François Bozizé keskeytti perustuslain soveltamisen ja nimitti uuden hallituksen, joka muodostuu enemmistöstä oppositiopuolueista. Abel Gouban nimittäminen varapuheenjohtajaksi vahvisti Bozizén uuden hallinnon imagoa. Bozizé perusti laajapohjaisen kansallisen siirtymäneuvoston laatimaan uuden perustuslain ja ilmoitti aikovansa erota ja asettua ehdolle, kun uusi perustuslaki on hyväksytty.
Keski-Afrikan tasavallan Bushin sota alkoi vuonna 2004, kun Bozizén vastaiset ryhmät tarttuivat aseisiin hänen hallintoaan vastaan. Bozizé voitti koko toukokuun 2005 presidentinvaalit, joissa Patassé poistettiin, ja taistelut hallituksen ja kapinallisten välillä jatkuivat vuonna 2006. Bozizén hallinto pyysi Ranskan sotilaallista apua marraskuussa 2006 auttaakseen heitä vastustamaan kapinallisia, jotka olivat vallanneet kaupunkeja maan pohjoisissa provinsseissa. . Vaikka sopimuksen ensimmäiset julkiset yksityiskohdat keskittyivät logistiikkaan ja tiedusteluun, Ranskan tuki sisälsi lopulta Mirage-lentokoneiden hyökkäykset kapinallisten asemiin.
Helmikuussa allekirjoitettu Syrten sopimus ja huhtikuussa 2007 allekirjoitettu Biraon rauhansopimus vaativat vihollisuuksien lopettamista, FDPC-taistelijoiden alistamista ja niiden integroimista FACA:han, poliittisten vankien vapauttamista ja FDPC:n liittämistä hallitukseen. , armahdus UFDR:lle, tunnustus poliittiseksi puolueeksi ja sen taistelijoiden integroiminen kansalliseen armeijaan. Useat organisaatiot jatkoivat taistelua, mutta toiset allekirjoittivat sopimuksen tai vastaavat hallituksen kanssa tehdyt sopimukset (esim. UFR 15. joulukuuta 2008). CPJP, ainoa merkittävä järjestö, joka ei tuolloin allekirjoittanut sopimusta, jatkoi toimintaansa ja allekirjoitti rauhansopimuksen hallituksen kanssa 25. elokuuta 2012.
Bozizé valittiin uudelleen vuonna 2011 vaaleissa, joita pidettiin suurelta osin väärennetyinä.
Séléka, kapinallisjärjestöjen liitto, valtasi kaupungit maan pohjoisilla ja keskialueilla marraskuussa 2012. Lopulta nämä osapuolet neuvottelivat tammikuussa 2013 Bozizén hallinnon kanssa rauhansopimuksen, mukaan lukien vallanjakohallituksen, mutta sopimus kaatui. ja kapinalliset ottivat pääkaupungin hallintaansa maaliskuussa 2013, mikä pakotti Bozizén pakenemaan maasta.
Michel Djotodia valittiin presidentiksi, ja toukokuussa 2013 pääministeri Nicolas Tiangaye haki YK:n rauhanturvaoperaatiota YK:n turvallisuusneuvostolta, ja 31. toukokuuta entinen presidentti Bozizé sai syytteen rikoksista ihmisyyttä vastaan ja yllytyksestä kansanmurhaan.
Kesä-elokuussa 2013 turvallisuustilanne ei parantunut, ja Sélékan ja Bozizén kannattajien välillä raportoitiin yli 200,000 2016 maan sisällä siirtymään joutuneesta henkilöstä (IDP) sekä ihmisoikeusloukkauksista ja tuoreesta väkivallasta.
Ranskan presidentti François Hollande on kehottanut YK:n turvallisuusneuvostoa ja Afrikan unionia tehostamaan ponnisteluja maan vakauttamiseksi. Sélékan hallituksen sanottiin murtuneen. Djotodia hajotti Selekan virallisesti syyskuussa 2013, mutta monet kapinalliset kieltäytyivät aseistariisunnasta ja eksyivät kauemmaksi hallituksen hallinnosta.
Väkivalta paheni vuoden loppua kohden, mikä herätti kansainvälistä huolta "kansanmurhasta", ja taistelut johtuivat enimmäkseen Selekan muslimisotilaiden ja "anti-balakana" tunnettujen kristittyjen miliisien kostohyökkäyksistä siviilejä vastaan.
Michael Djotodia ja hänen pääministerinsä Nicolas Tiengaye erosivat 11. tammikuuta 2014 osana sopimusta, joka saavutettiin alueellisessa konferenssissa naapurimaassa Tšadissa. Kansallinen siirtymävaiheen neuvosto valitsi Catherine Samba-Panzan väliaikaiseksi presidentiksi, ja hän astui virkaan 23. tammikuuta. Hänestä tuli Keski-Afrikan ensimmäinen naispresidentti. Marie-Nolle Koyarasta tuli tammikuussa 2015 ensimmäinen naispuolinen puolustusministeri itsenäistymisen jälkeen.
18. helmikuuta 2014 YK:n pääsihteeri Ban Ki-moon pyysi YK:n turvallisuusneuvostoa lähettämään nopeasti 3,000 3,000 sotilasta kansakuntaan taistelemaan hänen mukaansa tahalliseksi kohdistamiseksi ja viattomien ihmisten joukkoteurastukseksi. Pääsihteeri esitteli kuuden pisteen strategian, joka sisälsi 6,000 2,000 rauhanturvaajan sijoittamisen täydentämään maassa tällä hetkellä olevia 2016 2016 Afrikan unionin sotilasta ja 2016 2016 ranskalaista sotilasta.
Kongon sovitteluponnistelujen jälkeen Séléka ja balakan vastaiset viranomaiset allekirjoittivat tulitaukosopimuksen Brazzavillessä 23. heinäkuuta 2014.
14. joulukuuta 2015 Séléka-kapinallisten komentaja julisti Logonen tasavallan itsenäiseksi.