Το Σύνταγμα της Μάλτας ανακηρύσσει τον Καθολικισμό ως επίσημη θρησκεία, παρά την καθιερωμένη προστασία για τη θρησκευτική ελευθερία.
Ο Ρωμαιοκαθολικισμός είναι η πιο διαδεδομένη θρησκεία στη Μάλτα. Το Σύνταγμα της Μάλτας ορίζει τον Καθολικισμό ως την επίσημη θρησκεία, η οποία εκπροσωπείται επίσης σε πολλές πτυχές του πολιτισμού της Μάλτας.
Στη Μάλτα, το Gozo και το Comino, υπάρχουν περίπου 360 εκκλησίες, ή μία για κάθε 1,000 κατοίκους. Ο ενοριακός ναός (μαλτέζικα: «il-parroa» ή «il-knisja parrokkjali») είναι το αρχιτεκτονικό και γεωγραφικό κέντρο κάθε πόλης και οικισμού της Μάλτας, καθώς και η πηγή της υπερηφάνειας των πολιτών. Αυτή η δημοτική υπερηφάνεια επιδεικνύεται στις τοπικές γιορτές του χωριού, που γιορτάζουν τον προστάτη άγιο κάθε ενορίας με μπάντες, θρησκευτικές πομπές, ειδικές Λειτουργίες, πυροτεχνήματα (ιδιαίτερα πέταλα) και άλλες γιορτές.
Η Μάλτα είναι Αποστολική Έδρα. Οι Πράξεις των Αποστόλων μιλούν για το ναυάγιο του Αγίου Παύλου στο νησί «Μελίτη», το οποίο πολλοί μελετητές της Βίβλου προσδιορίζουν ως Μάλτα, στο ταξίδι του από την Ιερουσαλήμ στη Ρώμη για να δικαστεί, ένα γεγονός που συνέβη περίπου το 60 μ.Χ. πέρασε τρεις μήνες στο νησί στο ταξίδι του στη Ρώμη, όπως αναφέρεται στις Πράξεις των Αποστόλων, θεραπεύοντας τους αρρώστους, συμπεριλαμβανομένου του πατέρα του Πούπλιου, του «κύριου άνδρα του νησιού». Αυτή η ιστορία συνδέεται με μια σειρά από διαφορετικές παραδόσεις. Το ναυάγιο πιστεύεται ότι συνέβη σε αυτό που σήμερα είναι γνωστό ως κόλπος του Αγίου Παύλου. Ο Άγιος Πούπλιος, ένας μαλτέζος άγιος, λέγεται ότι έγινε ο πρώτος επίσκοπος της Μάλτας και σπήλαιο στο Ραμπάτ, τώρα γνωστό ως «Σπήλαιο του Αγίου Παύλου» (και στην περιοχή του οποίου υπάρχουν μαρτυρίες χριστιανικών ταφών και τελετουργιών από τον 3ο αιώνα μ.Χ. ανακαλύφθηκε), είναι ένας από τους παλαιότερους γνωστούς τόπους χριστιανικής λατρείας του νησιού.
Οι κατακόμβες σε διαφορετικές τοποθεσίες σε όλη τη Μάλτα, ιδίως οι Κατακόμβες του Αγίου Παύλου και οι Κατακόμβες της Αγίας Αγκάθα κοντά στο Ραμπάτ, ακριβώς πέρα από τα τείχη της Μντίνα, παρέχουν περαιτέρω στοιχεία για χριστιανικές δραστηριότητες και πεποιθήσεις κατά τη διάρκεια του ρωμαϊκού διωγμού. Τα τελευταία ήταν ιδιαίτερα καλά τοιχογραφημένα μεταξύ 1200 και 1480, αλλά οι Τούρκοι εισβολείς κατέστρεψαν αρκετά από αυτά τη δεκαετία του 1550. Υπάρχουν επίσης πολλές υπόσκαφες εκκλησίες, όπως το σπήλαιο στη Μελλία, το οποίο είναι ιερό της Γεννήσεως της Παναγίας και η παράδοση λέει ότι ο Άγιος Λουκάς ζωγράφισε εκεί ένα πορτρέτο της Παναγίας. Αποτελούσε τόπο προσκυνήματος από τον Μεσαίωνα.
