Orang kerdil adalah yang pertama menetap di wilayah tersebut. Saat mereka pindah, suku Bantu sebagian besar menggantikan dan mengasimilasi mereka.
Orang Eropa pertama datang pada abad ke-15. Di Gabon, monarki berbahasa Myeni yang dikenal sebagai Orungu muncul pada abad ke-18.
Bartholomew Roberts, seorang bajak laut Welsh yang dikenal sebagai Black Bart, tewas di laut lepas pantai Cape Lopez pada 10 Februari 1722. Dari 1719 hingga 1722, dia menyerang kapal-kapal di sepanjang pantai Amerika dan Afrika Barat.
Pada tahun 1875, ekspedisi pertama ke wilayah Gabon-Kongo dilakukan oleh petualang Prancis Pierre Savorgnan de Brazza. Dia mendirikan Franceville dan kemudian menjabat sebagai gubernur kolonial. Ketika Prancis secara resmi menaklukkan Gabon pada tahun 1885, banyak suku Bantu tinggal di wilayah yang sekarang menjadi Gabon.
Gabon bergabung dengan empat wilayah Afrika Khatulistiwa Prancis pada tahun 1910, membentuk federasi yang berlangsung hingga tahun 1959. Pada tanggal 17 Agustus 1960, wilayah tersebut memperoleh kemerdekaan. Léon M'ba adalah presiden pertama Gabon, terpilih pada tahun 1961, bersama Omar Bongo Ondimba sebagai wakil presidennya.
Menyusul naiknya M'ba ke tampuk kekuasaan, pers ditekan, demonstrasi politik dilarang, kebebasan berbicara dibatasi, partai politik lainnya secara progresif disingkirkan dari kekuasaan, dan Konstitusi diubah mengikuti garis Prancis untuk memberikan kekuasaan pada Kepresidenan, yang mana M'ba mengambil. Ketika M'ba membubarkan Majelis Nasional untuk mendirikan pemerintahan satu partai pada Januari 1964, sebuah kudeta militer berusaha menggulingkannya dan memulihkan demokrasi parlementer. Dalam 24 jam, pasukan terjun payung Prancis tiba untuk mengembalikan kekuatan M'ba.
Meskipun demonstrasi dan kerusuhan besar-besaran, kudeta berakhir setelah beberapa hari pertempuran dan oposisi dipenjarakan. Hingga hari ini, pasukan Prancis ditempatkan di Camp de Gaulle di pinggiran kota Gabon. Bongo mengambil alih sebagai presiden ketika M'Ba meninggal pada tahun 1967.
Bongo memproklamasikan Gabon sebagai negara satu partai pada Maret 1968, membubarkan BDG dan mendirikan Parti Democratique Gabonais (PDG). Dia menyambut semua orang Gabon untuk bergabung, terlepas dari kesetiaan politik mereka di masa lalu. Bongo menggunakan PDG sebagai kendaraan untuk menenggelamkan konflik kedaerahan dan kesukuan yang sebelumnya telah memecah politik Gabon untuk menciptakan gerakan nasional yang mendukung tujuan pembangunan pemerintah. Pada Februari 1975, Bongo terpilih sebagai Presiden; pada bulan April 1975, wakil presiden dihapuskan dan diganti dengan perdana menteri, yang tidak memiliki hak suksesi otomatis. Bongo terpilih kembali untuk masa jabatan 7 tahun sebagai Presiden pada Desember 1979 dan November 1986.
Pelajar dan pekerja melakukan protes dan pemogokan dengan kekerasan pada awal 1990-an, dipicu oleh ketidakpuasan ekonomi dan keinginan untuk reformasi politik. Bongo bekerja dengan karyawan berdasarkan sektor demi sektor sebagai tanggapan atas keluhan mereka, membuat pengurangan gaji yang substansial. Ia juga mengatakan akan membuka PDG dan mengadakan konferensi politik nasional pada Maret–April 1990 untuk memperdebatkan struktur politik masa depan Gabon. Pertemuan tersebut dihadiri oleh PDG dan 74 kelompok politik. PDG yang memerintah dan para pendukungnya terpecah menjadi dua koalisi longgar, Front Persatuan Asosiasi dan Partai Oposisi, termasuk Morena Fundamental yang memisahkan diri dan Partai Kemajuan Gabon.
Konferensi April 1990 mendukung perubahan politik yang signifikan, termasuk pembentukan Senat nasional, desentralisasi proses penganggaran, kebebasan berkumpul dan pers, dan penghapusan kebutuhan akan visa keberangkatan. Bongo mengundurkan diri sebagai ketua PDG dalam upaya memimpin transisi sistem politik menuju demokrasi multipartai, dan pemerintahan transisi yang dipimpin oleh Perdana Menteri baru, Casimir Oye-Mba, dibentuk. Pemerintahan yang dihasilkan, yang dikenal sebagai Pengelompokan Demokrat Sosial Gabon (RSDG), lebih kecil dari yang sebelumnya dan menampilkan anggota dari berbagai kelompok oposisi dalam kabinetnya. Pada bulan Mei 1990, RSDG menghasilkan konstitusi sementara yang mencakup undang-undang hak dasar dan peradilan independen, tetapi memberikan kekuasaan administratif yang luas kepada presiden. Dokumen ini mulai berlaku pada Maret 1991 setelah pemeriksaan tambahan oleh komite konstitusional dan Majelis Nasional.
