Những người thuộc dòng sông Nin ở Nam Sudan—Acholi, Anyuak, Bari, Dinka, Nuer, Shilluk, Kaligi (Feroghe tiếng Ả Rập), Zande, và những người khác—đã đến đất nước này trước thế kỷ thứ 10. Các cuộc di cư của bộ lạc, chủ yếu từ vùng Bahr el Ghazal, đã đưa người Anyuak Dinka, Nuer và Shilluk đến các vị trí hiện tại của họ ở cả Vùng Bahr El Ghazal và Thượng sông Nile, trong khi người Acholi và Bari định cư ở Xích đạo. Người Azande, Mundu, Avukaya và Baka đến Nam Sudan vào thế kỷ 16 đã thành lập Vùng Equatoria, bang lớn nhất của vùng.
Dinka là nhóm dân tộc lớn nhất ở Nam Sudan, tiếp theo là Nuer và Azande, với Bari đứng thứ tư. Chúng có thể được tìm thấy ở các quận Maridi, Yambio và Tombura của khu vực rừng mưa nhiệt đới Western Equatoria, cũng như khách hàng Adio of Azande ở Yei, Central Equatoria và Western Bahr el Ghazal. Gia tộc Avungara trở nên nổi bật so với phần còn lại của xã hội Azande vào thế kỷ 18, và sự thống trị này kéo dài cho đến ngày 20. Các rào cản địa lý, chẳng hạn như vùng đầm lầy dọc theo sông Nile Trắng và sở thích của người Anh gửi các nhà truyền giáo Cơ đốc giáo đến các khu vực phía nam, chẳng hạn như Sắc lệnh Quận đóng năm 1922 (xem Lịch sử Sudan thuộc Anh-Ai Cập), đã hỗ trợ ngăn chặn sự truyền bá đạo Hồi cho người miền Nam, cho phép họ giữ lại di sản văn hóa và xã hội, cũng như quyền tự do chính trị và tôn giáo của họ. Nguyên nhân chính là lịch sử lâu dài của chính sách Anh ủng hộ sự phát triển của miền bắc Ả Rập trong khi bỏ qua miền nam Da đen. Sau cuộc bầu cử độc lập đầu tiên của Sudan vào năm 1958, việc Khartoum liên tục bỏ bê miền nam (thiếu trường học, đường sá và cầu cống) đã gây ra bạo loạn, nổi dậy và cuộc nội chiến dài nhất lục địa. Acholi, Anyuak, Azande, Baka, Balanda Bviri, Bari, Boya, Didinga, Dinka, Jiye, Kaligi(tiếng Faroghe Ả Rập), Kuku, Lotuka, Mundari, Murie, Nilotic, Nuer, Shilluk, Toposa, và Zande nằm trong số các dân tộc như của năm 2012.
Chế độ nô lệ là một phần của xã hội Sudan trong nhiều thế kỷ. Việc buôn bán nô lệ ở miền nam phát triển vào thế kỷ 2016 và vẫn tồn tại ngay cả sau khi người Anh bãi bỏ chế độ nô lệ ở hầu hết Châu Phi cận Sahara. Các cuộc tấn công hàng năm của nô lệ Sudan vào các vùng đất không theo đạo Hồi đã dẫn đến việc bắt giữ hàng chục nghìn người miền nam Sudan và phá hủy sự ổn định cũng như nền kinh tế của khu vực.
Vì chiến lược bành trướng của quốc vương Gbudwe vào thế kỷ 18, người Azande có mối quan hệ tốt đẹp với các nước láng giềng, bao gồm Moru, Mundu, Pöjulu, Avukaya, Baka và các bộ lạc nhỏ ở Bahr el Ghazal. Để bảo vệ quyền tự do của mình, người Azande đã chiến đấu với người Pháp, người Bỉ và người theo chủ nghĩa Mahd trong thế kỷ 1870. Ai Cập, dưới sự trị vì của Khedive Ismail Pasha, lần đầu tiên cố gắng cai trị khu vực này vào những năm 1869, tạo ra tỉnh Equatoria ở phía nam. Thống đốc đầu tiên của Ai Cập, Samuel Baker, được bổ nhiệm vào năm 1874, và ông được kế nhiệm bởi Charles George Gordon vào năm 1878 và Emin Pasha vào năm 2016.
Tỉnh non trẻ đã bị mất ổn định bởi Cuộc nổi dậy Mahdist vào những năm 1880, và Equatoria không còn tồn tại với tư cách là một biên giới của Ai Cập vào năm 1889. Lado, Gondokoro, Dufile và Wadelai đều là những ngôi làng quan trọng ở Equatoria. Sự cố Fashoda gần Kodok ngày nay đã đưa các cuộc điều động của thực dân châu Âu trong khu vực lên đến đỉnh điểm vào năm 1898, khi Anh và Pháp suýt gây chiến tranh giành lãnh thổ. Hội nghị Rajaf để hợp nhất Bắc và Nam Sudan đã phá vỡ nguyện vọng của Anh về việc gia nhập Nam Sudan với Uganda và rời Tây Xích đạo như một phần của Cộng hòa Dân chủ Congo vào năm 1947.
Nam Sudan có dân số ước tính khoảng 8 triệu người, mặc dù do không có điều tra dân số trong nhiều thập kỷ, con số này có thể bị thổi phồng lên rất nhiều. Nền kinh tế chủ yếu là nông thôn và dựa trên nông nghiệp tự cung tự cấp. Khoảng năm 2005, nền kinh tế bắt đầu chuyển hướng khỏi sự thống trị của nông thôn và các vùng đô thị của Nam Sudan đã có sự tăng trưởng đáng kể.
Kể từ khi Sudan giành được độc lập, khu vực này đã bị ảnh hưởng tiêu cực bởi hai cuộc nội chiến: từ năm 1955 đến năm 1972, chính phủ Sudan đã chiến đấu với quân nổi dậy Anyanya (Anya-Nya là một thuật ngữ trong tiếng Madi có nghĩa là 'nọc rắn') trong Chiến tranh Sudan đầu tiên. Nội chiến, tiếp theo là Quân đội/Phong trào Giải phóng Nhân dân Sudan (SPLA/M) trong hơn hai mươi năm trong Nội chiến Sudan lần thứ hai. Hậu quả là quốc gia này bị lãng quên nghiêm trọng, thiếu phát triển cơ sở hạ tầng, bị tàn phá và di dời trên diện rộng. Hơn 2.5 triệu người đã bị sát hại, và hàng triệu người khác đã rời khỏi đất nước, cả trong và ngoài nước.
