Hiến pháp Malta tuyên bố Công giáo là tôn giáo chính thức, bất chấp các biện pháp bảo vệ quyền tự do tôn giáo đã được thiết lập.
Công giáo La Mã là tôn giáo được thực hành rộng rãi nhất ở Malta. Hiến pháp Malta xác định Công giáo là tôn giáo chính thức, tôn giáo này cũng được thể hiện trong nhiều khía cạnh của văn hóa Malta.
Ở Malta, Gozo và Comino, có khoảng 360 nhà thờ, hoặc cứ 1,000 cư dân thì có một nhà thờ. Nhà thờ giáo xứ (tiếng Maltese: “il-parroa” hoặc “il-knisja parrokkjali”) là trung tâm kiến trúc và địa lý của mọi thị trấn và thôn xóm của Malta, đồng thời là nguồn tự hào của người dân. Niềm tự hào của thành phố này được trưng bày tại các lễ hội làng địa phương, lễ hội tôn vinh vị thánh bảo trợ của mỗi giáo xứ với các ban nhạc diễu hành, đám rước tôn giáo, Thánh lễ đặc biệt, pháo hoa (đặc biệt là petards) và các lễ hội khác.
Malta là một Tòa thánh; Sách Công vụ Tông đồ nói về việc Thánh Phaolô bị đắm tàu trên đảo “Melite”, mà nhiều học giả Kinh thánh xác định là Malta, trên hành trình từ Giêrusalem đến Rôma để hầu tòa, một sự kiện xảy ra vào khoảng năm 60 sau Công Nguyên. đã dành ba tháng trên hòn đảo trong chuyến hành trình đến Rome, như được kể lại trong Công vụ Tông đồ, chữa lành bệnh tật, bao gồm cả cha của Publius, “người đứng đầu của hòn đảo.” Câu chuyện này được liên kết với một số truyền thống khác nhau. Vụ đắm tàu được cho là đã xảy ra tại nơi mà ngày nay được gọi là Vịnh St Paul. Saint Publius, một vị thánh người Malta, được cho là đã trở thành giám mục đầu tiên của Malta, và một hang động ở Rabat, hiện được gọi là "Hang động St Paul" (và ở vùng lân cận có bằng chứng về các lễ chôn cất và nghi lễ của Cơ đốc giáo từ thế kỷ thứ 3 sau Công nguyên được phát hiện), là một trong những nơi thờ phượng Kitô giáo được biết đến sớm nhất trên đảo.
Hầm mộ dưới các địa điểm khác nhau trên khắp Malta, đáng chú ý là Hầm mộ St Paul và Hầm mộ St Agatha gần Rabat, ngay bên ngoài các bức tường của Mdina, cung cấp thêm bằng chứng về các hoạt động và tín ngưỡng của Cơ đốc giáo trong thời gian bị La Mã đàn áp. Những bức bích họa sau này đặc biệt được vẽ đẹp trong khoảng thời gian từ 1200 đến 1480, nhưng những người Thổ Nhĩ Kỳ xâm lược đã làm hư hại một số bức tranh trong những năm 1550. Ngoài ra còn có một số nhà thờ trong hang động, chẳng hạn như hang động ở Melliea, là Đền thờ Chúa giáng sinh và truyền thống kể rằng Thánh Luca đã vẽ một bức chân dung của Đức Mẹ ở đó. Nó đã là một địa điểm hành hương từ thời Trung cổ.
Theo Đạo luật của Hội đồng Chalcedon, một Acacius nhất định là Giám mục của Malta vào năm 451 sau Công nguyên (Melitenus Episcopus). Người ta cũng biết rằng một Constantinus nào đó, Episcopus Melitenensis, đã tham dự Hội đồng Đại kết lần thứ năm vào năm 501 sau Công nguyên. Giáo hoàng Gregory I đã cách chức Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, vào năm 588 sau Công nguyên, và các giáo sĩ cũng như người dân Malta đã chọn Trajan làm người kế vị ông vào năm 599 sau Công nguyên. Trước cuộc chinh phục quần đảo, vị Giám mục cuối cùng được ghi chép lại của Malta là một người Hy Lạp tên là Manas, người sau đó bị giam cầm ở Palermo.
Theo nhà sử học người Malta Giovanni Francesco Abela, người Malta vẫn duy trì đức tin Cơ đốc của họ bất chấp cuộc xâm lược của Fatimid sau khi họ chuyển sang Cơ đốc giáo dưới bàn tay của Thánh Paul. Malta được mô tả trong các tác phẩm của Abela như một “thành trì thiêng liêng của nền văn hóa Cơ đốc giáo, Châu Âu chống lại sự bành trướng của Hồi giáo Địa Trung Hải.” Vào thế kỷ 12 và 13, việc di cư đến Malta từ Ý đã củng cố dân số Cơ đốc giáo địa phương chào đón Roger I của Sicily.
