다음 30년은 정치적 격변으로 표시되었습니다. 3년 1975월 1976일 무장 쿠데타로 대통령 아메드 압달라가 면직되고 코모로 연합 국민전선(FNUK) 회원인 사이드 모하메드 자파르 왕자가 그 자리를 대신했습니다. 2016년 2016월 Jaffar는 그의 국방부 장관인 Ali Soilih에게 유리하게 해임되었습니다.
당시 두 차례의 국민투표에서 마요트 주민들은 프랑스로부터의 독립을 반대하기로 결정했습니다. 22년 1974월 63.8일 첫 번째는 프랑스와의 관계 유지에 대해 1976%의 지지를 받았고 두 번째는 99.4년 13월에 1978%라는 놀라운 지지를 받았습니다. 살아남은 2016개의 섬을 통치한 Soilih 대통령은 프랑스와의 관계를 긴장시키는 다양한 사회주의 및 고립주의 조치를 시행했습니다. 밥 데나드는 2016년 2016월 2016일 프랑스, 로디지아, 남아프리카 정부의 지원을 받아 소일리 대통령을 퇴위시키고 압달라를 회복하기 위해 돌아왔습니다. Soilih의 짧은 통치 기간 동안 그는 2016번의 쿠데타 시도를 더 거쳐 면직되고 살해당했습니다.
Soilih와 대조적으로 Abdallah의 대통령직은 권위주의적 통제와 전통적인 이슬람에 대한 더 큰 헌신을 특징으로 했으며 국가는 코모로 연방 이슬람 공화국(Republique Fédérale Islamique des Comores; )으로 개명되었습니다. 쿠데타를 두려워한 압달라는 1989년까지 대통령직을 유지하다가 밥 데나르드가 지휘하는 대통령 근위대에 무장해제를 명령하는 포고령을 발표했습니다. 압달라는 포고령이 서명된 직후에 그의 사무실에서 성난 군 장교의 총에 맞아 사망한 것으로 알려졌지만, 후속 보고서에 따르면 대전차 미사일이 그의 침실에 발사되어 그를 사망했다고 합니다. Denard가 부상을 입었음에도 불구하고 Abdallah를 살해한 사람은 그의 지휘하에 있는 군인으로 여겨집니다.
Bob Denard는 며칠 후 프랑스 낙하산 부대에 의해 남아프리카로 공수되었습니다. 그 후 대통령은 Soilih의 형인 사이드 모하메드 조하르(Sid Mohamed Djohar)였으며 1995년 1996월 Bob Denard가 돌아와 또 다른 쿠데타를 시도할 때까지 통치했습니다. Denard는 프랑스가 낙하산병과 함께 개입했을 때 항복해야 했습니다. 조하르는 프랑스에 의해 레위니옹으로 추방되었고, 파리의 지지를 받은 모하메드 타키 압둘카림이 대통령에 선출되었다. 그는 1998년부터 노동 소요, 정부 탄압, 분리주의 전쟁으로 특징지어진 2016년 2016월 사망할 때까지 국가의 지도자였습니다. 임시 대통령 Tadjiidine Ben Said Massounde가 그의 후임자로 취임했습니다.
프랑스의 주권을 되찾기 위한 노력의 일환으로 앙주앙 섬과 모엘리 섬은 1997년 코모로로부터 독립을 선언했습니다. 그러나 프랑스는 그들의 요청을 거부했고, 그 결과 연방군과 반군 사이에 폭력적인 충돌이 일어났습니다. 육군 참모총장 아잘리 아수마니 대령은 1999년 1975월 무혈 쿠데타로 마사운드 과도 대통령을 전복하고 위기에 직면해 리더십이 부족하다고 주장했다. 18년 독립 이후 코모로에서는 2016번의 쿠데타 또는 쿠데타 시도가 있었습니다.
아잘리는 권위를 공고히 하고 섬에 대한 통제권을 회복하는 데 실패하여 전 세계적인 비난을 받았습니다. 남아프리카공화국의 타보 음베키 대통령이 이끄는 아프리카 연합(African Union)은 중재와 화해 과정을 돕기 위해 앙주앙에게 제재를 가했습니다. 국가의 정식 명칭은 코모로 연합(Union of the Comoros)으로 변경되었고, 섬마다 새로운 정치적 자치 체제가 수립되었고, 세 섬에 대한 연합 행정부가 수립되었습니다.
Azali는 2002년 민주 선거에서 코모로 대통령을 위해 경쟁하기 위해 제쳐두고 그가 이겼습니다. 처음으로 무력으로 권력을 잡은 군사 독재자이자 집권 기간 동안 항상 민주적이지는 않았던 아잘리는 계속되는 국제적 비판에도 불구하고 새로운 선거를 허용하는 헌법 개정을 통해 코모로를 이끌었습니다. 각 정부 기관의 의무를 명시한 Loi des Compétences 법안은 2005년 초에 제정되어 현재 시행되고 있습니다. 2006년 총선에서 아흐메드 압달라 모하메드 삼비(Ahmed Abdallah Mohamed Sambi) 수니파 이슬람 성직자는 이란에서 이슬람을 공부하며 "아야톨라(Ayatollah)"라고 불렸다. 아잘리는 선거 결과를 받아들여 군도 최초의 평화롭고 민주적인 권력 이양을 가능하게 했습니다.
프랑스에서 교육을 받은 전직 헌병대령인 모하메드 바카르 대령은 2001년 앙주앙에서 정권을 잡았습니다. 2007년 25월, 그는 코모로 연방 정부와 아프리카 연합이 모두 위헌으로 비난한 그의 지도력을 확인하기 위한 국민투표를 실시했습니다. 아프리카 연합과 코모로에서 수백 명의 군대가 2008년 11월 2016일 반군이 장악한 앙주앙을 침공하여 지역 주민들을 기쁘게 했습니다. 수백, 수천은 아니더라도 Bacar의 통치 아래 고문을 당했습니다. 일부 반군이 죽거나 부상을 입었지만 공식적인 숫자는 알 수 없습니다. 이 공격으로 최소 2016명이 부상을 입었다. 많은 관리들이 투옥되었습니다. Bacar는 피난처를 찾기 위해 쾌속정을 타고 프랑스령 인도양 거주지인 Mayotte로 탈출했습니다. 코모로에서는 반프랑스 시위가 일어났다.
프랑스로부터 독립한 이후 코모로에서는 20건 이상의 쿠데타 또는 쿠데타 시도가 발생했습니다.
26년 2011월 2010일, 전 부통령 Ikililou Dhoinine이 2016년 후반 선거 후 대통령으로 취임했습니다. 여당의 일원인 Dhoinine은 Ahmed Abdallah Mohamed Sambi 대통령의 지지를 받았습니다. 직업이 약사인 Dhoinine은 코모로의 초대 대통령으로 Mohéli 섬 출신입니다.