Mostarin talous on pääasiassa riippuvainen alumiini- ja metalliteollisuudesta, pankkitoiminnasta ja televiestinnästä. Joidenkin maan huippuyritysten pääkonttori on kaupungissa.
Mostar on Sarajevon ohella Bosnia ja Hertsegovinan suurin finanssikeskus, jossa kahdella maan kolmesta suurimmasta pankista on pääkonttori. Bosnia ja Hertsegovinassa on kolme kansallista sähkö-, posti- ja tietoliikennepalveluyritystä, joista kukin sijaitsee Mostarissa (sähköpalveluyritys "Elektroprivreda HZHB", postipalveluyritys Hrvatska Pota Mostar ja HT Mostar, maan kolmanneksi suurin teleyritys). Nämä kolme yritystä (pankkien ja alumiinivalimon ohella) muodostavat merkittävän osan kaupungin kokonaistaloudellisesta toiminnasta. Viime vuosien aikana yksityinen sektori on kokenut pienten ja keskisuurten yritysten merkittävän kasvun, mikä on osaltaan edistänyt suotuisaa toimintaympäristöä.
Koska Mostarin kaupungin alueella on kolme patoa, kaupungilla on vankka perusta tulevalle teollisuuden laajentumiselle. Myös tuulivoiman mahdollista käyttöä ja tuulimyllyjen rakentamista koskeva aloite on meneillään.
Mostar oli riippuvainen muista merkittävistä yrityksistä, jotka oli suljettu, tuhottu tai kutistunut ennen vuosien 1992–1995 Bosnian sotaa. SOKO (sotilaslentokoneiden tehdas), Fabrika duhana Mostar (tupakkaliiketoiminta) ja Hepok (elintarviketeollisuus). Mostarin BKT asukasta kohti vuonna 1981 oli 103 prosenttia Jugoslavian keskiarvosta.
Aluminij on ainoa entisen Jugoslavian yritys, joka on edelleen toiminnassa. Aluminij on yksi maan vahvimmista yrityksistä, jolla on useita ulkomaisia kumppaneita. Yhtiön vuosituotanto kasvaa nopeasti, ja se tekee yhteistyötä merkittävien maailmanlaajuisten yritysten, kuten Daimler Chryslerin ja Fiatin, kanssa. Aluminij on yksi kaupungin, alueen ja maan tehokkaimmista yrityksistä. Nykyisellä teollisuuskapasiteetilla mitattuna se tuottaa vuosittain yli 150 miljoonan euron vientiä. Aluminijin yhteistyökumppaneita ovat tunnetut globaalit yritykset, joista tärkeimmät ovat: Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco yhteisyritys) Yhdysvalloista, Glencore International AG Sveitsistä, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler ja VAW Aluminium Technologie GmbH Saksasta, Hydro ASA Norjasta, Fiat Italiasta ja TLM-ibenik Kroatiasta. Aluminij tuottaa 40 miljoonaa euroa tuloja pelkästään Mostarin alueelle vuosittain.
Mostarissa järjestetään myös joka toinen vuosi järjestettävä kansainvälinen talousmessu Mostar ("Meunarodni sajam gospodarstva Mostar"), joka alkoi vuonna 1997. Messut on jaettu useisiin osiin: "Talousmessut", "Viinimessut", "Kirjamessut" ja "Meunarodni sajam gospodarstva Mostar". “Ruokapäivä.”