Alvaro Caminha mendirikan São Tomé pada tahun 1493. Portugis tiba di So Tomé untuk mengejar lahan tebu. Sebelum kedatangan Portugis pada tahun 1470, pulau ini tidak berpenghuni. Jadi Tomé dekat dengan khatulistiwa, dan cukup lembap untuk tebu tumbuh liar.
Kedekatannya dengan Kerajaan Afrika Kongo menawarkan pasokan tenaga kerja budak untuk perkebunan gula di masa depan.
Kota Sao Tomé dibangun di sekitar katedral abad keenam belas. Fort So Sebastio, yang selesai pada tahun 1575 dan sekarang menjadi Museum Nasional So Tomé, adalah bangunan awal lainnya.
Kota dan pulau-pulau itu direbut oleh Belanda selama dua hari pada tahun 1599, kemudian lagi selama satu tahun pada tahun 1641. Itu adalah ibu kota koloni Portugis Sao Tomé dan Principe, dan sejak tahun 1975, ibu kota negara merdeka Sao Tome dan Principe.
Iklim Sao Tomé adalah tropis basah dan kering, dengan musim hujan yang panjang dan musim kemarau yang singkat.
Musim hujan berlangsung dari Oktober hingga Mei, sedangkan musim kemarau berlangsung selama empat bulan berikutnya.
Suhu kota cukup konsisten, dengan suhu tertinggi rata-rata 30 derajat Celcius (86 derajat Fahrenheit) dan suhu terendah rata-rata 22 derajat Celcius (72 derajat Fahrenheit).
Terletak di Teluk Ana Chaves di timur laut Pulau S. Tomé, S. Tomé adalah pelabuhan penting, dan Ilhéu das Cabras terletak di lepas pantai yang berdekatan. Jadi Tomé terletak di barat laut Santana, timur laut Trindade, dan tenggara Guadalupe. Terhubung ke permukiman ini melalui sejumlah jalan, yang terpenting adalah jalan raya yang mengelilingi seluruh pulau So Tomé. Kapal mingguan menghubungkannya ke Tanjung Verde.
