Nasledujúcich 30 rokov sa nieslo v znamení politických otrasov. Pri ozbrojenom prevrate 3. augusta 1975 bol prezident Ahmed Abdalláh zosadený a nahradený členom Jednotného národného frontu Komor (FNUK), princom Saidom Mohamedom Jaffarom. V januári 1976 bol Jaffar zosadený v prospech Aliho Soiliha, jeho ministra obrany.
V dvoch referendách, ktoré sa vtedy konali, sa obyvatelia Mayotte rozhodli proti nezávislosti od Francúzska. Prvý, 22. decembra 1974, získal 63.8 percentnú podporu pre udržanie vzťahov s Francúzskom a druhý, vo februári 1976, získal ohromujúcich 99.4 percenta. Prezident Soilih, ktorý ovládal tri prežívajúce ostrovy, zaviedol rôzne socialistické a izolacionistické opatrenia, ktoré narušili vzťahy s Francúzskom. Bob Denard sa vrátil 13. mája 1978 s podporou francúzskej, rodézskej a juhoafrickej vlády, aby zosadil prezidenta Soiliha a obnovil Abdalláha. Počas Soilihovej krátkej vlády bol podrobený ďalším siedmim pokusom o prevrat, než bol zosadený a zavraždený.
Abdalláhovo predsedníctvo sa na rozdiel od Soiliho vyznačovalo autoritatívnou kontrolou a väčšou oddanosťou tradičnému islamu a národ bol premenovaný na Federálnu islamskú republiku Komory (République Fédérale Islamique des Comores; ). Abdalláh zo strachu pred štátnym prevratom zostal prezidentom až do roku 1989, keď vydal vyhlásenie, ktoré nariadilo prezidentskej garde, ktorej velil Bob Denard, aby odzbrojila ozbrojené sily. Abdalláha údajne zastrelil vo svojej kancelárii nahnevaný vojenský dôstojník krátko po podpísaní dekrétu, ale následné správy hovoria, že do jeho spálne bola vypálená protitanková strela a zabila ho. Napriek tomu, že bol Denard zranený, predpokladá sa, že Abdalláhovým vrahom bol vojak pod jeho velením.
Boba Denarda o niekoľko dní letecky prepravili francúzski výsadkári do Južnej Afriky. Prezidentom sa následne stal Said Mohamed Djohar, Soilihov starší nevlastný brat, ktorý vládol do septembra 1995, keď sa Bob Denard vrátil a pokúsil sa o ďalší prevrat. Denard bol nútený vzdať sa, keď Francúzsko zasiahlo parašutistami. Djohar bol Francúzmi deportovaný na Réunion a za prezidenta bol zvolený Mohamed Taki Abdoulkarim, ktorého podporoval Paríž. Bol vodcom krajiny od roku 1996 až do svojej smrti v novembri 1998, v období poznačenom pracovnými nepokojmi, vládnymi represiami a separatistickými vojnami. Jeho nástupcom sa stal dočasný prezident Tadjidine Ben Said Massounde.
V snahe získať späť francúzsku suverenitu ostrovy Anjouan a Mohéli vyhlásili nezávislosť od Komor v roku 1997. Francúzsko sa však obrátilo proti ich požiadavke, čo viedlo k násilným stretom medzi federálnymi silami a povstalcami. Plukovník Azali Assoumani, náčelník generálneho štábu armády, zvrhol dočasného prezidenta Massoundeho nekrvavým prevratom v apríli 1999 a tvrdil, že tvárou v tvár kríze je zlé vedenie. Od nezávislosti v roku 1975 zaznamenali Komory 18 prevratov alebo pokusov o prevrat.
Neschopnosť Azali upevniť autoritu a obnoviť kontrolu nad ostrovmi vyvolala celosvetové odsúdenie. Africká únia na čele s juhoafrickým prezidentom Thabom Mbekim uložila Anjouanovi pokuty, aby pomohla pri procese mediácie a zmierenia. Formálny názov krajiny sa zmenil na Komorský zväz a pre každý ostrov bol zriadený nový systém politickej autonómie, ako aj odborová správa pre tieto tri ostrovy.
Azali stál v roku 2002 bokom, aby sa uchádzal o prezidenta Komor v demokratických voľbách, ktoré vyhral. Ako vojenský diktátor, ktorý sa prvýkrát dostal k moci silou a vo vláde nebol vždy demokratický, Azali viedol Komory cez ústavné revízie, ktoré umožnili nové voľby, a to aj napriek pokračujúcej medzinárodnej kritike. Legislatíva Loi des compétences, ktorá špecifikuje povinnosti každého vládneho subjektu, bola prijatá začiatkom roku 2005 a teraz sa implementuje. Vo voľbách v roku 2006 zvíťazil Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, sunnitský moslimský duchovný prezývaný „ajatolláh“ za roky štúdia islamu v Iráne. Azali prijal výsledky volieb, čo umožnilo súostroviu prvé mierové a demokratické odovzdanie moci.
Plukovník Mohammed Bacar, bývalý žandár vyštudovaný vo Francúzsku, prevzal kontrolu v Anjouane v roku 2001. V júni 2007 usporiadal referendum o potvrdení svojho vedenia, ktoré federálna vláda Komor aj Africká únia odsúdili ako protiústavné. Stovky vojakov z Africkej únie a Komor vtrhli 25. marca 2008 do Anjouanu ovládaného povstalcami na radosť miestneho obyvateľstva: za Bacarovej vlády boli umučené stovky, ak nie tisíce ľudí. Niektorí rebeli boli zabití alebo zranení, ale nie sú k dispozícii žiadne oficiálne čísla. Pri útoku utrpelo zranenia najmenej 11 ľudí. Niekoľko úradníkov bolo uväznených. Bacar utiekol do Mayotte, francúzskej enklávy v Indickom oceáne, na motorovom člne hľadať útočisko. Na Komoroch vypukli protifrancúzske demonštrácie.
Od získania nezávislosti od Francúzska došlo na Komoroch k viac ako 20 prevratom alebo pokusom o prevrat.
Dňa 26. mája 2011 zložil bývalý viceprezident Ikililou Dhoinine prísahu ako prezident po voľbách na konci roka 2010. Dhoinine, člen vládnej strany, bol vo voľbách podporovaný prezidentom Ahmedom Abdallahom Mohamedom Sambim. Dhoinine, povolaním farmaceut, je prvým prezidentom Komor, ktorý pochádza z ostrova Mohéli.