Pigmejski narodi prvi su se naselili u regiji. Kako su se kretala, Bantu plemena su ih uglavnom istiskivala i asimilirala.
Prvi Europljani došli su u 15. stoljeću. U Gabonu se u 18. stoljeću pojavila monarhija koja govori mieni, poznata kao Orungu.
Bartholomew Roberts, velški gusar poznat kao Crni Bart, poginuo je na moru kod obale rta Lopez 10. veljače 1722. Od 1719. do 1722. napadao je brodove duž obala Amerike i zapadne Afrike.
Godine 1875. prvu ekspediciju u regiju Gabon-Kongo proveo je francuski avanturist Pierre Savorgnan de Brazza. Osnovao je Franceville i kasnije služio kao kolonijalni guverner. Kada je Francuska formalno osvojila Gabon 1885. godine, mnoga plemena Bantua živjela su u regiji koja je danas Gabon.
Gabon se 1910. pridružio četirima regijama Francuske Ekvatorijalne Afrike, formirajući federaciju koja je trajala do 1959. Dana 17. kolovoza 1960. ove su regije stekle neovisnost. Léon M'ba bio je prvi predsjednik Gabona, izabran 1961., zajedno s Omarom Bongo Ondimbom za njegovog potpredsjednika.
Nakon M'binog dolaska na vlast, tisak je potisnut, politički skupovi zabranjeni, sloboda govora ograničena, druge političke stranke postupno su potisnute s vlasti, a Ustav je izmijenjen prema francuskoj liniji kako bi vlast dodijelila Predsjedništvu, koje je M'ba je uzeo. Kada je M'ba u siječnju 1964. raspustio Narodnu skupštinu kako bi uspostavio jednostranačku vladavinu, vojni udar pokušao ga je svrgnuti i vratiti parlamentarnu demokraciju. U roku od 24 sata stigli su francuski padobranci kako bi vratili M'bu na vlast.
Unatoč masovnim demonstracijama i neredima, puč je završio nakon nekoliko dana borbe, a oporba je zatvorena. Do danas su francuske trupe stacionirane u Camp de Gaulleu na periferiji grada Gabona. Bongo je preuzeo dužnost predsjednika kada je M'Ba umro 1967.
Bongo je u ožujku 1968. proglasio Gabon jednostranačkom državom, raspustivši BDG i osnovavši Parti Democratique Gabonais (PDG). Poželio je dobrodošlicu svim Gaboncima da se pridruže, bez obzira na njihovu prijašnju političku pripadnost. Bongo je koristio PDG kao sredstvo za utapanje regionalnih i plemenskih sukoba koji su prethodno podijelili gabonsku politiku kako bi stvorio jedinstveni nacionalni pokret u korist razvojnih ciljeva vlade. U veljači 1975. Bongo je izabran za predsjednika; u travnju 1975. potpredsjedništvo je ukinuto i zamijenjeno premijerskim mjestom, koje nije imalo pravo na automatsko nasljeđivanje. Bongo je ponovno izabran na 7-godišnji mandat predsjednika u prosincu 1979. i studenom 1986.
Studenti i radnici organizirali su nasilne prosvjede i štrajkove početkom 1990-ih, potaknuti ekonomskim nezadovoljstvom i željom za političkim reformama. Bongo je radio sa zaposlenicima od sektora do sektora kao odgovor na njihove pritužbe, značajno smanjivši plaće. Također je rekao da će otvoriti PDG i održati nacionalnu političku konferenciju u ožujku i travnju 1990. na kojoj će se raspravljati o budućoj političkoj strukturi Gabona. Sastanku su nazočili PDG i 74 političke skupine. Vladajuća PDG i njezini pristaše bili su podijeljeni u dvije labave koalicije, Ujedinjenu frontu oporbenih udruga i stranaka, koja je uključivala otcijepljenu Morenu Fundamental i Gabonsku stranku progresa.
Konferencija u travnju 1990. godine podržala je značajne političke promjene, uključujući uspostavu nacionalnog Senata, decentralizaciju proračunskog procesa, slobodu okupljanja i tiska, te ukidanje potrebe za vizom za odlazak. Bongo je dao ostavku na mjesto predsjednika PDG-a u nastojanju da vodi tranziciju političkog sustava u višestranačku demokraciju, a formirana je i prijelazna uprava na čelu s novim premijerom Casimirom Oye-Mbom. Rezultirajuća administracija, poznata kao Gabonska socijaldemokratska grupacija (RSDG), bila je manja od prethodne i sadržavala je članove raznih oporbenih skupina u svom kabinetu. U svibnju 1990. godine, RSDG je izradio privremeni ustav koji je uključivao temeljni zakon o pravima i neovisno sudstvo, ali je predsjedniku dao široke administrativne ovlasti. Ovaj dokument stupio je na snagu u ožujku 1991. nakon dodatnog ispitivanja od strane ustavnog odbora i Narodne skupštine.