Σύμφωνα με τις Πράξεις της Συνόδου της Χαλκηδόνας, κάποιος Ακάκιος ήταν Επίσκοπος Μάλτας το 451 μ.Χ. (Melitenus Episcopus). Είναι επίσης γνωστό ότι κάποιος Κωνσταντίνος, ο Επίσκοπος Μελιτενένσις, παρευρέθηκε στην Ε' Οικουμενική Σύνοδο το 501 μ.Χ. Ο Πάπας Γρηγόριος Α' απέλυσε τον Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, το 588 μ.Χ., και ο κλήρος και ο λαός της Μάλτας επέλεξαν τον Τραϊανό ως διάδοχό του το 599 μ.Χ. Πριν από την κατάκτηση των νησιών, ο τελευταίος τεκμηριωμένος Επίσκοπος της Μάλτας ήταν ένας Έλληνας ονόματι Μανάς, ο οποίος στη συνέχεια φυλακίστηκε στο Παλέρμο.
Σύμφωνα με τον Μαλτέζο ιστορικό Giovanni Francesco Abela, οι Μαλτέζοι διατήρησαν τη χριστιανική τους πίστη παρά την εισβολή των Φατιμιδών μετά τον εκχριστιανισμό τους στα χέρια του Αγίου Παύλου. Η Μάλτα περιγράφεται στα έργα του Abela ως ένα θεϊκά διορισμένο «προπύργιο του χριστιανικού, ευρωπαϊκού πολιτισμού ενάντια στην επέκταση του μεσογειακού Ισλάμ». Τον 12ο και 13ο αιώνα, η μετανάστευση στη Μάλτα από την Ιταλία ενίσχυσε τον τοπικό χριστιανικό πληθυσμό που υποδέχτηκε τον Ρογήρο Α' της Σικελίας.
Για αιώνες, η Εκκλησία στη Μάλτα υπαγόταν στη Μητρόπολη του Παλέρμο, εκτός από τις περιπτώσεις που ήταν υπό τον Κάρολο του Ανζού, ο οποίος επέλεγε επισκόπους για τη Μάλτα, όπως και οι Ισπανοί και, στη συνέχεια, οι Ιππότες σε σπάνιες περιπτώσεις. Από το 1808, όλοι οι Μαλτέζοι επίσκοποι υπηρέτησαν. Η Μάλτα έγινε η αφοσιωμένη καθολική χώρα που είναι σήμερα ως συνέπεια της νορμανδικής και ισπανικής εποχής, καθώς και της εξουσίας των Ιπποτών. Αξίζει να αναφερθεί ότι το Γραφείο του Ιεροεξεταστή της Μάλτας είχε μια μακρά παραμονή στο νησί μετά την ίδρυσή του το 1530: ο τελευταίος Ιεροεξεταστής έφυγε από τα νησιά το 1798, όταν οι Ιππότες παραδόθηκαν στα στρατεύματα του Ναπολέοντα Βοναπάρτη. Αρκετές οικογένειες της Μάλτας μετακόμισαν στην Κέρκυρα υπό τη Δημοκρατία της Βενετίας. Οι απόγονοί τους αποτελούν περίπου τα δύο τρίτα των 4,000 Καθολικών που κατοικούν αυτή τη στιγμή στο νησί.
