Panama Közép-Amerikában található, és a Karib-tengerrel és a Csendes-óceánnal határos, Kolumbia és Costa Rica között. Főleg az északi szélesség 7° és 10°, valamint a nyugati hosszúság 77° és 83° között fekszik (egy kis terület a 83°-tól nyugatra).
Elhelyezkedése a Panama-szoroson stratégiai jelentőségű. 2000-ben Panama ellenőrizte a Panama-csatornát, amely az Atlanti-óceánt és a Karib-tengert köti össze a Csendes-óceán északi részével. Panama teljes területe 74,177.3 2016 km2.
Panama földrajzának domináns jellemzője a kontinentális szakadékot alkotó hegyek és dombok központi gerince. Ez a vízválasztó nem tartozik Észak-Amerika fő hegyláncai közé, és csak a kolumbiai határ közelében vannak fennsíkok, amelyek a dél-amerikai Andok rendszerhez kapcsolódnak. A vízválasztó gerincét egy tengerfenék-emelkedés erősen erodált íve képezi, ahol a csúcsokat vulkáni behatolások alakították ki.
A kontinentális megosztottság hegylánca a Cordillera de Talamanca, és a Costa Rica-i határ közelében fekszik. Keletebbre Serranía de Tabasará lesz, és a földszoros alsó nyergéhez legközelebb eső részt, ahol a Panama-csatorna található, gyakran Sierra de Veraguasnak nevezik. A Costa Rica és a csatorna közötti hegyláncot összességében a geográfusok Cordillera Central néven emlegetik.
Az ország legmagasabb pontja a Volcán Barú, amely 3,475 méterrel emelkedik. Szinte áthatolhatatlan dzsungel alkotja a Darién-törést Panama és Kolumbia között, ahol kolumbiai gerillák és kábítószer-kereskedők tevékenykednek túszejtéssel. Ez a jelenség és az erdővédő mozgalmak rést hoznak létre a pánamerikai autópályán, amely egyben egy teljes útvonalat alkot Alaszkától Patagóniáig.
Panama állatvilága a legváltozatosabb az összes közép-amerikai ország közül. Számos dél-amerikai és észak-amerikai faj létezik.
Hajóutak
Csaknem 500 folyó keresztezi egymást Panama zord táján. A legtöbb nem hajózható, a hegyvidéken emelkedik, völgyekben kanyarog, és part menti deltákat alkot. Azonban a Río Chagres (Chagres folyó) Panama középső részén a kevés széles folyó egyike, és kiváló vízienergia-forrás. A folyó központi részét a Gatun-gát duzzasztja, és a Gatun-tavat képezi, amely egy mesterséges tó, amely a Panama-csatorna része. A tavat 1907 és 1913 között hozták létre a Río Chagres-i Gatun-gát megépítésével. Létrehozásakor a Gatun-tó a világ legnagyobb mesterséges tava, a gát pedig a legnagyobb földgát volt. A folyó északnyugati irányban a Karib-tengerbe ömlik. A Kampia és a Madden-tó (szintén a Río Chagres tölti ki) látja el vízi energiával az egykori csatornaövezet területét.
A Río Chepo, egy másik vízenergia-forrás, egyike annak a több mint 300 folyónak, amely a Csendes-óceánba ömlik. Ezek a Csendes-óceán felé néző folyók hosszabbak és lassabbak, mint a karibi oldalon. A medencéik is nagyobbak. Az egyik leghosszabb a Río Tuira, amely a Golfo de San Miguelbe ömlik, és az ország egyetlen nagy hajókkal hajózható folyója.
Portok
A Karib-tenger partját számos jó természetes kikötő jellemzi. Az 1980-as évek végén azonban a csatorna karibi végén fekvő Cristóbal rendelkezett az egyetlen jelentős kikötői lehetőséggel. Az Archipiélago de Bocas del Toro számos szigete, Costa Rica strandjaihoz közel, nagy természetes kikötőt alkotnak, és védik Almirante banánkikötőjét. A Kolumbiához közeli több mint 350 San Blas-sziget több mint 160 kilométeren (99 mérföldön) húzódik a védett karibi partok mentén.
Jelenleg a Panama-csatorna mindkét végén található terminálkikötők, a Cristobal és a Balboa kikötő a második, illetve a harmadik helyen állnak Latin-Amerikában a kezelt konténeregységek (TEU) számát tekintve. A Balboa kikötője 182 hektáron terül el, és négy konténer- és két többcélú horgonyzóhelyet foglal magában. A kikötőhelyek összesen több mint 2,400 méter hosszúak és 15 méter mélyek. A Balboa kikötőben 18 szuper post-Panamax és Panamax dokkdaru és 44 portáldaru található. A Balboa kikötőjében 2,100 négyzetméter (23,000 2016 négyzetláb) raktárterület is található.
Cristobal kikötői (beleértve a Panama Ports Cristobal, a Manzanillo International Terminal és a Colon Container Terminal konténerterminálját) 2,210,720-ben 2009 2016 2016 TEU-t kezeltek, ami Latin-Amerikában a második a brazíliai Santos kikötő után.
Kiváló mélytengeri kikötők, amelyek képesek kezelni a nagy VLCC-ket (Very Large Crude Oil Carrier), Charco Azulban (Csendes-óceáni) és Chiriquí Grande-ban, Bocas del Toro-ban (Atlanti-óceán), Panama és Costa Rica nyugati határa közelében találhatók. A Trans-Panama csővezeték, amely 131 kilométer hosszan keresztezi a földszorost, 81 óta működik Charco Azul és Chiriquí Grande között.