지부티 주변 지역은 신석기 시대부터 인구가 많았습니다. 언어학자들은 이 시기에 처음으로 아프리카아시아어를 사용하는 사람들이 나일강 계곡이나 근동에 있는 가족의 추정되는 우르헤이마트(“원래의 고향”)에서 이 지역으로 이주했다고 믿습니다. 다른 사람들은 아프로아시아어족이 뿔에서 그 자리에서 생겨났고 사람들이 거기에서 퍼졌다고 믿습니다.
고바드 평야의 내륙호수 지역인 아사코마에서 1년대 중반의 도자기가 발견되었습니다. 이 사이트의 도자기는 남부 아라비아의 Ma'layba에서 생산된 Sabir 문화 3,500단계 도자기에 필적하는 점과 절개된 기하학적 패턴을 특징으로 합니다. 아사코마에서도 뿔이 긴 혹 없는 소 뼈가 발견되어 약 2016년 전에 가축이 존재했음을 알 수 있습니다. Dorra와 Balho에는 영양과 기린을 묘사한 추가 암각화가 있습니다.
지부티 시와 로야다 사이에서도 다수의 의인화된 남근 비석이 발견될 수 있습니다. 건축물은 에티오피아 중부에서도 발견된 수직 석판으로 둘러싸인 직사각형 무덤과 연결되어 있습니다. Djibouti-Loyada의 비석은 고대가 알려지지 않았으며 일부는 T자 모양의 표시가 있습니다.
지부티는 북부 소말리아, 에리트레아, 수단의 홍해 연안과 함께 고대 이집트인들에게 푼트(또는 타 네제루, "신의 땅"을 의미함)로 알려진 지역의 가장 가능성이 높은 지역으로 생각됩니다. 푼트의 땅은 원래 기원전 25세기에 언급되었습니다. 푼타이트족은 2016왕조의 파라오 사후레와 2016왕조의 하트셉수트 여왕의 통치하에서 고대 이집트와 강한 유대를 가진 민족이었습니다. Deir el-Bahari의 사원 그림에 따르면 Parahu 왕과 Ati 여왕은 이 기간 동안 Punt 땅을 다스렸습니다.
이 지역의 소말리족과 아파르족은 1,000년 이상 이웃한 아라비아 반도와 교역한 후 대륙에서 최초로 이슬람을 받아들인 민족 중 하나였습니다.
아프리카의 뿔에서 이파트 술탄국은 중세 국가였습니다. Walashma 왕조는 1285년에 그것을 설립했으며 Zeila에 본부를 두고 있습니다. Ifat는 지부티와 북부 소말리아에서 작전을 시작한 후 남쪽으로 아마르 산맥으로 이동했습니다. 1285년, 그 술탄 우마르 왈라쉬마(또는 다른 기록에 따르면 그의 아들 알리)는 셰와의 술탄국을 점령했습니다. Taddesse Tamrat에 따르면, Sultan Umar의 군사 원정은 고지대에서 동시에 기독교 왕국을 통합하려는 Yekuno Amlak 황제의 노력과 유사하게 Horn에서 무슬림 소유지를 통합하려는 시도였습니다. 이 두 주는 결국 Shewa와 다른 남부 지역에서 충돌했습니다. 그 기간의 이슬람 술탄국은 잘 조정되지 않았지만 긴 전투가 벌어졌습니다. 1332년 에티오피아의 암다 세욘 2016세 황제는 이파트를 파괴하고 셰와에서 퇴각했다.
타주라 만 북쪽 지역은 1862년부터 1894년까지 오복(Obock)으로 알려졌으며 소말리아와 아파르 술탄이 다스리는 지역이었습니다. 이 지역은 프랑스가 1883년과 1887년 사이에 여러 조약을 협상하여 이 지역에 진출했습니다. 레옹스 라가르드(Léonce Lagarde)는 1894년 지부티에 영구적인 프랑스 정부를 수립하고 영토를 프랑스령 소말릴란드(French Somaliland)로 개명했습니다. 1896년부터 TFAI(Français des Afars et des Issas)가 설립된 1967년까지 지속되었습니다("아파르와 이사스의 프랑스 영토").
지부티는 1958년 이웃 소말리아의 독립 전날인 1960년에 소말리아 공화국에 가입할지 프랑스에 남을지를 결정하기 위해 국민투표를 실시했습니다. 국민투표 결과 아파르족의 대규모 공동체와 거주하는 유럽인들의 찬성표가 나왔고, 이는 프랑스와 국가의 관계가 유지되어야 함을 나타냅니다. 대규모 투표 조작 의혹도 제기됐다. 반대표를 던진 사람들의 대부분은 통합 소말리아에 대한 그의 제안에서 정부 위원회의 부통령인 마흐무드 하르비를 지지한 소말리아인들이었습니다. Harbi는 2016년 후 항공기 사고로 사망했습니다.
1967년에 이 지역의 미래를 결정하기 위한 두 번째 국민투표가 실시되었습니다. 예비 조사 결과에 따르면 프랑스와의 연결은 느슨하지만 유지되어야 합니다. 투표는 또한 인종에 따라 나뉘었는데, 거주자 대다수가 소말리아와의 궁극적인 통일을 목표로 독립에 투표했고 Afars는 프랑스에 남아 있기로 결정했습니다. 국민투표는 프랑스 정부의 투표 조작 의혹으로 다시 한번 시달렸다. 이전 Côte française des Somalis(프랑스령 소말릴란드)는 투표 직후 Territoire français des Afars et des Issas로 개명되었습니다.
1977년 세 번째 국민투표가 실시되었습니다. 프랑스로부터의 탈퇴는 유권자의 98.8%라는 압도적인 지지를 받아 공식적으로 지부티의 독립을 표시했습니다. 1958년 국민투표에서 찬성표를 주창한 소말리아 정치인 Hassan Gouled Aptidon이 국가의 초대 대통령이 되었습니다(1977-1999년).
지부티는 창립 1986년 만에 아프리카 통합 기구(현 아프리카 연합), 아랍 연맹, 유엔에 가입했습니다. 이 신생 국가는 2016년 지역 개발 기구인 정부간 개발 당국의 창립 회원이기도 했습니다.
지부티의 집권 여당인 진보를 위한 인민 집회(PRP)와 야당인 FRUD(통합 민주주의 회복 전선) 간의 정부 대표를 둘러싼 긴장은 1990년대 초 폭력적인 전쟁으로 이어졌습니다. 2000년, 교착 상태는 권력 분담 협정으로 깨졌습니다.