Ο Φρανσουά Μποζιζέ ανέστειλε το σύνταγμα και διόρισε μια νέα κυβέρνηση αποτελούμενη από την πλειοψηφία των κομμάτων της αντιπολίτευσης. Ο διορισμός του Άμπελ Γκούμπα ως αντιπροέδρου ενίσχυσε την εικόνα της νέας διοίκησης του Μποζιζέ. Ο Bozizé σχημάτισε ένα ευρείας βάσης Εθνικό Μεταβατικό Συμβούλιο για να γράψει ένα νέο σύνταγμα και δήλωσε την πρόθεσή του να παραιτηθεί και να διεκδικήσει το αξίωμα μόλις εγκριθεί το νέο σύνταγμα.
Ο πόλεμος του Μπους της Κεντροαφρικανικής Δημοκρατίας ξεκίνησε το 2004 όταν ομάδες κατά του Μποζιζέ πήραν όπλα κατά της κυβέρνησής του. Καθ' όλη τη διάρκεια του Μαΐου του 2005, ο Bozizé κέρδισε τις προεδρικές εκλογές που απέκλεισαν τον Patassé και η μάχη μεταξύ της κυβέρνησης και των ανταρτών συνεχίστηκε το 2006. Η διοίκηση του Bozizé ζήτησε τη γαλλική στρατιωτική βοήθεια τον Νοέμβριο του 2006 για να τους βοηθήσει να αντισταθούν στους αντάρτες που είχαν καταλάβει τον έλεγχο πόλεων στις βόρειες επαρχίες της χώρας . Αν και οι πρώτες δημόσιες λεπτομέρειες της συμφωνίας επικεντρώθηκαν στην επιμελητεία και τις πληροφορίες, η γαλλική υποστήριξη περιλάμβανε τελικά επιθέσεις από αεροσκάφη Mirage σε θέσεις ανταρτών.
Η Συμφωνία Syrte, που υπογράφηκε τον Φεβρουάριο, και η Ειρηνευτική Συμφωνία Birao, που υπογράφηκε τον Απρίλιο του 2007, ζήτησαν τον τερματισμό των εχθροπραξιών, την καταστολή των μαχητών του FDPC και την ενσωμάτωσή τους στην FACA, την απελευθέρωση πολιτικών κρατουμένων, την ένταξη του FDPC στην κυβέρνηση , μια αμνηστία για το UFDR, η αναγνώριση ως πολιτικό κόμμα και η ένταξη των μαχητών του στον εθνικό στρατό. Αρκετές οργανώσεις πολέμησαν, αλλά άλλες υπέγραψαν το σύμφωνο ή παρόμοιες συμφωνίες με την κυβέρνηση (π.χ. UFR στις 15 Δεκεμβρίου 2008). Το CPJP, ο μόνος σημαντικός οργανισμός που δεν υπέγραψε συμφωνία εκείνη την εποχή, διατήρησε τις δραστηριότητές του και υπέγραψε ειρηνευτική συμφωνία με την κυβέρνηση στις 25 Αυγούστου 2012.
Ο Bozizé επανεξελέγη το 2011 σε εκλογές που θεωρήθηκαν σε μεγάλο βαθμό νοθευμένες.
Η Séléka, μια συμμαχία ανταρτικών οργανώσεων, κατέλαβε τον έλεγχο πόλεων στις βόρειες και κεντρικές περιοχές της χώρας τον Νοέμβριο του 2012. Αυτά τα κόμματα διαπραγματεύτηκαν τελικά μια ειρηνευτική συμφωνία με την κυβέρνηση του Bozizé τον Ιανουάριο του 2013, συμπεριλαμβανομένης μιας κυβέρνησης κατανομής της εξουσίας, αλλά η συμφωνία απέτυχε. και οι αντάρτες πήραν τον έλεγχο της πρωτεύουσας τον Μάρτιο του 2013, αναγκάζοντας τον Bozizé να εγκαταλείψει τη χώρα.
