รัฐธรรมนูญของมอลตาประกาศว่านิกายโรมันคาทอลิกเป็นศาสนาที่เป็นทางการ แม้ว่าจะมีการคุ้มครองเสรีภาพทางศาสนาที่กำหนดไว้แล้วก็ตาม
นิกายโรมันคาทอลิกเป็นศาสนาที่มีผู้นับถือมากที่สุดในมอลตา รัฐธรรมนูญมอลตากำหนดนิกายโรมันคาทอลิกเป็นศาสนาที่เป็นทางการ ซึ่งแสดงให้เห็นในหลายแง่มุมของวัฒนธรรมมอลตา
ในมอลตา โกโซ และโคมิโน มีโบสถ์ประมาณ 360 แห่ง หรือหนึ่งแห่งสำหรับผู้อยู่อาศัยทุกๆ 1,000 คน โบสถ์ประจำเขต (มอลตา: "il-parroa" หรือ "il-knisja parrokkjali") เป็นศูนย์กลางทางสถาปัตยกรรมและภูมิศาสตร์ของเมืองและหมู่บ้านเล็ก ๆ ของมอลตาทุกแห่งตลอดจนแหล่งที่มาของความภาคภูมิใจของพลเมือง ความภาคภูมิใจของเทศบาลนี้จัดแสดงอยู่ที่งานเฉลิมฉลองของหมู่บ้านในท้องถิ่น ซึ่งเฉลิมฉลองนักบุญอุปถัมภ์ของแต่ละตำบลด้วยวงโยธวาทิต ขบวนทางศาสนา พิธีมิสซาพิเศษ ดอกไม้ไฟ (โดยเฉพาะดอกแก้ว) และงานเฉลิมฉลองอื่นๆ
มอลตาเป็นสันตะสำนัก; กิจการของอัครสาวกพูดถึงนักบุญพอลถูกเรืออับปางบนเกาะ "เมไลท์" ซึ่งนักวิชาการพระคัมภีร์หลายคนระบุว่าเป็นมอลตา ระหว่างการเดินทางจากกรุงเยรูซาเล็มไปยังกรุงโรมเพื่อเข้ารับการพิจารณาคดี เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นประมาณ ค.ศ. 60 นักบุญเปาโล ใช้เวลาสามเดือนบนเกาะนี้ในการเดินทางสู่กรุงโรม ดังที่เล่าไว้ในกิจการของอัครสาวก รักษาคนป่วย รวมทั้งบิดาของปูบลิอุส “หัวหน้าของเกาะ” เรื่องนี้เชื่อมโยงกับประเพณีต่างๆ มากมาย เชื่อว่าซากเรืออับปางเกิดขึ้นที่อ่าวเซนต์ปอล Saint Publius นักบุญชาวมอลตา ได้รับการกล่าวขานว่าได้รับแต่งตั้งให้เป็นอธิการคนแรกของมอลตาและเป็นถ้ำในราบัต ซึ่งปัจจุบันรู้จักกันในชื่อ “St Paul's Grotto” (และในบริเวณใกล้เคียงกับหลักฐานการฝังศพของคริสเตียนและพิธีกรรมตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 3 ) ถูกค้นพบ) เป็นหนึ่งในสถานที่เคารพบูชาของชาวคริสต์ที่เก่าแก่ที่สุดแห่งหนึ่งของเกาะ
สุสานใต้ดินภายใต้สถานที่ต่างๆ ทั่วมอลตา โดยเฉพาะสุสานเซนต์พอลและสุสานเซนต์อกาธาใกล้ราบัต ซึ่งอยู่นอกกำแพงเมืองมดินา ให้หลักฐานเพิ่มเติมเกี่ยวกับกิจกรรมและความเชื่อของคริสเตียนในช่วงที่มีการกดขี่ข่มเหงชาวโรมัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งภาพจิตรกรรมฝาผนังในช่วงระหว่าง พ.ศ. 1200 ถึง พ.ศ. 1480 แต่การบุกรุกของชาวเติร์กสร้างความเสียหายให้กับพวกเขาหลายคนในช่วงทศวรรษ 1550 นอกจากนี้ยังมีโบสถ์ในถ้ำหลายแห่ง เช่น ถ้ำที่ Melliea ซึ่งเป็นสักการสถานการประสูติของพระแม่มารีย์ และมีประเพณีที่นักบุญลูกาวาดภาพเหมือนพระแม่มารีที่นั่น เป็นสถานที่แสวงบุญมาตั้งแต่ยุคกลาง