Međutim, protivljenje PDG-u se nastavilo nakon sastanka u travnju 1990., a dva pokušaja državnog udara otkrivena su i osujećena u rujnu 1990. Unatoč protuvladinim prosvjedima nakon neočekivane smrti jednog oporbenog čelnika, PDG je osvojio snažnu većinu u prvom višestranačkom nacionalnom Skupštinski izbori za gotovo 30 godina u rujnu-listopadu 1990.
Nakon ponovnog izbora predsjednika Omara Bonga s 51% glasova u prosincu 1993., oporbeni kandidati odbili su prihvatiti rezultate. Nakon ozbiljnih građanskih nemira, vlada i oporbene skupine složile su se raditi na političkom rješenju. Te su rasprave rezultirale Pariškim sporazumom, koji je potpisan u studenom 1994. i koji uključuje mnoge oporbene vođe u vladu nacionalnog jedinstva. Međutim, taj se dogovor brzo raspao, a parlamentarni i općinski izbori 1996. i 1997. postavili su teren za povratak u partizansku politiku. PDG je ostvario odličnu pobjedu na parlamentarnim izborima, ali su oporbeni gradonačelnici izabrani u mnogim velikim gradovima, uključujući Libreville, na općinskim izborima 1997. godine.
U prosincu 1998. predsjednik Omar Bongo došao je na ponovni izbor s velikom većinom glasova, unatoč podijeljenoj oporbi. Unatoč brojnim navodnim anomalijama, nekoliko stranih promatrača opisalo je rezultate kao reprezentativne, a nije bilo nasilnih nemira koji su prethodili izborima 1993. godine. PDG i pridruženi nezavisni neovisni su gotovo u potpunosti kontrolirali Narodnu skupštinu nakon mirnih, ali pogrešnih parlamentarnih izbora 2001.-2002., koje je bojkotirao niz manjih oporbenih stranaka i oštro osuđen zbog administrativnih nedostataka. Predsjednik Omar Bongo ponovno je izabran u studenom 2005. za šesti mandat. Udobno je ponovno izabran, iako protivnici tvrde da su izbori bili praćeni nepravilnostima. Nakon objave njegove pobjede, bilo je nekoliko incidenata nasilja, ali Gabon je općenito ostao miran.
U prosincu 2006. godine provedeni su novi izbori za Narodnu skupštinu. Ustavni sud poništio je mnoga mjesta koja su bila osporavana zbog neregularnosti glasovanja, ali je PDG zadržao kontrolu nad Narodnom skupštinom u drugom krugu izbora početkom 2007. godine.
Predsjednik Omar Bongo preminuo je od zastoja srca 8. lipnja 2009. u španjolskoj bolnici u Barceloni, što je označilo početak nove ere u politici Gabona. Rose Francine Rogombé, predsjednica Senata, imenovana je privremenom predsjednicom 10. lipnja 2009., u skladu s revidiranim ustavom. Dana 30. kolovoza 2009. održani su prvi natjecateljski izbori u povijesti Gabona bez Omara Bonga kao kandidata, s 18 kandidata za predsjednika. Uoči izbora bilo je nekoliko manjih demonstracija, ali bez većih poremećaja. Nakon trotjedne revizije od strane Ustavnog suda, sin Omara Bonga, šef vladajuće stranke Ali Bongo Ondimba, službeno je proglašen pobjednikom; njegova inauguracija održana je 16. listopada 2009. godine.
Mnogi oporbeni kandidati tvrdili su za izbornu prijevaru, a prvo objavljivanje izbornih rezultata izazvalo je neobično nasilne demonstracije u Port-Gentilu, drugom po veličini gradu u zemlji i dugogodišnjem uporištu otpora administraciji PDG-a. Stanovnici Port-Gentila pohrlili su na ulice, zapalivši brojne tvrtke i domove, uključujući francuski konzulat i lokalni zatvor. Prema službenim podacima u neredima su ubijene samo četiri osobe, ali oporba i lokalni čelnici kažu da ih je bilo mnogo više. Kako bi pomogli policiji koja se bori, žandari i vojska poslani su u Port-Gentil, a policijski sat je uveden na više od tri mjeseca.
U lipnju 2010. provedeni su djelomični parlamentarni izbori. Po prvi put sudjelovala je novoformirana koalicija stranaka Union Nationale (UN). Prebjegi iz PDG-a koji su napustili stranku nakon smrti Omara Bonga čine većinu UN-a. PDG je osvojio tri od pet mjesta u kojima se žestoko bore, dok je UN dobio dva; obje strane su tvrdile pobjedu.