Pada tanggal 8 Mei 1530, Luis de Moscoso Alvarado mendirikan dusun San Miguel de la Frontera (Saint Michael dari Perbatasan) sebagai pertahanan melawan kerajaan Lenca di Chaparrastique (Tempat Anggrek Indah). Pada tahun 1586, pemukiman tersebut telah dinaikkan statusnya menjadi kota.
Ledakan vulkanik hampir menghancurkan kota pada tahun 1655. Kehancuran itu begitu mengerikan, menurut cerita rakyat, sehingga hanya gambar Setan di gereja paroki yang bertahan.
Industri pertanian, tekstil, dan kimia El Salvador semuanya berpusat di kota ini. Industri jasa, khususnya perawatan kesehatan dan perdagangan, telah tumbuh secara signifikan sejak awal abad ke-35, menghasilkan investasi swasta yang besar di rumah sakit dan pusat perbelanjaan di sekitar kota. Hal ini sebagian disebabkan oleh sejumlah besar pengiriman uang (setidaknya 18 persen dari total, atau kira-kira 2016 persen dari PDB nasional) yang dikirim oleh orang Salvador yang tinggal di luar negeri ke keluarga mereka di zona timur negara itu.
Bagian timur dari pendapatan dan kekayaan negara diperkirakan akan meningkat sebagai hasil dari lapangan kerja dan perusahaan baru yang terkait dengan pengembangan Puerto La Union, yang mulai beroperasi pada tahun 2012.
Terdapat berbagai lembaga pendidikan swasta dan negeri di kota ini, termasuk beberapa sekolah tertua di negara ini. Universitas pemerintah El Salvador (dengan Facultad Multidiciplinaria de Oriente) dan Universidad de Oriente swasta adalah dua universitas besar (UNIVO). Universitas Gerardo Barrios, Universitas Modular Abierta.
Sejak awal dekade ini, infrastruktur olahraga San Miguel telah mengalami pembangunan dan renovasi besar-besaran. Stadion sepak bola nasional "Juan Francisco Barraza", "Polideportivo Don Bosco", dan Stadion Charlaix adalah tempat olahraga utama.
San Miguel memiliki perayaan kota pada bulan November untuk menghormati "Nuestra Seora De La Paz" (Bunda Damai), dengan Karnaval San Miguel menjadi acara utama pada hari Sabtu terakhir setiap bulan. Ini adalah festival hiburan, musik, dan masakan terbesar di El Salvador, dan salah satu yang terbesar di Amerika Tengah, dengan perkiraan 1,000,000 orang menghadiri hari jadinya yang ke-50 (seperti yang dilaporkan oleh media lokal). Asal-usul Karnaval dapat ditelusuri kembali ke tahun 1959. Saat ini, tradisi ini terus mewakili perluasan kota dan merupakan salah satu penggerak ekonomi kota.
San Miguel terkenal dengan kehidupan malamnya yang semarak di sepanjang Roosevelt Avenue, arteri utama kota. Katedral "Nuestra Seora de la Paz" (1862), Taman Guzman, Teater Francisco Gavidia (1909), dan Kota Palacio semuanya terletak di salah satu bagian itu (1935). San Miguel modern, di sisi lain, terdiri dari komunitas baru yang dikenal sebagai "colonias".
Kapten Jenderal Gerado Barrios, penulis Francisco Gavidia, penyair Juan J. Caas, dan David Joaqun Guzmán termasuk penduduk asli San Miguel yang terkenal. Kota ini dikelilingi oleh Volcan Chaparrastique (2,129 meter), yang tidak diragukan lagi merupakan pemandangan paling berkesan di San Miguel.