Οι προστάτες άγιοι της Μάλτας είναι ο Άγιος Παύλος, ο Άγιος Πούπλιος και η Αγία Αγκάθα. Αν και δεν είναι προστάτης άγιος, ο Άγιος Γεώργιος Πρέκα (Σαν ή Πρέκα) θεωρείται ιδιαίτερα ως ο δεύτερος άγιος της Μάλτας που ανακηρύχθηκε άγιος μετά τον Άγιο Πούπλιο Μάλτα, τον πρώτο αναγνωρισμένο άγιο της Μάλτας (αγιοποιήθηκε το έτος 1634). Στις 3 Ιουνίου 2007, ο Πάπας Βενέδικτος XVI τον αγιοποίησε. Επιπλέον, αρκετοί Μαλτέζοι έχουν ανακηρυχθεί Μακάριοι, ιδίως η Μαρία Αντεοντάτα Πισάνι και ο Ναζού Φαλτσόν, οι οποίοι αγιοποιήθηκαν από τον Πάπα Ιωάννη Παύλο Β' το 2001.
Η Μάλτα φιλοξενεί μια σειρά από Ρωμαιοκαθολικά θρησκευτικά τάγματα, συμπεριλαμβανομένων των Ιησουιτών, των Φραγκισκανών, των Δομινικανών και των Μικρών Αδελφών των Φτωχών.
Η πλειοψηφία των εκκλησιών των τοπικών προτεσταντικών εκκλησιών δεν είναι Μαλτέζοι. Οι εκκλησίες τους προέρχονται από τους πολυάριθμους Βρετανούς συνταξιούχους που κατοικούν στο νησί καθώς και από τουρίστες από πολλές άλλες χώρες. Υπάρχουν περίπου 600 Μάρτυρες του Ιεχωβά στην περιοχή. Καθεμία από τις Εκκλησίες του Ιησού Χριστού των Αγίων των Τελευταίων Ημερών (Εκκλησία LDS), η Εκκλησία Βαπτιστών της Βίβλου και η Κοινότητα Ευαγγελικών Εκκλησιών έχει περίπου 60 θυγατρικές. Άλλες θρησκευτικές εκκλησίες περιλαμβάνουν τη Σκωτσέζικη Εκκλησία του Αγίου Ανδρέα στη Βαλέτα (μια μικτή εκκλησία Πρεσβυτεριανών και Μεθοδιστών) και τον Αγγλικανικό Καθεδρικό Ναό του Αγίου Παύλου, καθώς και μια εκκλησία Αντβεντιστών της έβδομης ημέρας στην Μπιρκιρκάρα. Το 1983, ιδρύθηκε εκκλησία της Νέας Αποστολικής Εκκλησίας στη Γκουαρδαμάγκια.
Ο εβραϊκός πληθυσμός της Μάλτας κορυφώθηκε υπό τον έλεγχο των Νορμανδών τον Μεσαίωνα. Η Μάλτα και η Σικελία προσαρτήθηκαν από τους Αραγωνέζους το 1479, και το Διάταγμα της Αλάμπρα του 1492 ανάγκασε όλους τους Εβραίους να εγκαταλείψουν το έθνος, επιτρέποντάς τους να πάρουν λίγα πράγματα μαζί τους. Αρκετές εκατοντάδες Εβραίοι της Μάλτας μπορεί να ασπάστηκαν τον Χριστιανισμό για να παραμείνουν στο έθνος κατά τη διάρκεια της εποχής. Τώρα υπάρχει μόνο μία εβραϊκή εκκλησία.
Ο Βουδισμός Ζεν και η Πίστη Μπαχά έχουν και οι δύο περίπου 40 υποστηρικτές.
Το τζαμί Mariam Al-Batool είναι το μόνο μουσουλμανικό τζαμί στην πόλη. Μόλις ιδρύθηκε ένα μουσουλμανικό δημοτικό σχολείο. Από τους εκτιμώμενους 3,000 μουσουλμάνους στη Μάλτα, περίπου 2,250 είναι μετανάστες, 600 είναι πολιτογραφημένοι πολίτες και 150 Μαλτέζοι εκ γενετής.