François Bozizé suspendovao je ustav i imenovao novu vladu sastavljenu od većine opozicionih stranaka. Imenovanje Abela Gumbe za potpredsjednika povećalo je imidž Bozizéove nove administracije. Bozizé je formirao široko zasnovano Nacionalno tranzicijsko vijeće da napiše novi ustav i izjavio je svoju namjeru da podnese ostavku i kandiduje se za funkciju nakon što se novi ustav usvoji.
Bushov rat u Centralnoafričkoj Republici počeo je 2004. godine kada su grupe protiv Bozizea poduzele oružje protiv njegove administracije. Tokom maja 2005, Bozizé je pobedio na predsedničkim izborima koji su isključili Patasséa, a borba između vlade i pobunjenika nastavljena je 2006. Bozizéova administracija je u novembru 2006. zatražila francusku vojnu pomoć kako bi im pomogla da se odupru pobunjenicima koji su preuzeli kontrolu nad gradovima u severnim provincijama zemlje. . Iako su prve javne specifičnosti sporazuma bile fokusirane na logistiku i obavještajne podatke, francuska podrška na kraju je uključivala napade aviona Mirage na položaje pobunjenika.
Sporazum iz Syrtea, potpisan u februaru, i Birao mirovni sporazum, potpisan u aprilu 2007. godine, pozivaju na prekid neprijateljstava, smještaj boraca FDPC-a i njihovu integraciju sa FACA-om, oslobađanje političkih zatvorenika, integraciju FDPC-a u vladu , amnestiju za UFDR, priznanje kao političke stranke i integraciju njenih boraca u nacionalnu vojsku. Nekoliko organizacija se borilo, ali su druge potpisale pakt ili slične sporazume sa vladom (npr. UFR 15. decembra 2008.). CPJP, jedina značajna organizacija koja u to vrijeme nije potpisala sporazum, nastavila je sa radom i potpisala mirovni sporazum sa vladom 25. avgusta 2012. godine.
Bozizé je ponovo izabran 2011. godine na izborima koji se uglavnom smatraju namještenim.
Séléka, savez pobunjeničkih organizacija, preuzeo je kontrolu nad gradovima u sjevernim i centralnim regijama zemlje u novembru 2012. Ove strane su na kraju pregovarale o mirovnom sporazumu s Bozizeovom administracijom u januaru 2013., uključujući vladu koja dijeli vlast, ali je sporazum propao, a pobunjenici su preuzeli kontrolu nad glavnim gradom u martu 2013. godine, prisiljavajući Bozizea da pobjegne iz zemlje.
Za predsjednika je izabran Michel Djotodia, a u maju 2013. premijer Nicolas Tiangaye zatražio je mirovnu misiju UN-a od Vijeća sigurnosti UN-a, a 31. maja je bivši predsjednik Bozizé optužen za zločine protiv čovječnosti i poticanje na genocid.
Tokom juna–avgusta 2013. godine, bezbednosna situacija se nije poboljšala, a bilo je izveštaja o preko 200,000 interno raseljenih lica (IRL), kao io kršenju ljudskih prava i novom nasilju između pristalica Seleke i Bozizea.
Francuski predsjednik François Hollande pozvao je Vijeće sigurnosti Ujedinjenih naroda i Afričku uniju da pojačaju napore za stabilizaciju nacije. Rečeno je da je Séléka vlada polomljena. Đotodija je zvanično raspustio Seleku u septembru 2013. godine, ali su mnogi pobunjenici odbili da se razoružaju i udaljili se dalje od vladine vlasti.
Nasilje se pogoršalo krajem godine, što je izazvalo međunarodnu zabrinutost zbog “genocida”, a borbe su uglavnom bile rezultat osvetničkih napada na civile od strane Selekinih uglavnom muslimanskih vojnika i kršćanskih milicija poznatih kao “anti-balaka”.
Michael Djotodia i njegov premijer Nicolas Tiengaye podnijeli su ostavke 11. januara 2014. godine, kao dio sporazuma postignutog na regionalnoj konferenciji u susjednom Čadu. Nacionalno prelazno vijeće izabralo je Catherine Samba-Panza za privremenu predsjednicu, a ona je preuzela dužnost 23. januara. Postala je prva žena predsjednica Centralne Afrike. Marie-Nolle Koyara postala je prva žena ministar odbrane od nezavisnosti u januaru 2015.
Dana 18. februara 2014. godine, generalni sekretar Ujedinjenih naroda Ban Ki-moon zatražio je da Vijeće sigurnosti UN-a brzo pošalje 3,000 vojnika u naciju da se bore protiv onoga što je okarakterizirao kao namjerno gađanje i masovno ubijanje nedužnih ljudi. Generalni sekretar je predstavio strategiju u šest tačaka, koja je uključivala raspoređivanje 3,000 mirovnih snaga kao dopuna 6,000 vojnika Afričke unije i 2,000 francuskih snaga koje su trenutno u zemlji.
Nakon posredničkih napora Konga, Séléka i anti-balaka zvaničnici potpisali su sporazum o prekidu vatre u Brazzavilleu 23. jula 2014.
Dana 14. decembra 2015. komandant pobunjenika Séléka proglasio je Republiku Logone nezavisnom.