A economia de Mostar depende principalmente das indústrias de alumínio e metal, bancos e telecomunicações. Algumas das principais empresas do país têm sede na cidade.
Mostar, juntamente com Sarajevo, é o principal centro financeiro da Bósnia e Herzegovina, com dois dos três maiores bancos do país sediados lá. A Bósnia e Herzegovina tem três empresas nacionais de serviços elétricos, postais e de telecomunicações, com uma de cada em Mostar (empresa de serviços elétricos 'Elektroprivreda HZHB', empresa de serviços postais Hrvatska Pota Mostar e HT Mostar, a terceira maior empresa de telecomunicações do país). Essas três empresas (juntamente com bancos e uma fundição de alumínio) representam uma parcela significativa da atividade econômica total da cidade. Ao longo dos últimos anos, o setor privado tem experimentado uma expansão significativa nas pequenas e médias empresas, o que tem contribuído para o ambiente de negócios favorável.
Dada a presença de três barragens na área da cidade de Mostar, a cidade tem uma base sólida para uma futura expansão industrial. Está também em curso uma iniciativa para o aproveitamento potencial da energia eólica e a construção de moinhos de vento.
Mostar dependia de outras empresas importantes que haviam sido fechadas, destruídas ou reduzidas antes da Guerra da Bósnia de 1992-1995. SOKO (fábrica de aeronaves militares), Fabrika duhana Mostar (negócio de tabaco) e Hepok estavam entre eles (indústria de alimentos). O PIB per capita de Mostar em 1981 era 103% da média iugoslava.
A Aluminij é a única empresa da ex-Iugoslávia que ainda está em operação. A Aluminij é uma das firmas mais fortes do país, com vários sócios estrangeiros. A produção anual da empresa está aumentando rapidamente e tem parcerias com importantes empresas mundiais, como Daimler Chrysler e Fiat. A Aluminij é uma das empresas mais poderosas da cidade, região e nação. Em relação à capacidade industrial atual, produz mais de € 150 milhões em exportações anuais. Os parceiros da Aluminij incluem corporações globais bem conhecidas, sendo as mais importantes: Venture Coke Company LLC (joint Venture Venco-Conoco) dos Estados Unidos, Glencore International AG da Suíça, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler e VAW Aluminium Technologie GmbH da Alemanha, Hydro ASA da Noruega, Fiat da Itália e TLM-ibenik da Croácia. A Aluminij gera 40 milhões de euros em receita apenas para o distrito de Mostar a cada ano.
Mostar também abriga a bienal Feira Econômica Internacional de Mostar (“Meunarodni sajam gospodarstva Mostar”), que começou em 1997. A Feira é dividida em várias seções: “A Feira de Economia”, “Feira do Vinho”, “Feira do Livro” e “Dia da Alimentação”.