Alvaro Caminha ก่อตั้งSão Tomé ในปี 1493 ชาวโปรตุเกสมาถึง So Tomé เพื่อแสวงหาที่ดินอ้อย ก่อนการถือกำเนิดของชาวโปรตุเกสในปี ค.ศ. 1470 เกาะนี้ไม่มีผู้คนอาศัยอยู่ ดังนั้น Tomé อยู่ใกล้กับเส้นศูนย์สูตร และชื้นเพียงพอสำหรับอ้อยที่จะเติบโตในป่า
ความใกล้ชิดกับอาณาจักรคองโกในแอฟริกาทำให้มีแรงงานทาสสำหรับสวนน้ำตาลในอนาคต
เมืองเซาตูเมสร้างขึ้นรอบๆ อาสนวิหารสมัยศตวรรษที่สิบหก ป้อม So Sebastio ซึ่งสร้างเสร็จในปี ค.ศ. 1575 และปัจจุบันเป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ So Tomé เป็นอีกโครงสร้างหนึ่งในยุคแรก
เมืองและหมู่เกาะต่างๆ ถูกชาวดัตช์ยึดครองเป็นเวลาสองวันในปี ค.ศ. 1599 จากนั้นอีกครั้งในปี ค.ศ. 1641 เป็นเมืองหลวงของอาณานิคมของโปรตุเกสอย่างเซา ตูเมและปรินซิปี และตั้งแต่ปี 1975 เมืองหลวงของประเทศเอกราชของเซา โทเมและปรินซิปี
สภาพภูมิอากาศของเซาตูเมเป็นแบบเขตร้อนชื้นและแห้ง โดยมีฤดูฝนที่ยาวนานและฤดูแล้งสั้น
ฤดูฝนเริ่มตั้งแต่เดือนตุลาคมถึงพฤษภาคม ในขณะที่ฤดูแล้งยาวนานถึงสี่เดือนข้างหน้า
อุณหภูมิของเมืองค่อนข้างคงที่ โดยมีอุณหภูมิสูงสุดเฉลี่ย 30 องศาเซลเซียส (86 องศาฟาเรนไฮต์) และต่ำสุดเฉลี่ย 22 องศาเซลเซียส (72 องศาฟาเรนไฮต์)
S. Tomé ตั้งอยู่ในอ่าว Ana Chaves ทางตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะ S. Tomé เป็นท่าเรือที่สำคัญ และ Ilhéu das Cabras ตั้งอยู่นอกชายฝั่ง ดังนั้นToméจึงตั้งอยู่ทางตะวันตกเฉียงเหนือของ Santana ทางตะวันออกเฉียงเหนือของ Trindade และทางตะวันออกเฉียงใต้ของ Guadalupe ถนนหลายสายเชื่อมต่อกับการตั้งถิ่นฐานเหล่านี้ โดยถนนที่สำคัญที่สุดคือทางหลวงที่ล้อมรอบเกาะ So Tomé ทั้งเกาะ เรือประจำสัปดาห์เชื่อมต่อกับเคปเวิร์ด