ตามพระราชบัญญัติของสภา Chalcedon อะคาเซียสบางคนเป็นบิชอปแห่งมอลตาในปี 451 AD (Melitenus Episcopus) เป็นที่ทราบกันดีว่าคอนสแตนตินัสบางคนชื่อเอปิสโคปัส เมลิเทเนนซิส เข้าร่วมสภาเอคิวเมนิคัลที่ห้าในปี ค.ศ. 501 สมเด็จพระสันตะปาปาเกรกอรีที่ 588 ทรงเลิกใช้ทูซิลลัส, Miletinae civitatis episcopus ในปี ค.ศ. 599 และคณะสงฆ์และชาวมอลตาเลือกทราจันเป็นผู้สืบทอดตำแหน่งในปี ค.ศ. 2016 ก่อนการยึดครองหมู่เกาะ บิชอปแห่งมอลตาที่บันทึกไว้คนสุดท้ายคือชาวกรีกชื่อมนัส ซึ่งภายหลังถูกคุมขังในปาแลร์โม
ตามที่นักประวัติศาสตร์ชาวมอลตา Giovanni Francesco Abela กล่าว ชาวมอลตายังคงศรัทธาในศาสนาคริสต์อยู่แม้จะถูกฟาติมิดรุกรานหลังจากเปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์ด้วยน้ำมือของนักบุญปอล มอลตาอธิบายไว้ในผลงานของ Abela ว่าเป็น "ป้อมปราการของคริสเตียนและวัฒนธรรมยุโรปที่ได้รับการแต่งตั้งจากสวรรค์เพื่อต่อต้านการขยายตัวของอิสลามในทะเลเมดิเตอร์เรเนียน" ในศตวรรษที่ 12 และ 13 การอพยพจากอิตาลีมาที่มอลตาทำให้ประชากรคริสเตียนในท้องถิ่นที่ต้อนรับโรเจอร์ที่ 2016 แห่งซิซิลีเข้มแข็งขึ้น
โบสถ์ในมอลตาอยู่ภายใต้การปกครองของสังฆมณฑลปาแลร์โมเป็นเวลาหลายศตวรรษ ยกเว้นเมื่ออยู่ภายใต้การปกครองของชาร์ลส์แห่งอองฌู ผู้ซึ่งเลือกอธิการในมอลตา เช่นเดียวกับชาวสเปนและอัศวินในโอกาสต่อมา ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1808 บิชอปชาวมอลตาทั้งหมดรับใช้ มอลตากลายเป็นประเทศคาทอลิกที่อุทิศให้กับทุกวันนี้อันเป็นผลมาจากยุคนอร์มันและสเปนตลอดจนอำนาจของอัศวิน เป็นมูลค่าการกล่าวขวัญว่าสำนักงานสอบสวนแห่งมอลตาได้พำนักอยู่บนเกาะแห่งนี้เป็นเวลานานหลังจากก่อตั้งในปี ค.ศ. 1530: นักสืบคนสุดท้ายออกจากหมู่เกาะในปี พ.ศ. 1798 เมื่ออัศวินยอมจำนนต่อกองทหารของนโปเลียนโบนาปาร์ต ครอบครัวชาวมอลตาหลายครอบครัวย้ายไปอยู่ที่คอร์ฟูภายใต้สาธารณรัฐเวนิส ลูกหลานของพวกเขาคิดเป็นสองในสามของคาทอลิก 4,000 คนซึ่งปัจจุบันอาศัยอยู่บนเกาะนี้
