ปานามาตั้งอยู่ในอเมริกากลางและมีพรมแดนติดกับทะเลแคริบเบียนและมหาสมุทรแปซิฟิก ระหว่างโคลอมเบียและคอสตาริกา ส่วนใหญ่อยู่ระหว่างละติจูด 7° ถึง 10°N และลองจิจูด 77° ถึง 83°W (พื้นที่ขนาดเล็กอยู่ทางตะวันตกที่ 83°)
ตำแหน่งบนคอคอดปานามาเป็นยุทธศาสตร์ ในปี 2000 ปานามาได้ควบคุมคลองปานามาซึ่งเชื่อมต่อมหาสมุทรแอตแลนติกและทะเลแคริบเบียนกับมหาสมุทรแปซิฟิกตอนเหนือ พื้นที่ทั้งหมดของปานามาคือ 74,177.3 km2.
ลักษณะเด่นของภูมิศาสตร์ของปานามาคือกระดูกสันหลังส่วนกลางของภูเขาและเนินเขาที่ก่อให้เกิดการแบ่งแยกทวีป ลุ่มน้ำแห่งนี้ไม่ใช่หนึ่งในเทือกเขาที่สำคัญของทวีปอเมริกาเหนือ และมีเพียงบริเวณใกล้ชายแดนโคลอมเบียเท่านั้นที่มีที่ราบสูงที่เกี่ยวข้องกับระบบแอนเดียนของอเมริกาใต้ กระดูกสันหลังที่ก่อตัวเป็นลุ่มน้ำคือส่วนโค้งที่มีการกัดเซาะสูงของการยกตัวของก้นทะเล ซึ่งยอดเขานั้นเกิดจากการบุกรุกของภูเขาไฟ
เทือกเขาของการแบ่งทวีปเรียกว่า Cordillera de Talamanca และอยู่ใกล้ชายแดนกับคอสตาริกา ไกลออกไปทางตะวันออกจะกลายเป็น Serranía de Tabasará และส่วนที่ใกล้กับอานล่างของคอคอดมากที่สุด ซึ่งเป็นที่ตั้งของคลองปานามา มักเรียกกันว่า Sierra de Veraguas โดยรวมแล้ว เทือกเขาระหว่างคอสตาริกาและคลองมักเรียกโดยนักภูมิศาสตร์ว่าเทือกเขาคอร์ดิเยราเซ็นทรัล
จุดที่สูงที่สุดในประเทศคือ Volcán Barú ซึ่งสูงถึง 3,475 เมตร ป่าที่แทบจะผ่านเข้าไปไม่ได้ทำให้เกิด Darién Fault ระหว่างปานามาและโคลอมเบีย ซึ่งกองโจรโคลอมเบียและผู้ค้ายาเสพติดปฏิบัติการด้วยการจับตัวประกัน ปรากฏการณ์นี้และการเคลื่อนไหวเพื่อปกป้องป่าทำให้เกิดช่องว่างในทางหลวงแพน-อเมริกัน ซึ่งเป็นเส้นทางที่สมบูรณ์จากอลาสก้าไปยังปาตาโกเนีย
บรรดาสัตว์ในปานามามีความหลากหลายมากที่สุดของประเทศในอเมริกากลางทั้งหมด มีหลายสายพันธุ์ในอเมริกาใต้เช่นเดียวกับสายพันธุ์ในอเมริกาเหนือ
ทางน้ำไหลผ่าน
แม่น้ำเกือบ 500 แห่งไหลผ่านภูมิประเทศที่ขรุขระของปานามา ส่วนใหญ่ไม่สามารถเดินเรือได้ ขึ้นบนที่ราบสูง คดเคี้ยวไปตามหุบเขา และก่อตัวเป็นสามเหลี่ยมปากแม่น้ำชายฝั่ง อย่างไรก็ตาม Río Chagres (แม่น้ำชาเกรส) ทางตอนกลางของปานามาเป็นแม่น้ำกว้างสายหนึ่งในไม่กี่แห่งและเป็นแหล่งผลิตไฟฟ้าพลังน้ำขนาดใหญ่ ภาคกลางของแม่น้ำถูกกั้นด้วยเขื่อน Gatun และก่อตัวเป็นทะเลสาบ Gatun ซึ่งเป็นทะเลสาบเทียมที่เป็นส่วนหนึ่งของคลองปานามา ทะเลสาบถูกสร้างขึ้นระหว่างปี 1907 และ 1913 โดยการก่อสร้างเขื่อน Gatun บนแม่น้ำ Río Chagres ในช่วงเวลาของการสร้าง ทะเลสาบ Gatun เป็นทะเลสาบเทียมที่ใหญ่ที่สุดในโลก และเขื่อนเป็นเขื่อนดินที่ใหญ่ที่สุด แม่น้ำไหลไปทางตะวันตกเฉียงเหนือสู่ทะเลแคริบเบียน ทะเลสาบ Kampia และ Madden (ซึ่งเต็มไปด้วยRío Chagres) จัดหาพื้นที่ของ Canal Zone เดิมด้วยไฟฟ้าพลังน้ำ
