, organizácie regionálneho rozvoja.
Napätie okolo vládneho zastúpenia medzi džibutským vládnym Zhromaždením ľudu za pokrok (PRP) a opozičným Frontom za obnovenie jednoty a demokracie (FRUD) viedlo začiatkom 1990. rokov k násilným bojom. V roku 2000 bola patová situácia prelomená dohodou o rozdelení moci.