Trong nhiều thế kỷ, Nhà thờ ở Malta chịu sự quản lý của Giáo phận Palermo, ngoại trừ khi nó nằm dưới thời Charles của Anjou, người đã chọn các giám mục cho Malta, cũng như người Tây Ban Nha và sau đó là các Hiệp sĩ trong những dịp hiếm hoi. Kể từ năm 1808, tất cả các giám mục Malta đã phục vụ. Malta trở thành quốc gia Công giáo tận tụy như ngày nay là hệ quả của thời đại Norman và Tây Ban Nha, cũng như quyền lực của các Hiệp sĩ. Điều đáng nói là Văn phòng Điều tra viên Malta đã có một thời gian dài lưu trú trên đảo sau khi được thành lập vào năm 1530: Điều tra viên cuối cùng rời Quần đảo vào năm 1798, khi các Hiệp sĩ đầu hàng quân đội của Napoléon Bonaparte. Một số gia đình người Malta đã chuyển đến Corfu dưới thời Cộng hòa Venice. Con cháu của họ chiếm khoảng 4,000/2016 trong số 2016 người Công giáo hiện đang cư trú trên đảo.
Các vị thánh bảo trợ của Malta là Saint Paul, Saint Publius và Saint Agatha. Mặc dù không phải là vị thánh bảo trợ, nhưng Thánh George Preca (San hoặc Preca) được đánh giá cao là vị thánh thứ hai của Malta được phong thánh sau Thánh Publius Malta, vị thánh đầu tiên được công nhận của Malta (được phong thánh vào năm 1634). Ngày 3 tháng 2007 năm 2001, Đức Thánh Cha Bênêđictô XVI phong thánh cho ngài. Ngoài ra, một số người Malta đã được tuyên Chân Phước, đáng chú ý là Maria Adeodata Pisani và Nazju Falzon, những người đã được Đức Giáo Hoàng Gioan Phaolô II phong chân phước vào năm 2016.
Malta là quê hương của một số dòng tu Công giáo La Mã, bao gồm Dòng Tên, Dòng Phanxicô, Dòng Đa Minh và Tiểu Muội Người Nghèo.
Phần lớn các giáo đoàn của các nhà thờ Tin lành địa phương không phải là người Malta; hội thánh của họ được thu hút từ nhiều người hưu trí người Anh cư trú trên đảo cũng như khách du lịch từ nhiều quốc gia khác. Có khoảng 600 Nhân Chứng Giê-hô-va trong vùng. Mỗi Nhà thờ Các Thánh hữu Ngày sau của Chúa Giê Su Ky Tô (Nhà thờ LDS), Nhà thờ Báp-tít Kinh thánh và Hiệp hội các Giáo hội Tin Lành có khoảng 60 chi nhánh. Các nhà thờ giáo phái khác bao gồm Nhà thờ St. Andrew's Scots ở Valletta (một giáo đoàn hỗn hợp Trưởng lão và Giám lý) và Nhà thờ Anh giáo St Paul, cũng như một nhà thờ Cơ đốc phục lâm ở Birkirkara. Năm 1983, một giáo đoàn của Nhà thờ Tông đồ Mới được thành lập ở Gwardamangia.
Dân số Do Thái ở Malta đạt đến đỉnh điểm dưới sự kiểm soát của người Norman vào thời Trung cổ. Malta và Sicily bị người Aragon thôn tính vào năm 1479, và Nghị định Alhambra năm 1492 buộc tất cả người Do Thái phải chạy trốn khỏi đất nước, cho phép họ chỉ mang theo một số thứ bên mình. Vài trăm người Do Thái Malta có thể đã chuyển sang Cơ đốc giáo để ở lại quốc gia này trong thời gian đó. Bây giờ chỉ có một giáo đoàn Do Thái.
Thiền tông và Đạo Baha' đều có khoảng 40 tín đồ.
Nhà thờ Hồi giáo Mariam Al-Batool là nhà thờ Hồi giáo duy nhất trong thị trấn. Một trường tiểu học Hồi giáo vừa được thành lập. Trong số ước tính khoảng 3,000 người Hồi giáo ở Malta, khoảng 2,250 người là người nhập cư, 600 người là công dân nhập tịch và 150 người Malta bẩm sinh.