Río Chepo อีกแหล่งหนึ่งของไฟฟ้าพลังน้ำ เป็นหนึ่งในแม่น้ำมากกว่า 300 แห่งที่ไหลลงสู่มหาสมุทรแปซิฟิก แม่น้ำเหล่านี้ที่หันไปทางมหาสมุทรแปซิฟิกมีความยาวและช้ากว่าแม่น้ำทางฝั่งแคริบเบียน แอ่งของพวกมันก็ใหญ่กว่าเช่นกัน แม่น้ำสายหนึ่งที่ยาวที่สุดคือแม่น้ำ Río Tuira ซึ่งไหลลงสู่ Golfo de San Miguel และเป็นแม่น้ำสายเดียวในประเทศที่เดินเรือได้ด้วยเรือขนาดใหญ่
พอร์ต
ชายฝั่งแคริบเบียนมีลักษณะเป็นท่าเรือธรรมชาติหลายแห่ง อย่างไรก็ตาม Cristobal ที่ปลายช่องแคบแคริบเบียนมีท่าเรือที่สำคัญเพียงแห่งเดียวในช่วงปลายทศวรรษ 1980 เกาะต่างๆ ของ Archipiélago de Bocas del Toro ใกล้กับชายหาดของคอสตาริกา ก่อตัวเป็นท่าเรือธรรมชาติขนาดใหญ่และปกป้องท่าเรือกล้วยของ Almirante หมู่เกาะซานบลาสมากกว่า 350 แห่งใกล้กับโคลอมเบียทอดยาวไปมากกว่า 160 กิโลเมตร (99 ไมล์) ตามแนวชายฝั่งแคริบเบียนที่ได้รับการคุ้มครอง
ปัจจุบัน ท่าเรือปลายทางที่ปลายทั้งสองฝั่งของคลองปานามา ท่าเรือ Cristobal และท่าเรือ Balboa อยู่ในอันดับที่สองและสามตามลำดับในละตินอเมริกาในแง่ของจำนวนตู้คอนเทนเนอร์ (TEU) ที่ได้รับการจัดการ ท่าเรือ Balboa ครอบคลุมพื้นที่ 182 เฮกตาร์และประกอบด้วยท่าเทียบเรือตู้คอนเทนเนอร์สี่ท่าและท่าเทียบเรือเอนกประสงค์สองท่า รวมแล้วท่าเทียบเรือมีความยาวกว่า 2,400 เมตรและลึก 15 เมตร ท่าเรือ Balboa มีเครนท่าเรือแบบ Super post-Panamax และ Panamax จำนวน 18 ตัว และเครนขาสูง 44 ตัว ท่าเรือ Balboa ยังมีพื้นที่จัดเก็บ 2,100 ตารางเมตร (23,000 ตารางฟุต)
ท่าเรือ Cristobal (ซึ่งรวมถึงท่าเรือคอนเทนเนอร์ของ Panama Ports Cristobal, Manzanillo International Terminal และ Colon Container Terminal) ได้รับการจัดการ 2,210,720 TEU ในปี 2009 ซึ่งเป็นอันดับสองในละตินอเมริการองจากท่าเรือ Santos ในบราซิล
ท่าเรือน้ำลึกที่ยอดเยี่ยมที่สามารถรองรับ VLCC ขนาดใหญ่ (Very Large Crude Oil Carriers) ตั้งอยู่ที่ Charco Azul, Chiriquí (Pacific) และ Chiriquí Grande, Bocas del Toro (Atlantic) ใกล้ชายแดนตะวันตกของปานามากับคอสตาริกา ท่อส่งก๊าซ Trans-Panama ซึ่งตัดผ่านคอคอดเป็นระยะทางกว่า 131 กิโลเมตร (81 ไมล์) ได้เปิดดำเนินการระหว่าง Charco Azul และ Chiriquí Grande ตั้งแต่ปี 1979