Den 8. maj 1530 grundlagde Luis de Moscoso Alvarado landsbyen San Miguel de la Frontera (Saint Michael of the Frontier) som et forsvar mod Lenca-kongeriget Chaparrastique (Stedet for smukke orkideer). I 1586 var bebyggelsen blevet ophøjet til status som en by.
Et vulkanudbrud ødelagde næsten byen i 1655. Ødelæggelsen var ifølge folketroen så forfærdelig, at kun et billede af Satan i sognekirken var bevaret.
El Salvadors landbrugs-, tekstil- og kemiske industri har alle været centreret i denne by. Serviceindustrien, især sundhedspleje og handel, er vokset betydeligt siden begyndelsen af det enogtyvende århundrede, hvilket har resulteret i store private investeringer i hospitaler og indkøbscentre rundt omkring i byen. Dette er til dels blevet tilskrevet den store mængde pengeoverførsler (mindst 35 procent af det samlede antal, eller omkring 18 procent af det nationale BNP), som salvadoranere, der bor i udlandet, sender til deres familie i landets østlige zone.
Den østlige halvdel af landets indtægter og velstand forventes at stige som følge af ny beskæftigelse og virksomheder relateret til udviklingen af Puerto La Unión, som startede sin drift i 2012.
Der er forskellige private og offentlige uddannelsesinstitutioner i byen, herunder nogle af landets ældste skoler. Det statslige universitet i El Salvador (med dets Facultad Multidiciplinaria de Oriente) og det private Universidad de Oriente er de to store universiteter (UNIVO). Gerardo Barrios University, University Modular Abierta.
Siden begyndelsen af årtiet har San Miguels sportsinfrastruktur gennemgået en større konstruktion og renovering. Det nationale fodboldstadion "Juan Francisco Barraza", "Polideportivo Don Bosco" og Charlaix Stadium er de primære sportspladser.
San Miguel har kommunale festligheder i november til ære for "Nuestra Seora De La Paz" (Vor Frue af Fred), hvor San Miguel Carnival er den primære begivenhed den sidste lørdag i måneden. Det er den største underholdnings-, musik- og køkkenfestival i El Salvador, og en af de største i Mellemamerika, med anslået 1,000,000 mennesker, der går til sit 50-års jubilæum (som rapporteret af lokale medier). Karnevallets oprindelse kan spores tilbage til 1959. I øjeblikket repræsenterer denne tradition fortsat byens ekspansion og er en af byens økonomiske drivkræfter.
San Miguel er kendt for sit pulserende natteliv langs Roosevelt Avenue, byens største arterie. Katedralen "Nuestra Seora de la Paz" (1862), Guzman Park, Francisco Gavidia Theatre (1909) og Palacio Municipal er alle placeret i en af disse dele (1935). Moderne San Miguel, på den anden side, omfatter nye samfund kendt som "colonias."
Generalkaptajn Gerado Barrios, forfatteren Francisco Gavidia, digteren Juan J. Caas og David Joaqun Guzmán er blandt berømte San Miguel indfødte. Byen er omgivet af vulkanen Chaparrastique (2,129 meter), som uden tvivl er San Miguels mest mindeværdige syn.
