Panama se nalazi u Srednjoj Americi i graniči sa Karipskim morem i Tihim okeanom, između Kolumbije i Kostarike. Leži uglavnom između geografskih širina 7° i 10°N i geografske dužine 77° i 83°W (malo područje leži zapadno od 83°).
Njegova lokacija na Panamskoj prevlaci je strateška. 2000. godine Panama je kontrolisala Panamski kanal, koji povezuje Atlantski okean i Karipsko more sa severnim Tihim okeanom. Ukupna površina Paname je 74,177.3 km2.
Dominantna karakteristika geografije Paname je centralna kičma planina i brda koja čine kontinentalnu podjelu. Ova slivnica nije jedan od glavnih planinskih lanaca Sjeverne Amerike, a samo u blizini kolumbijske granice postoje visoravni povezane s Andskim sistemom Južne Amerike. Okosnica koja formira sliv je visoko erodirani luk izdizanja morskog dna, gdje su vrhovi formirani vulkanskim intruzijama.
Planinski lanac kontinentalne podjele naziva se Cordillera de Talamanca i nalazi se blizu granice s Kostarikom. Dalje na istok postaje Serranía de Tabasará, a dio najbliži donjem sedlu prevlake, gdje se nalazi Panamski kanal, često se naziva Sierra de Veraguas. U cjelini, planinski lanac između Kostarike i Kanala geografi obično nazivaju Cordillera Central.
Najviša tačka u zemlji je Volcán Barú, koji se uzdiže na 3,475 metara. Gotovo neprobojna džungla čini rasjed Darién između Paname i Kolumbije, gdje kolumbijski gerilci i trgovci drogom rade na uzimanju talaca. Ovaj fenomen i pokreti za zaštitu šume stvaraju jaz na Panameričkom autoputu, koji takođe čini kompletan put od Aljaske do Patagonije.
Fauna Paname je najraznovrsnija od svih zemalja Centralne Amerike. Postoji mnogo južnoameričkih vrsta kao i sjevernoameričkih vrsta.
Plovni putevi
Gotovo 500 rijeka ukrštaju neravni pejzaž Paname. Većina njih nije plovna, uzdiže se u visoravnima, vijuga kroz doline i formira obalne delte. Međutim, Río Chagres (rijeka Chagres) u centralnoj Panami jedna je od rijetkih širokih rijeka i veliki izvor hidroelektrične energije. Centralni dio rijeke pregrađen je branom Gatun i formira jezero Gatun, vještačko jezero koje je dio Panamskog kanala. Jezero je nastalo između 1907. i 1913. godine izgradnjom brane Gatun na rijeci Río Chagres. U vrijeme nastanka, jezero Gatun je bilo najveće vještačko jezero na svijetu, a brana najveća zemljana brana. Rijeka teče na sjeverozapad u Karipsko more. Jezera Kampia i Madden (takođe ispunjena rijekom Río Chagres) opskrbljuju područje bivše Zone kanala hidroelektranom.
Rio Čepo, još jedan izvor hidroenergije, jedna je od više od 300 rijeka koje se ulivaju u Pacifik. Ove rijeke okrenute prema Pacifiku su duže i sporije od rijeka na karipskoj strani. Njihovi bazeni su takođe veći. Jedna od najdužih je Rio Tuira, koja se uliva u Golfo de San Miguel i jedina je rijeka u zemlji kojom plove veliki brodovi.
Luke
Karipsku obalu karakterizira nekoliko dobrih prirodnih luka. Međutim, Cristóbal, na karipskom kraju kanala, imao je jedine značajne lučke objekte kasnih 1980-ih. Brojna ostrva Archipiélago de Bocas del Toro, u blizini plaža Kostarike, čine veliku prirodnu luku i štite banana luku Almirante. Više od 350 ostrva San Blas u blizini Kolumbije proteže se na više od 160 kilometara (99 milja) duž zaštićene karipske obale.
Trenutno su terminalne luke na oba kraja Panamskog kanala, luka Cristobal i luka Balboa, na drugom i trećem mjestu u Latinskoj Americi po broju obrađenih kontejnerskih jedinica (TEU). Luka Balboa prostire se na 182 hektara i uključuje četiri kontejnerska veza i dva višenamjenska veza. Sveukupno, vezovi su dužine preko 2,400 metara i dubine 15 metara. Luka Balboa ima 18 super post-Panamax i Panamax dok kranova i 44 portalne dizalice. Luka Balboa takođe ima 2,100 kvadratnih metara (23,000 kvadratnih stopa) skladišnog prostora.
Luke Cristobal (koje uključuju kontejnerske terminale Panama Ports Cristobal, Manzanillo International Terminal i Colon Container Terminal) su 2,210,720. pretovarile 2009 TEU, što je drugo u Latinskoj Americi nakon luke Santos u Brazilu.
Odlične dubinske luke koje mogu podnijeti velike VLCC (Very Large Crude Oil Carriers) nalaze se u Charco Azul, Chiriquí (Pacifik) i Chiriquí Grande, Bocas del Toro (Atlantik), u blizini zapadne granice Paname s Kostarikom. Transpanamski naftovod, koji prelazi preko prevlake u dužini od 131 kilometar (81 milju), radi između Charco Azula i Chiriquí Grandea od 1979. godine.