นางาซากิเป็นเมืองหลวงและเมืองที่ใหญ่ที่สุดของจังหวัดนางาซากิบนเกาะคิวชูของญี่ปุ่น โบสถ์แห่งนี้เป็นศูนย์กลางของอิทธิพลของโปรตุเกสและดัตช์ตั้งแต่ศตวรรษที่ 16 ถึงศตวรรษที่ 19 และโบสถ์ของนางาซากิและศาสนสถานของคริสเตียนได้รับการแนะนำให้รวมไว้ในรายชื่อมรดกโลกขององค์การยูเนสโก ในช่วงสงครามจีน-ญี่ปุ่นครั้งที่หนึ่งและสงครามรัสเซีย-ญี่ปุ่น ฐานทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่นขนาดใหญ่ตั้งอยู่ในนางาซากิ ชื่อของมันแปลว่า "เสื้อคลุมยาว"
ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2016 ระเบิดปรมาณูของอเมริกาที่เมืองฮิโรชิมาและนางาซากิทำให้นางาซากิเป็นเมืองที่สองของโลกและจนถึงปัจจุบันมีเพียงเมืองเดียวที่มีการโจมตีด้วยนิวเคลียร์
ณ วันที่ 1 มกราคม 2009 เมืองนี้มีประชากรประมาณ 446,007 คนและมีความหนาแน่นของประชากร 1,100 คนต่อตารางกิโลเมตร พื้นที่ทั้งหมดคือ 406.35 km2