Namun, penentangan terhadap PDG tetap bertahan setelah pertemuan April 1990, dan dua upaya kudeta ditemukan dan digagalkan pada September 1990. Meskipun ada protes anti-pemerintah setelah kematian tak terduga seorang pemimpin oposisi, PDG memenangkan mayoritas yang kuat di partai multipartai Nasional pertama. Pemilihan majelis selama hampir 30 tahun pada bulan September–Oktober 1990.
Menyusul terpilihnya kembali Presiden Omar Bongo dengan 51% suara pada Desember 1993, kandidat oposisi menolak untuk menerima hasilnya. Menyusul kerusuhan sipil yang serius, pemerintah dan kelompok oposisi sepakat untuk bekerja menuju solusi politik. Diskusi ini menghasilkan Persetujuan Paris, yang ditandatangani pada November 1994 dan melibatkan banyak pemimpin oposisi dalam pemerintahan persatuan nasional. Namun, pengaturan ini dengan cepat runtuh, dan pemilihan parlemen dan kota tahun 1996 dan 1997 menjadi panggung untuk kembali ke politik partisan. PDG mencetak kemenangan gemilang dalam pemilihan parlemen, tetapi walikota oposisi terpilih di banyak kota besar, termasuk Libreville, pada pemilihan kota tahun 1997.
Pada bulan Desember 1998, Presiden Omar Bongo melaju ke pemilihan ulang dengan suara mayoritas besar, meskipun ada oposisi yang terpecah. Meskipun banyak dugaan anomali, beberapa pengamat asing menggambarkan hasil sebagai perwakilan, dan tidak ada kerusuhan kekerasan yang mendahului pemilu 1993. PDG dan orang-orang independen terkait mengendalikan Majelis Nasional hampir seluruhnya setelah pemilihan parlemen yang damai tetapi salah pada tahun 2001–2002, yang diboikot oleh sejumlah partai oposisi kecil dan dikutuk keras karena kekurangan administrasi. Presiden Omar Bongo terpilih kembali pada November 2005 untuk masa jabatan keenam. Dia terpilih kembali dengan nyaman, meskipun lawannya menuduh bahwa pemilihan itu diganggu oleh penyimpangan. Menyusul pengumuman kemenangannya, terjadi beberapa insiden kekerasan, namun Gabon secara keseluruhan tetap tenang.
Pada bulan Desember 2006, pemilihan baru untuk Majelis Nasional dilakukan. Mahkamah Konstitusi membalik banyak kursi yang telah ditentang karena ketidakberesan suara, tetapi PDG mempertahankan kendali Majelis Nasional dalam pemilihan putaran kedua di awal tahun 2007.
Presiden Omar Bongo meninggal karena serangan jantung pada 8 Juni 2009, di sebuah rumah sakit Spanyol di Barcelona, menandakan dimulainya era baru dalam politik Gabon. Rose Francine Rogombé, Presiden Senat, diangkat sebagai Presiden Sementara pada 10 Juni 2009, sesuai dengan konstitusi yang telah direvisi. Pada tanggal 30 Agustus 2009, pemilihan kompetitif pertama dalam sejarah Gabon dilakukan tanpa Omar Bongo sebagai kandidat, dengan 18 calon presiden. Ada beberapa demonstrasi kecil menjelang pemilihan, tetapi tidak ada gangguan besar. Setelah peninjauan selama tiga minggu oleh Mahkamah Konstitusi, putra Omar Bongo, ketua partai yang berkuasa Ali Bongo Ondimba, secara resmi dinyatakan sebagai pemenang; pelantikannya berlangsung pada 16 Oktober 2009.
Banyak kandidat oposisi mengklaim kecurangan pemilu, dan rilis pertama hasil pemilu memicu demonstrasi kekerasan yang luar biasa di Port-Gentil, kota terbesar kedua di negara itu dan kubu lama perlawanan terhadap administrasi PDG. Penduduk Port-Gentil bergegas turun ke jalan, membakar sejumlah bisnis dan rumah, termasuk Konsulat Prancis dan penjara setempat. Hanya empat orang yang tewas dalam kerusuhan itu, menurut angka resmi, tetapi pihak oposisi dan pemimpin lokal mengatakan masih banyak lagi. Untuk membantu polisi yang berjuang, polisi dan militer dikirim ke Port-Gentil, dan jam malam diberlakukan selama lebih dari tiga bulan.
Pada bulan Juni 2010, pemilihan sela legislatif parsial dilakukan. Untuk pertama kalinya, koalisi partai yang baru dibentuk, Union Nationale (PBB), ikut ambil bagian. Pembelot PDG yang keluar dari partai setelah kematian Omar Bongo menjadi mayoritas di PBB. PDG memenangkan tiga dari lima kursi yang diperebutkan dengan sengit, sementara PBB memperoleh dua kursi; kedua belah pihak mengklaim kemenangan.