Франсуа Бозизе приостановил действие конституции и назначил новое правительство, состоящее из большинства оппозиционных партий. Назначение Абеля Гумбы вице-президентом повысило имидж новой администрации Бозизе. Бозизе сформировал широкий Национальный переходный совет для написания новой конституции и заявил о своем намерении уйти в отставку и баллотироваться на пост после принятия новой конституции.
Война Буша в Центральноафриканской Республике началась в 2004 году, когда группы противников Бозизе взялись за оружие против его администрации. В течение мая 2005 года Бозизе выиграл президентские выборы, на которых не было Патассе, и боевые действия между правительством и повстанцами продолжались в 2006 году. В ноябре 2006 года администрация Бозизе обратилась за военной помощью к Франции, чтобы помочь им противостоять повстанцам, захватившим контроль над городами в северных провинциях страны. . Хотя первые публичные особенности соглашения касались логистики и разведки, французская поддержка в конечном итоге включала атаки самолетов Mirage на позиции повстанцев.
Сиртское соглашение, подписанное в феврале, и Бираоское мирное соглашение, подписанное в апреле 2007 г., призывали к прекращению боевых действий, расквартированию боевиков FDPC и их интеграции с FACA, освобождению политических заключенных, интеграции FDPC в правительство. , амнистию СДСО, признание политической партией и интеграцию ее бойцов в национальную армию. Несколько организаций продолжали сражаться, но другие подписали пакт или аналогичные соглашения с правительством (например, UFR 15 декабря 2008 г.). CPJP, единственная значительная организация, которая не подписала соглашение в то время, продолжила свою деятельность и 25 августа 2012 года подписала мирное соглашение с правительством.
Бозизе был переизбран в 2011 году на выборах, которые в значительной степени считались сфальсифицированными.
«Селека», альянс повстанческих организаций, захватила контроль над городами в северных и центральных регионах страны в ноябре 2012 года. В конечном итоге в январе 2013 года эти партии заключили мирное соглашение с администрацией Бозизе, включая правительство с разделением власти, но соглашение провалилось. а в марте 2013 года повстанцы взяли под свой контроль столицу, вынудив Бозизе бежать из страны.
Мишель Джотодиа был избран президентом, а в мае 2013 года премьер-министр Николя Тиангайе запросил у Совета Безопасности ООН миротворческую миссию ООН, а 31 мая бывшему президенту Бозизе было предъявлено обвинение в преступлениях против человечности и подстрекательстве к геноциду.
В период с июня по август 2013 г. ситуация с безопасностью не улучшилась, и поступали сообщения о более чем 200,000 2016 внутренне перемещенных лиц (ВПЛ), а также о нарушениях прав человека и новых столкновениях между сторонниками «Селеки» и Бозизе.
Президент Франции Франсуа Олланд призвал Совет Безопасности ООН и Африканский союз активизировать усилия по стабилизации ситуации в стране. Говорят, что правительство «Селеки» расколото. Джотодиа официально распустил «Селеку» в сентябре 2013 года, но многие повстанцы отказались разоружаться и все дальше отходили от власти.
Насилие усилилось к концу года, что вызвало обеспокоенность международного сообщества по поводу «геноцида», а боевые действия в основном были результатом ответных нападений на мирных жителей со стороны преимущественно мусульманских солдат «Селеки» и христианских ополченцев, известных как «антибалака».
Майкл Джотодиа и его премьер-министр Николя Тиенгае ушли в отставку 11 января 2014 года в рамках соглашения, достигнутого на региональной конференции в соседнем Чаде. Национальный переходный совет избрал Кэтрин Самба-Панза временным президентом, и она вступила в должность 23 января. Она стала первой женщиной-президентом в Центральной Африке. Мари-Нолле Кояра стала первой женщиной-министром обороны после обретения независимости в январе 2015 года.
18 февраля 2014 года Генеральный секретарь Организации Объединенных Наций Пан Ги Мун потребовал, чтобы Совет Безопасности ООН быстро направил в страну 3,000 солдат для борьбы с тем, что он охарактеризовал как преднамеренное нападение и массовое убийство невинных людей. Генеральный секретарь представил стратегию из шести пунктов, которая включала развертывание 3,000 миротворцев в дополнение к 6,000 солдат Африканского союза и 2,000 французских военнослужащих, находящихся в настоящее время в стране.
После посреднических усилий Конго «Селека» и официальные лица «антибалаки» подписали соглашение о прекращении огня в Браззавиле 23 июля 2014 года.
14 декабря 2015 года командир повстанцев «Селеки» провозгласил независимость Республики Логоне.