Khu vực xung quanh Djibouti đã có dân cư sinh sống từ thời kỳ đồ đá mới. Các nhà ngôn ngữ học tin rằng vào khoảng thời gian này, những người nói tiếng Phi Á đầu tiên đã di cư đến khu vực này từ urheimat (quê hương gốc) của gia đình ở Thung lũng sông Nile hoặc Cận Đông. Những người khác tin rằng họ ngôn ngữ Afroasiatic phát sinh tại chỗ ở Horn, với những người lan rộng từ đó.
Tại Asa Koma, một vùng hồ nội địa trên Đồng bằng Gobaad, đồ gốm có niên đại giữa thiên niên kỷ thứ hai đã được phát hiện. Đồ gốm từ địa điểm này có các hoa văn hình học có dấu chấm và vết rạch có thể so sánh với đồ gốm giai đoạn 1 của nền văn hóa Sabir từ Ma'layba ở Nam Ả Rập. Xương bò không bướu có sừng dài cũng được tìm thấy tại Asa Koma, cho thấy gia súc được thuần hóa đã tồn tại khoảng 3,500 năm trước. Tại Dorra và Balho, có thêm tác phẩm nghệ thuật trên đá mô tả linh dương và hươu cao cổ.
Một số tấm bia hình người và phallic cũng có thể được tìm thấy giữa Thành phố Djibouti và Loyada. Các công trình xây dựng được liên kết với các ngôi mộ hình chữ nhật được bao quanh bởi các phiến đá thẳng đứng, cũng đã được phát hiện ở miền trung Ethiopia. Các tấm bia ở Djibouti-Loyada không rõ niên đại và một số tấm bia có ký hiệu hình chữ T.
Djibouti được cho là địa điểm có thể xảy ra nhất trong khu vực được người Ai Cập cổ đại gọi là Punt (hay Ta Netjeru, nghĩa là “Vùng đất của Chúa”), cùng với phía bắc Somalia, Eritrea và bờ Biển Đỏ của Sudan. Vùng đất Punt ban đầu được nhắc đến vào thế kỷ 25 trước Công nguyên. Người Puntites là một dân tộc có mối quan hệ chặt chẽ với Ai Cập cổ đại dưới triều đại của Pharaoh Sahure thuộc Vương triều thứ Năm và Nữ hoàng Hatshepsut của Vương triều thứ Mười tám. Vua Parahu và Nữ hoàng Ati cai trị Vùng đất Punt trong thời kỳ này, theo các bức tranh đền thờ ở Deir el-Bahari.
Các nhóm dân tộc Somali và Afar trong khu vực là những người đầu tiên trên lục địa theo đạo Hồi sau khi giao thương với Bán đảo Ả Rập láng giềng trong hơn 1,000 năm.
Ở vùng Sừng châu Phi, Vương quốc Hồi giáo Ifat là một quốc gia thời trung cổ. Triều đại Walashma thành lập nó vào năm 1285, và nó có trụ sở chính tại Zeila. Ifat bắt đầu hoạt động ở Djibouti và phía bắc Somalia, sau đó di chuyển về phía nam đến dãy núi Ahmar. Năm 1285, Quốc vương Umar Walashma của nó (hoặc theo một tài khoản khác, con trai ông ta là Ali) đã chiếm được Vương quốc Hồi giáo Shewa. Theo Taddesse Tamrat, cuộc thám hiểm quân sự của Sultan Umar là một nỗ lực nhằm thống nhất các khu vực của người Hồi giáo ở Horn, tương tự như nỗ lực của Hoàng đế Yekuno Amlak nhằm thống nhất các vương quốc Cơ đốc giáo ở vùng cao nguyên vào cùng thời điểm. Hai quốc gia này cuối cùng đã đụng độ Shewa và các khu vực phía nam khác. Một trận chiến kéo dài đã nổ ra, mặc dù các vương quốc Hồi giáo trong thời kỳ này phối hợp không tốt. Năm 1332, Hoàng đế Amda Seyon I của Ethiopia tiêu diệt Ifat, và ông rút lui khỏi Shewa.
