François Bozizé suspendió la constitución y nombró un nuevo gobierno compuesto por la mayoría de los partidos de oposición. El nombramiento de Abel Goumba como vicepresidente impulsó la imagen de la nueva administración de Bozizé. Bozizé formó un Consejo Nacional de Transición de base amplia para redactar una nueva constitución y declaró su intención de renunciar y postularse para el cargo una vez que se adoptara la nueva constitución.
La Guerra de Bush en la República Centroafricana comenzó en 2004 cuando los grupos anti-Bozizé tomaron las armas contra su administración. A lo largo de mayo de 2005, Bozizé ganó una elección presidencial que excluyó a Patassé, y el combate entre el gobierno y los rebeldes continuó en 2006. La administración de Bozizé buscó la ayuda militar francesa en noviembre de 2006 para ayudarlos a resistir a los insurgentes que habían tomado el control de las ciudades en las provincias del norte del país. . Aunque los primeros detalles públicos del acuerdo se centraron en la logística y la inteligencia, el apoyo francés finalmente incluyó ataques de aviones Mirage contra posiciones rebeldes.
El Acuerdo de Syrte, firmado en febrero, y el Acuerdo de Paz de Birao, firmado en abril de 2007, pedían el cese de las hostilidades, el alojamiento de los combatientes del FDPC y su integración en las FACA, la liberación de los presos políticos, la integración del FDPC en el gobierno , una amnistía para la UFDR, el reconocimiento como partido político y la integración de sus combatientes en el ejército nacional. Varias organizaciones siguieron luchando, pero otras firmaron el pacto o acuerdos similares con el gobierno (por ejemplo, UFR el 15 de diciembre de 2008). La CPJP, la única organización significativa que no firmó un acuerdo en ese momento, mantuvo sus operaciones y firmó un acuerdo de paz con el gobierno el 25 de agosto de 2012.
Bozizé fue reelegido en 2011 en una elección que en gran medida se consideró manipulada.
Séléka, una alianza de organizaciones rebeldes, tomó el control de ciudades en las regiones norte y central del país en noviembre de 2012. Estas partes finalmente negociaron un acuerdo de paz con la administración de Bozizé en enero de 2013, incluido un gobierno de poder compartido, pero el acuerdo fracasó. y los rebeldes tomaron el control de la capital en marzo de 2013, lo que obligó a Bozizé a huir del país.
Michel Djotodia fue elegido presidente, y en mayo de 2013, el primer ministro Nicolas Tiangaye solicitó una misión de mantenimiento de la paz de la ONU al Consejo de Seguridad de la ONU, y el 31 de mayo, el expresidente Bozizé fue acusado de crímenes de lesa humanidad e incitación al genocidio.
Durante junio-agosto de 2013, la situación de seguridad no mejoró y hubo informes de más de 200,000 desplazados internos (IDP), así como violaciones de derechos humanos y nueva violencia entre los partidarios de Séléka y Bozizé.
El presidente francés, François Hollande, instó al Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas y a la Unión Africana a intensificar los esfuerzos para estabilizar la nación. Se decía que el gobierno de Séléka estaba fracturado. Djotodia disolvió formalmente Seleka en septiembre de 2013, pero muchos rebeldes se negaron a desarmarse y se alejaron más de la autoridad gubernamental.
La violencia se deterioró hacia el final del año, lo que generó preocupaciones internacionales de "genocidio", y el combate fue principalmente el resultado de ataques de represalia contra civiles por parte de soldados principalmente musulmanes de Seleka y milicias cristianas conocidas como "anti-balaka".
Michael Djotodia y su primer ministro, Nicolas Tiengaye, renunciaron el 11 de enero de 2014 como parte de un acuerdo alcanzado en una conferencia regional en el vecino Chad. El Consejo Nacional de Transición eligió a Catherine Samba-Panza como presidenta interina y asumió el cargo el 23 de enero. Se convirtió en la primera mujer presidenta de África Central. Marie-Nolle Koyara se convirtió en la primera mujer ministra de defensa desde la independencia en enero de 2015.
El 18 de febrero de 2014, el secretario general de las Naciones Unidas, Ban Ki-moon, solicitó que el Consejo de Seguridad de la ONU enviara rápidamente 3,000 soldados a la nación para luchar contra lo que caracterizó como ataques intencionales y matanzas masivas de personas inocentes. El secretario general presentó una estrategia de seis puntos, que incluía el despliegue de 3,000 cascos azules para complementar los 6,000 soldados de la Unión Africana y las 2,000 fuerzas francesas que se encuentran actualmente en el país.
Tras los esfuerzos de mediación congoleños, la Séléka y los funcionarios antibalaka firmaron un acuerdo de alto el fuego en Brazzaville el 23 de julio de 2014.
El 14 de diciembre de 2015, el comandante rebelde Séléka proclamó la independencia de la República de Logone.