Η οικονομία του Μόσταρ εξαρτάται κυρίως από τις βιομηχανίες αλουμινίου και μετάλλων, τις τράπεζες και τις τηλεπικοινωνίες. Ορισμένες από τις κορυφαίες εταιρείες της χώρας έχουν την έδρα τους στην πόλη.
Το Μόσταρ, μαζί με το Σεράγεβο, είναι ο σημαντικός οικονομικός κόμβος στη Βοσνία-Ερζεγοβίνη, με δύο από τις τρεις μεγαλύτερες τράπεζες της χώρας να έχουν την έδρα τους εκεί. Η Βοσνία-Ερζεγοβίνη έχει τρεις εθνικές εταιρείες ηλεκτρικών, ταχυδρομικών και τηλεπικοινωνιακών υπηρεσιών, με μία από τις δύο στο Μόσταρ (εταιρεία ηλεκτρικών υπηρεσιών «Elektroprivreda HZHB», επιχείρηση ταχυδρομικών υπηρεσιών Hrvatska Pota Mostar και HT Mostar, η τρίτη μεγαλύτερη εταιρεία τηλεπικοινωνιών της χώρας). Οι τρεις αυτές επιχειρήσεις (μαζί με τράπεζες και ένα χυτήριο αλουμινίου) αντιπροσωπεύουν σημαντικό μερίδιο της συνολικής οικονομικής δραστηριότητας της πόλης. Τα τελευταία χρόνια, ο ιδιωτικός τομέας γνώρισε σημαντική επέκταση στις μικρομεσαίες επιχειρήσεις, γεγονός που συνέβαλε στο ευνοϊκό επιχειρηματικό περιβάλλον.
Δεδομένης της παρουσίας τριών φραγμάτων στην περιοχή της πόλης του Μόσταρ, η πόλη έχει γερά θεμέλια για μελλοντική βιομηχανική επέκταση. Υπάρχει επίσης μια συνεχής πρωτοβουλία για την πιθανή χρήση της αιολικής ενέργειας και την κατασκευή ανεμόμυλων.
Το Μόσταρ εξαρτιόταν από άλλες σημαντικές επιχειρήσεις που είχαν κλείσει, καταστραφεί ή συρρικνωθεί πριν από τον πόλεμο της Βοσνίας του 1992–1995. Η SOKO (εργοστάσιο στρατιωτικών αεροσκαφών), η Fabrika duhana Mostar (επιχείρηση καπνού) και η Hepok ήταν μεταξύ αυτών (βιομηχανία τροφίμων). Το κατά κεφαλήν ΑΕΠ του Μόσταρ το 1981 ήταν 103 τοις εκατό του μέσου όρου της Γιουγκοσλαβίας.
Η Aluminij είναι η μοναδική επιχείρηση από την πρώην Γιουγκοσλαβία που εξακολουθεί να λειτουργεί. Η Aluminij είναι μια από τις ισχυρότερες εταιρείες στη χώρα, με αρκετούς ξένους συνεργάτες. Η ετήσια παραγωγή της εταιρείας αυξάνεται ραγδαία και συνεργάζεται με σημαντικές εταιρείες παγκοσμίως όπως η Daimler Chrysler και η Fiat. Η Aluminij είναι μια από τις πιο ισχυρές επιχειρήσεις στην πόλη, την περιοχή και το έθνος. Όσον αφορά την τρέχουσα βιομηχανική ικανότητα, παράγει περισσότερες από 150 εκατ. ευρώ ετήσιες εξαγωγές. Οι συνεργάτες της Aluminij περιλαμβάνουν γνωστές παγκόσμιες εταιρείες, οι σημαντικότερες από τις οποίες είναι: Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco κοινοπραξία) από τις Ηνωμένες Πολιτείες, Glencore International AG από την Ελβετία, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler και VAW Aluminium Η Technologie GmbH από τη Γερμανία, η Hydro ASA από τη Νορβηγία, η Fiat από την Ιταλία και η TLM-ibenik από την Κροατία. Η Aluminij παράγει έσοδα 40 εκατομμυρίων ευρώ μόνο για την περιοχή του Μόσταρ κάθε χρόνο.
Το Μόσταρ φιλοξενεί επίσης τη διετή Διεθνή Οικονομική Έκθεση Μόσταρ ("Meunarodni sajam gospodarstva Mostar"), η οποία ξεκίνησε το 1997. Η Έκθεση χωρίζεται σε διάφορα τμήματα: "The Economy Fair", "Wine Fair", "Book Fair" και “Ημέρα φαγητού.”