Ο Michel Djotodia εξελέγη πρόεδρος και τον Μάιο του 2013, ο πρωθυπουργός Nicolas Tiangaye ζήτησε ειρηνευτική αποστολή του ΟΗΕ από το Συμβούλιο Ασφαλείας του ΟΗΕ και στις 31 Μαΐου, ο πρώην πρόεδρος Bozizé κατηγορήθηκε για εγκλήματα κατά της ανθρωπότητας και υποκίνηση σε γενοκτονία.
Κατά τον Ιούνιο-Αύγουστο του 2013, η κατάσταση της ασφάλειας δεν βελτιώθηκε και υπήρξαν αναφορές για πάνω από 200,000 εσωτερικά εκτοπισμένους (ΕΑΠ), καθώς και παραβιάσεις των ανθρωπίνων δικαιωμάτων και νέα βία μεταξύ των υποστηρικτών της Séléka και του Bozizé.
Ο Γάλλος πρόεδρος Φρανσουά Ολάντ κάλεσε το Συμβούλιο Ασφαλείας των Ηνωμένων Εθνών και την Αφρικανική Ένωση να εντείνουν τις προσπάθειες για τη σταθεροποίηση του έθνους. Η κυβέρνηση Séléka λέγεται ότι ήταν διαλυμένη. Ο Djotodia διέλυσε επίσημα τη Seleka τον Σεπτέμβριο του 2013, αλλά πολλοί αντάρτες αρνήθηκαν να αφοπλίσουν και απομακρύνθηκαν περισσότερο από την κυβερνητική εξουσία.
Η βία επιδεινώθηκε προς το τέλος του έτους, προκαλώντας διεθνείς ανησυχίες για «γενοκτονία» και η μάχη ήταν ως επί το πλείστον αποτέλεσμα επιθέσεων αντιποίνων σε πολίτες από τους κυρίως μουσουλμάνους στρατιώτες της Seleka και χριστιανικές πολιτοφυλακές γνωστές ως «anti-balaka».
Ο Michael Djotodia και ο πρωθυπουργός του, Nicolas Tiengaye, παραιτήθηκαν στις 11 Ιανουαρίου 2014, στο πλαίσιο συμφωνίας που επιτεύχθηκε σε περιφερειακή διάσκεψη στο γειτονικό Τσαντ. Το Εθνικό Μεταβατικό Συμβούλιο επέλεξε την Catherine Samba-Panza ως προσωρινή πρόεδρο και ανέλαβε καθήκοντα στις 23 Ιανουαρίου. Έγινε η πρώτη γυναίκα πρόεδρος της Κεντρικής Αφρικής. Η Marie-Nolle Koyara έγινε η πρώτη γυναίκα υπουργός Άμυνας από την ανεξαρτησία του τον Ιανουάριο του 2015.
Στις 18 Φεβρουαρίου 2014, ο Γενικός Γραμματέας των Ηνωμένων Εθνών Μπαν Κι Μουν ζήτησε από το Συμβούλιο Ασφαλείας του ΟΗΕ να στείλει γρήγορα 3,000 στρατιώτες στο έθνος για να πολεμήσουν αυτό που χαρακτήρισε σκόπιμη στόχευση και μαζική σφαγή αθώων ανθρώπων. Ο γενικός γραμματέας παρουσίασε μια στρατηγική έξι σημείων, η οποία περιελάμβανε την ανάπτυξη 3,000 ειρηνευτικών δυνάμεων για να συμπληρώσουν τους 6,000 στρατιώτες της Αφρικανικής Ένωσης και τις 2,000 γαλλικές δυνάμεις που βρίσκονται αυτή τη στιγμή στη χώρα.
Μετά από προσπάθειες διαμεσολάβησης του Κονγκό, ο Séléka και αξιωματούχοι κατά του Balaka υπέγραψαν συμφωνία κατάπαυσης του πυρός στη Μπραζαβίλ στις 23 Ιουλίου 2014.
Στις 14 Δεκεμβρίου 2015, ο διοικητής των ανταρτών Séléka ανακήρυξε τη Δημοκρατία του Logone ανεξάρτητη.