Na vrhuncu Brunejskog carstva, sultan Bolkiah (koji je vladao od 1485. do 1528.) kontrolisao je većinu Bornea, uključujući moderne države Sarawak i Sabah, arhipelag Sulu severoistočno od Bornea, Seludong (današnja Manila) i ostrva u Sjeverozapadni ugao Bornea. Španska Magellanova ekspedicija posjetila je primorsko kraljevstvo 1521. godine, a borila se protiv Španije u Kastiljskom ratu 1578.
Brunejsko carstvo počelo je da propada u devetnaestom veku. Sultanat je dodijelio Jamesu Brookeu Sarawaku (Kuching) i uspostavio ga kao bijelog radžu, dok je Sabah dodijeljen Northern British Chatting Company of Borneo. Brunej je postao britanski protektorat 1888. godine, a 1906. je britanski stanovnik imenovan za kolonijalnog direktora. 1959. godine, nakon japanske okupacije tokom Drugog svjetskog rata, izrađen je novi ustav. Godine 1962, uz pomoć Britanaca, ugušena je mala pobunjenička vojska protiv monarhije.
1. januara 1984. Brunej je stekao nezavisnost od Ujedinjenog Kraljevstva. Brunej je postao industrijalizovana država tokom 1990-ih i 2000-ih, sa rastom BDP-a od 56 procenata između 1999. i 2008. On je prikupio ogromne rezerve nafte i prirodnog gasa. Brunej je na drugom mjestu po indeksu ljudskog razvoja jugoistočne Azije, nakon Singapura, i klasifikovan je kao "razvijena zemlja". Brunej je šesti u svijetu po bruto domaćem proizvodu po stanovniku po paritetu kupovne moći, prema Međunarodnom monetarnom fondu (MMF). Brunej je bio jedna od dvije zemlje (druga je bila Libija) 2011. godine sa javnim dugom od 0% BDP-a. Brunej je takođe šesta najbogatija zemlja u 182 prema Forbsu, zahvaljujući svojim rezervama nafte i gasa.