Khu vực phía bắc Vịnh Tadjoura được gọi là Obock từ năm 1862 đến năm 1894, và được cai trị bởi các Sultan Somali và Afar, những người cai trị địa phương mà Pháp đã đàm phán một số hiệp ước từ năm 1883 đến 1887 để thiết lập sự hiện diện trong khu vực. Léonce Lagarde đã thành lập một chính phủ Pháp thường trực tại Djibouti vào năm 1894, đổi tên lãnh thổ thành Somaliland thuộc Pháp. Nó kéo dài từ năm 1896 đến năm 1967, khi Territoire Français des Afars et des Issas (TFAI) được thành lập (“Lãnh thổ Afars và Issas thuộc Pháp”).
Djibouti đã tiến hành một cuộc trưng cầu dân ý vào năm 1958, trước ngày nước láng giềng Somalia giành độc lập vào năm 1960, để xác định nên gia nhập Cộng hòa Somalia hay ở lại với Pháp. Cuộc trưng cầu dẫn đến kết quả bỏ phiếu đồng ý từ cộng đồng dân tộc Afar đông đảo cũng như cư dân châu Âu, cho thấy mối quan hệ của đất nước với Pháp nên được duy trì. Các cáo buộc về thao túng phiếu bầu lớn cũng được đưa ra. Phần lớn những người bỏ phiếu chống là người Somalia ủng hộ Mahmoud Harbi, Phó Chủ tịch Hội đồng Chính phủ, trong đề xuất của ông về một Somalia thống nhất. Harbi qua đời hai năm sau đó trong một tai nạn máy bay.
Một cuộc trưng cầu dân ý thứ hai được tiến hành vào năm 1967 để quyết định tương lai của khu vực. Những phát hiện sơ bộ chỉ ra rằng mối liên hệ với Pháp nên được duy trì, mặc dù với sự kiềm chế lỏng lẻo hơn. Cuộc bỏ phiếu cũng được chia theo các sắc tộc, với đa số cư dân Somalia bỏ phiếu độc lập với mục đích thống nhất cuối cùng với Somalia, trong khi người Afar chọn ở lại với Pháp. Cuộc trưng cầu dân ý một lần nữa bị cản trở bởi những cáo buộc thao túng phiếu bầu của chính phủ Pháp. Côte française des Somalis trước đây (Somaliland thuộc Pháp) đã được đổi tên thành Territoire français des Afars et des Issas ngay sau cuộc bỏ phiếu.
Một cuộc trưng cầu dân ý lần thứ ba được tổ chức vào năm 1977. Việc rút quân khỏi Pháp được 98.8% cử tri tán thành, chính thức đánh dấu nền độc lập của Djibouti. Hassan Gouled Aptidon, một chính trị gia người Somalia ủng hộ bỏ phiếu thuận trong cuộc trưng cầu dân ý năm 1958, trở thành tổng thống đầu tiên của đất nước (1977–1999).
Djibouti đã gia nhập Tổ chức Thống nhất Châu Phi (nay là Liên minh Châu Phi), Liên đoàn Ả Rập và Liên Hợp Quốc trong năm đầu tiên. Quốc gia non trẻ này cũng là thành viên sáng lập của Cơ quan liên chính phủ về phát triển, một tổ chức phát triển khu vực, vào năm 1986.
Căng thẳng về đại diện của chính phủ giữa Cuộc biểu tình nhân dân vì sự tiến bộ (PRP) cầm quyền của Djibouti và Mặt trận đối lập Khôi phục Thống nhất và Dân chủ (FRUD) đã dẫn đến chiến tranh bạo lực vào đầu những năm 1990. Năm 2000, thế bế tắc đã bị phá vỡ bởi một thỏa thuận chia sẻ quyền lực.