Район вокруг Джибути был заселен с эпохи неолита. Лингвисты считают, что примерно в этот период первые афроазиатоязычные люди мигрировали в этот район из предполагаемой прародины семьи («исконной родины») в долине Нила или на Ближнем Востоке. Другие считают, что афроазиатская языковая семья возникла in situ на Горном Роге, и люди распространились оттуда.
В Аса Кома, районе внутреннего озера на равнине Гобаад, была обнаружена керамика, датируемая серединой второго тысячелетия. Керамика из этого места имеет геометрические узоры с точечными и насечками, которые сопоставимы с керамикой фазы 1 культуры сабир из Малайбы в Южной Аравии. Кости длиннорогих безгорбых коров также были найдены в Аса Кома, что указывает на то, что домашний скот существовал около 3,500 лет назад. В Дорре и Бальо есть дополнительные наскальные рисунки, изображающие антилоп и жирафа.
Ряд антропоморфных и фаллических стел также можно найти между городом Джибути и Лоядой. Постройки связаны с прямоугольными гробницами, окаймленными вертикальными плитами, которые также были обнаружены в центральной Эфиопии. Стелы в Джибути-Лояде имеют неизвестную древность, и некоторые из них имеют Т-образный знак.
Джибути считается наиболее вероятным местом в регионе, известном древним египтянам как Пунт (или Та-Неджеру, что означает «Земля Бога»), наряду с северной частью Сомали, Эритреей и суданским побережьем Красного моря. Земля Пунт впервые упоминается в 25 веке до нашей эры. Пунтиты были народом, имевшим тесные связи с Древним Египтом во времена правления фараона Сахуре из Пятой династии и королевы Хатшепсут из Восемнадцатой династии. Согласно храмовым росписям в Дейр-эль-Бахари, в то время землёй Пунт правили король Параху и королева Ати.
Этнические группы сомалийцев и афар в этом районе были одними из первых людей на континенте, принявших ислам после более чем 1,000-летней торговли с соседним Аравийским полуостровом.
На Африканском Роге султанат Ифат был средневековой страной. Династия Валашма основала его в 1285 году со штаб-квартирой в Зейле. Ифат начал операции в Джибути и на севере Сомали, затем двинулся на юг, в горы Ахмар. В 1285 году его султан Умар Валашма (или, по другой версии, его сын Али) захватил султанат Шева. Военная экспедиция султана Умара, по словам Таддессе Тамрата, была попыткой объединить мусульманские владения на Роге, подобно попытке императора Екуно Амлака одновременно объединить христианские королевства в высокогорье. Эти два штата в конечном итоге столкнулись из-за Шевы и других южных регионов. Разразилась долгая битва, хотя мусульманские султанаты того периода не были хорошо скоординированы. В 1332 году император Эфиопии Амда Сейон I разрушил Ифат и отступил из Шевы.
Район к северу от залива Таджура был известен как Обок с 1862 по 1894 год и управлялся сомалийскими и афарскими султанами, местными правителями, с которыми Франция заключила несколько договоров между 1883 и 1887 годами, чтобы установить присутствие в регионе. Леонс Лагард установила постоянное французское правительство в Джибути в 1894 году, переименовав территорию во Французское Сомалиленд. Это продолжалось с 1896 по 1967 год, когда была создана Territoire Français des Afars et des Issas (TFAI) («Французская территория афаров и исса»).
Джибути провела референдум в 1958 году, накануне обретения соседней Сомали независимости в 1960 году, чтобы решить, присоединиться ли к Сомалийской Республике или остаться с Францией. В результате референдума большая этническая община афар, а также проживающие в Европе европейцы проголосовали «за», что указывает на необходимость сохранения отношений страны с Францией. Также были выдвинуты обвинения в массовых махинациях с голосами. Большинство тех, кто проголосовал против, были сомалийцами, которые поддержали Махмуда Харби, вице-президента Правительственного совета, в его предложении об объединении Сомали. Харби погиб два года спустя в авиакатастрофе.
Второй референдум был проведен в 1967 году, чтобы решить будущее области. Предварительные выводы показали, что связь с Францией должна быть сохранена, хотя и с более слабым сцеплением. Голоса также разделились по этническому признаку: большинство жителей Сомали проголосовали за независимость с целью окончательного объединения с Сомали, в то время как афары предпочли остаться с Францией. Референдум снова был отмечен обвинениями в манипулировании голосами со стороны французского правительства. Бывший Côte française des Somalis (Французский Сомалиленд) был переименован в Territoire français des Afars et des Issas вскоре после голосования.
Третий референдум был проведен в 1977 году. Выход из состава Франции был одобрен подавляющим большинством голосов 98.8% избирателей, что официально ознаменовало независимость Джибути. Хасан Гулед Аптидон, сомалийский политик, выступавший за голосование «за» на референдуме 1958 года, стал первым президентом страны (1977–1999).
Джибути присоединилась к Организации африканского единства (ныне Африканский союз), Лиге арабских государств и Организации Объединенных Наций в течение первого года ее существования. Молодая страна также была одним из основателей Межправительственного органа по развитию, региональной организации развития, в 1986 году.
Напряженность из-за представительства в правительстве между правящим в Джибути Народным объединением за прогресс (PRP) и оппозиционным Фронтом восстановления единства и демократии (FRUD) привела к ожесточенным боевым действиям в начале 1990-х годов. В 2000 году тупиковая ситуация была нарушена соглашением о разделе власти.