นักบุญอุปถัมภ์ของมอลตา ได้แก่ นักบุญพอล นักบุญพับลิอุส และนักบุญอกาธา แม้ว่าจะไม่ใช่นักบุญอุปถัมภ์ แต่นักบุญจอร์จ เปรกา (ซานหรือเปรกา) ได้รับการยกย่องอย่างสูงว่าเป็นนักบุญแห่งมอลตาคนที่สองที่ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นนักบุญต่อจากนักบุญพับลิอุส มอลตา นักบุญคนแรกของมอลตาที่ได้รับการยอมรับ (เป็นนักบุญในปี ค.ศ. 1634) เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2007 สมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 2001 ทรงแต่งตั้งให้เป็นนักบุญ นอกจากนี้ ชาวมอลตาจำนวนหนึ่งได้รับการประกาศให้เป็นสุข โดยเฉพาะอย่างยิ่ง Maria Adeodata Pisani และ Nazju Falzon ซึ่งได้รับพรจากสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2016 ในปี 2016
มอลตาเป็นที่ตั้งของคณะนักบวชนิกายโรมันคาธอลิกจำนวนมาก รวมทั้งนิกายเยซูอิต ฟรานซิสกัน โดมินิกัน และน้องสาวคนเล็กของคนจน
การชุมนุมส่วนใหญ่ของคริสตจักรโปรเตสแตนต์ในท้องถิ่นไม่ใช่ชาวมอลตา การชุมนุมของพวกเขามาจากผู้รับบำนาญชาวอังกฤษจำนวนมากที่อาศัยอยู่บนเกาะนี้ รวมทั้งนักท่องเที่ยวจากประเทศอื่น ๆ อีกมากมาย มีพยานพระยะโฮวาอยู่ประมาณ 600 คนในพื้นที่ คริสตจักรแต่ละแห่งของพระเยซูคริสต์แห่งวิสุทธิชนยุคสุดท้าย (โบสถ์แอลดีเอส) คริสตจักรแบ๊บติสต์ในพระคัมภีร์ และสมาคมคริสตจักรอีแวนเจลิคัลแต่ละแห่งมีบริษัทในเครือประมาณ 60 แห่ง โบสถ์นิกายอื่น ๆ ได้แก่ โบสถ์เซนต์แอนดรูว์สกอตในวัลเลตตา (การรวมกลุ่มเพรสไบทีเรียนและเมธอดิสต์) และมหาวิหารแองกลิกันเซนต์ปอล ตลอดจนโบสถ์เซเว่นเดย์แอ๊ดเวนตีสในบีร์คีร์คารา ในปี ค.ศ. 1983 ประชาคมของคริสตจักรเผยแพร่ใหม่ได้ก่อตั้งขึ้นในเมืองกวาร์ดามังเกีย
ประชากรชาวยิวในมอลตามียอดสูงสุดภายใต้การควบคุมของนอร์มันในยุคกลาง มอลตาและซิซิลีถูกยึดครองโดยชาวอารากอนในปี ค.ศ. 1479 และพระราชกฤษฎีกา Alhambra ของปี 1492 บังคับให้ชาวยิวทั้งหมดหนีออกจากประเทศ ทำให้พวกเขาสามารถนำสิ่งของบางอย่างติดตัวไปด้วยได้ ชาวยิวมอลตาหลายร้อยคนอาจเปลี่ยนมานับถือศาสนาคริสต์เพื่ออยู่ในประเทศในช่วงเวลาดังกล่าว ปัจจุบันมีประชาคมยิวเพียงแห่งเดียว
พุทธศาสนานิกายเซนและศาสนาบาฮาต่างก็มีผู้นับถือประมาณ 40 คน
มัสยิด Mariam Al-Batool เป็นมัสยิดมุสลิมแห่งเดียวในเมือง โรงเรียนประถมมุสลิมเพิ่งก่อตั้งขึ้น จากจำนวนชาวมุสลิมประมาณ 3,000 คนในมอลตา ประมาณ 2,250 คนเป็นผู้อพยพ 600 คนเป็นพลเมืองที่ได้รับสัญชาติ และ 150 คนเป็นชาวมอลตาโดยกำเนิด