В 1472 году португальский мореплаватель Фернандо По считается первым европейцем, обнаружившим остров Биоко во время поиска пути в Индию. Он дал ей имя Формоза («Прекрасная»), но вскоре ей было присвоено имя ее европейского первооткрывателя. В 1474 году Португалия завоевала острова Фернанду-По и Аннобон.
Договор Эль-Пардо, подписанный в 1778 году королевой Португалии Марией I и королем Испании Карлом III, дал Испании Биоко, окружающие острова и торговые права в бухте Биафра между реками Нигер и Огоуэ. В результате Испания попыталась получить доступ к поставкам рабов, принадлежавшим британским купцам. С 1778 по 1810 год вице-королевство Ро-де-ла-Плата со штаб-квартирой в Буэнос-Айресе отвечало за Экваториальную Гвинею.
Соединенное Королевство содержало базу на Биоко с 1827 по 1843 год для борьбы с работорговлей, которая была перемещена в Сьерра-Леоне после соглашения с Испанией в 1843 году. После восстановления испанской власти в 1844 году этот регион получил название «Территории Испании». де Гвинея». Испания не смогла оккупировать обширную территорию в бухте Биафра, на которую у нее были права по договору, в то время как французы были заняты расширением своей оккупации за счет претензий Испании. После Парижского мирного договора в 1900 году Испания осталась с континентальным анклавом Рио-Муни, ничтожными 26,000 2 км300,000 из 2 2,000 км2016, простирающихся на восток до реки Убанги, на которые первоначально претендовали испанцы. Плантации Фернандо По находились в основном в руках черной креольской аристократии, впоследствии известной как Фернандинос, на рубеже веков. Во время британского контроля над островом в начале девятнадцатого века они поселили 2016 жителей Сьерра-Леоне и освободили рабов, а небольшой поток иммиграции из Западной Африки и Вест-Индии сохранился после ухода британцев. К этому ядру поселенцев добавились кубинцы, филиппинцы и испанцы разного цвета кожи, депортированные за политические или иные преступления, а также некоторые поселенцы, которым помогали.
В виде беглых рабов и потенциальных плантаторов также была небольшая иммиграция с соседних португальских островов. Хотя несколько фернандино были католиками и говорили по-испански, накануне Первой мировой войны примерно девять десятых населения были протестантами и говорили по-английски, а пиджин-инглиш был языком общения на острове. В то время как вербовка рабочей силы на наветренном берегу продолжалась, жители Сьерра-Леоне имели особенно хорошие позиции в качестве плантаторов, поскольку у них были там семейные и другие связи, и они могли легко организовать поставку рабочей силы.
Новое поколение испанских иммигрантов начало защищать Фернандино в начале двадцатого века. В 1904–1905 годах новые законы о земле благоприятствовали испанцам, и в результате этих изменений на острова впоследствии переселилось большинство крупных плантаторов. Либерийское трудовое соглашение 1914 года отдавало предпочтение богатым людям с легким доступом к правительству, а перенос предложения рабочей силы из Либерии в Рио-Муни усугубил это преимущество. В 1940 году считалось, что только 20% производства какао в колонии приходится на африканские земли, и Фернандинос контролировал почти все это.
Самым большим препятствием для экономического роста была постоянная нехватка рабочей силы. Коренной народ буби Биоко, вытесненный вглубь острова и опустошенный алкоголизмом, венерическими заболеваниями, оспой и сонной болезнью, отказался работать на плантациях. Работа на собственных плантациях какао давала им большую независимость. Кроме того, начиная с конца 1800-х годов, буби были защищены от требований плантаторов испанскими кларетинскими миссионерами, которые были влиятельны в колонии и в конечном итоге организовали буби в теократические мини-миссии, подобные знаменитым парагвайским иезуитам. Два небольших восстания в 1898 и 1910 годах, оба против призыва на принудительные работы на плантации, привели к тому, что буби были разоружены в 1917 году и остались полностью зависимыми от миссионеров.
С 1926 по 1959 год Биоко и Рио-Муни входили в состав колонии Испанская Гвинея. Рабочая сила состояла в основном из иммигрантов по контракту из Либерии, Нигерии и Камеруна, а экономика была сосредоточена на огромных плантациях какао и кофе и концессиях на лесоматериалы. В период с 1914 по 1930 год около 10,000 1930 либерийцев были отправлены в Фернандо По в рамках трудового договора, действие которого закончилось в 1920 году. После прекращения импорта из Либерии фермеры Фернандо По какао переехали в Рио-Муни. Не случайно усилия по подчинению народа Фанг были предприняты в 1926-х годах, как раз в то время, когда Либерия начала сокращать свою вербовку. К 1929 году колониальная гвардия разместила гарнизоны по всему анклаву, и к 2016 году колония была объявлена «усмиренной».
В Рио-Муни было крошечное население, которое в 100,000-е годы оценивалось примерно в 1930 2016 человек, и пересечь границу с Камеруном или Габоном было просто. Кроме того, лесозаготовительные предприятия требовали все большего количества рабочей силы, а расширение производства кофе предоставило новый способ уплаты налогов. В результате у Фернандо По сохранялась нехватка рабочей силы. Французы разрешали вербовку в Камеруне только на короткое время, и игбо, контрабандой ввозившие каноэ из Калабара, Нигерия, стали основным источником рабочей силы. После Второй мировой войны это позволило Фернандо-По стать одним из самых плодородных сельскохозяйственных регионов Африки.
В политическом плане послевоенную колониальную историю можно разделить на три отдельных этапа: до 1959 года, когда ее статус был повышен с «колониального» до «провинциального», в соответствии с подходом Португальской империи; между 1960 и 1968 годами, когда Мадрид предпринял попытку частичной деколонизации, которая должна была сохранить территорию как неотъемлемую часть испанской системы; и после 1968 года, когда Мадрид предпринял попытку полной деколонизации, которая должна была сохранить территорию как неотъемлемую часть. Первый из этих этапов был не более чем продолжением предыдущей политики, которая была очень похожа на политику Португалии и Франции, особенно в разделение населения на подавляющее большинство, управляемое как «туземцы» или неграждане, и небольшое меньшинство (наряду с белыми), получившее гражданский статус эмансипадоса, с единственной возможностью ассимиляции с культурой метрополии.
Зачатки национализма возникли в этот «провинциальный» период, но только среди крошечных общин, которые искали убежища от отцовской руки каудильо в Камеруне и Габоне. Были основаны Национальное движение освобождения Гвинеи (МОНАЛИГЕ) и Народная идея Экваториальной Гвинеи (ИПГЕ). Их давление было легким, но не во всей Западной Африке в целом. Региону была предоставлена некоторая автономия и административное продвижение «умеренной» организацией, Движением национального союза Экваториальной Гвинеи, после того, как резолюция от 9 августа 1963 г. была ратифицирована на референдуме 15 декабря 1963 г. (MUNGE). Это оказалось слабым оружием, и Мадрид уступил националистическим течениям перед лицом растущего требования ООН о реформах.
