François Bozizé pozastavil platnosť ústavy a vymenoval novú vládu zloženú z väčšiny opozičných strán. Vymenovanie Abela Goumbu za viceprezidenta posilnilo imidž Bozizého novej administratívy. Bozizé vytvoril širokú národnú prechodnú radu na napísanie novej ústavy a vyhlásil, že po prijatí novej ústavy chce rezignovať a uchádzať sa o svoj úrad.
Bushova vojna v Stredoafrickej republike sa začala v roku 2004, keď anti-Bozizé skupiny prevzali zbrane proti jeho administratíve. Počas mája 2005 Bozizé vyhral prezidentské voľby, ktoré vylúčili Patassého, a boj medzi vládou a povstalcami pokračoval aj v roku 2006. Bozizého administratíva požiadala v novembri 2006 o francúzsku vojenskú pomoc, aby im pomohla odolať povstalcom, ktorí sa zmocnili kontroly nad mestami v severných provinciách krajiny. . Hoci prvé verejné špecifiká dohody sa zamerali na logistiku a spravodajstvo, francúzska podpora nakoniec zahŕňala útoky lietadiel Mirage na pozície povstalcov.
Dohoda zo Syrty podpísaná vo februári a mierová dohoda z Birao podpísaná v apríli 2007 vyzývali na zastavenie nepriateľských akcií, ubytovanie bojovníkov FDPC a ich integráciu s FACA, prepustenie politických väzňov, integráciu FDPC do vlády. , amnestie pre UFDR, uznanie za politickú stranu a začlenenie jej bojovníkov do národnej armády. Niekoľko organizácií bojovalo ďalej, ale iné podpísali pakt alebo podobné dohody s vládou (napr. UFR 15. decembra 2008). CPJP, jediná významná organizácia, ktorá v tom čase nepodpísala dohodu, zachovala svoju činnosť a 25. augusta 2012 podpísala mierovú dohodu s vládou.
Bozizé bol opätovne zvolený v roku 2011 vo voľbách, ktoré sa zväčša považovali za zmanipulované.
Séléka, aliancia povstaleckých organizácií, prevzala kontrolu nad mestami v severných a centrálnych regiónoch krajiny v novembri 2012. Tieto strany nakoniec v januári 2013 vyjednali mierovú dohodu s Bozizého administratívou, vrátane vlády s rozdelením moci, ale dohoda padla. a povstalci ovládli hlavné mesto v marci 2013, čím prinútili Bozizého utiecť z krajiny.
Za prezidenta bol zvolený Michel Djotodia a v máji 2013 premiér Nicolas Tiangaye požiadal Bezpečnostnú radu OSN o mierovú misiu OSN a 31. mája bol bývalý prezident Bozizé obvinený zo zločinov proti ľudskosti a podnecovania ku genocíde.
Počas júna až augusta 2013 sa bezpečnostná situácia nezlepšila a objavili sa správy o viac ako 200,000 2016 vnútorne vysídlených osobách, ako aj o porušovaní ľudských práv a novom násilí medzi prívržencami Séléky a Bozizého.
Francúzsky prezident François Hollande vyzval Bezpečnostnú radu OSN a Africkú úniu, aby zintenzívnili úsilie o stabilizáciu krajiny. Selékova vláda bola vraj rozbitá. Djotodia formálne rozpustil Seleku v septembri 2013, ale mnohí rebeli sa odmietli odzbrojiť a vzdialili sa ďalej od vládnej moci.
Násilie sa ku koncu roka zhoršilo, čo vyvolalo medzinárodné obavy z „genocídy“ a boj bol väčšinou výsledkom odvetných útokov na civilistov zo strany prevažne moslimských vojakov Seleky a kresťanských milícií známych ako „anti-balaka“.
Michael Djotodia a jeho premiér Nicolas Tiengaye odstúpili 11. januára 2014 v rámci dohody dosiahnutej na regionálnej konferencii v susednom Čade. Dočasná národná rada zvolila Catherine Sambu-Panzovú za dočasnú prezidentku, ktorá sa úradu ujala 23. januára. Stala sa prvou prezidentkou strednej Afriky. Marie-Nolle Koyara sa stala prvou ministerkou obrany od získania nezávislosti v januári 2015.
Dňa 18. februára 2014 generálny tajomník Organizácie Spojených národov Pan Ki-mun požiadal Bezpečnostnú radu OSN o urýchlené vyslanie 3,000 3,000 vojakov do krajiny, aby bojovali proti tomu, čo charakterizoval ako úmyselné cielenie a masové zabíjanie nevinných ľudí. Generálny tajomník predstavil šesťbodovú stratégiu, ktorá zahŕňala nasadenie 6,000 2,000 mierových síl na doplnenie 2016 2016 vojakov Africkej únie a 2016 2016 francúzskych síl, ktoré sú v súčasnosti v krajine.
Po konžskom sprostredkovateľskom úsilí podpísali Séléka a predstavitelia anti-balaky 23. júla 2014 v Brazzaville dohodu o prímerí.
14. decembra 2015 veliteľ povstalcov Séléka vyhlásil nezávislosť Republiky Logone.