Álvaro Caminha fundou São Tomé em 1493. Os portugueses chegaram a São Tomé em busca de terras de cana-de-açúcar. Antes do advento dos portugueses em 1470, a ilha era desabitada. Então Tomé estava perto do equador, e estava úmido o suficiente para a cana-de-açúcar crescer selvagem.
Sua proximidade com o Reino Africano do Kongo ofereceu uma oferta de mão de obra escrava para as plantações de açúcar no futuro.
A cidade de São Tomé é construída em torno de uma catedral do século XVI. O Forte de São Sebastião, concluído em 1575 e que hoje é o Museu Nacional de São Tomé, é outra estrutura inicial.
A cidade e as ilhas foram tomadas pelos holandeses por dois dias em 1599, depois novamente por um ano em 1641. Foi a capital da colônia portuguesa de São Tomé e Príncipe e, desde 1975, a capital do país independente de São Tomé e Príncipe. Tomé e Príncipe.
O clima de São Tomé é tropical úmido e seco, com uma longa estação chuvosa e uma curta estação seca.
A estação chuvosa dura de outubro a maio, enquanto a estação seca dura os próximos quatro meses.
As temperaturas da cidade são bastante consistentes, com máximas médias de 30 graus Celsius (86 graus Fahrenheit) e baixas médias de 22 graus Celsius (72 graus Fahrenheit).
Situado na Baía de Ana Chaves, a nordeste da Ilha de S. Tomé, S. Tomé é um importante porto, e o Ilhéu das Cabras situa-se adjacente ao mar. Assim, Tomé fica a noroeste de Santana, a nordeste de Trindade e a sudeste de Guadalupe. Liga-se a estas povoações por várias estradas, das quais a mais importante é a autoestrada que circunda toda a ilha de São Tomé. Um barco semanal liga-o a Cabo Verde.
