A Constituição maltesa proclama que o catolicismo é a religião oficial, não obstante as proteções estabelecidas para a liberdade religiosa.
O catolicismo romano é a religião mais praticada em Malta. A Constituição maltesa define o catolicismo como a religião oficial, que também é representada em muitos aspectos da cultura maltesa.
Em Malta, Gozo e Comino, existem cerca de 360 igrejas, ou uma para cada 1,000 habitantes. A igreja paroquial (em maltês: “il-parroa” ou “il-knisja parrokkjali”) é o centro arquitetônico e geográfico de todas as cidades e aldeias maltesas, bem como a fonte de orgulho cívico. Este orgulho municipal está patente nas festas das aldeias locais, que celebram o padroeiro de cada freguesia com bandas marciais, procissões religiosas, missas especiais, pirotecnia (particularmente petardos) e outras festividades.
Malta é uma Sé Apostólica; os Atos dos Apóstolos falam de São Paulo naufragando na ilha de “Melite”, que muitos estudiosos da Bíblia identificam como Malta, em sua viagem de Jerusalém a Roma para ser julgado, um evento que ocorreu por volta de 60 dC. passou três meses na ilha em sua viagem a Roma, conforme narrado nos Atos dos Apóstolos, curando os doentes, incluindo o pai de Públio, o “homem principal da ilha”. Esta história está ligada a uma série de tradições diferentes. Acredita-se que o naufrágio tenha acontecido no que hoje é conhecido como Baía de São Paulo. Diz-se que São Publius, um santo maltês, foi feito o primeiro bispo de Malta, e uma gruta em Rabat, agora conhecida como “Gruta de São Paulo” (e nas proximidades da qual evidências de enterros e rituais cristãos do século III d.C.) foi descoberto), é um dos primeiros locais conhecidos de culto cristão da ilha.
Catacumbas sob diferentes locais em Malta, notadamente as Catacumbas de São Paulo e as Catacumbas de Santa Ágata perto de Rabat, logo além das muralhas de Mdina, fornecem mais evidências de atividades e crenças cristãs durante o tempo da perseguição romana. Estes últimos foram especialmente bem afrescados entre 1200 e 1480, mas os turcos invasores danificaram vários deles na década de 1550. Há também uma série de igrejas rupestres, como a gruta de Melliea, que é um Santuário da Natividade de Nossa Senhora e a tradição diz que São Lucas pintou um retrato de Nossa Senhora lá. É um local de peregrinação desde a Idade Média.
De acordo com os Atos do Concílio de Calcedônia, um certo Acácio foi bispo de Malta em 451 dC (Melitenus Episcopus). Sabe-se também que um certo Constantino, Episcopus Melitenensis, participou do Quinto Concílio Ecumênico em 501 dC. O papa Gregório I demitiu Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, em 588 dC, e o clero e o povo de Malta escolheram Trajano como seu sucessor em 599 dC. Antes da conquista das ilhas, o último bispo documentado de Malta foi um grego chamado Manas, que depois foi preso em Palermo.
Segundo o historiador maltês Giovanni Francesco Abela, os malteses mantiveram sua fé cristã apesar da invasão fatímida após sua conversão ao cristianismo nas mãos de São Paulo. Malta é descrita nas obras de Abela como um “baluarte da cultura cristã europeia contra a expansão do islamismo mediterrâneo”. Nos séculos XII e XIII, a imigração da Itália para Malta fortaleceu a população cristã local que acolheu Rogério I da Sicília.
Durante séculos, a Igreja em Malta esteve sujeita à Diocese de Palermo, exceto quando estava sob Carlos de Anjou, que escolheu bispos para Malta, assim como os espanhóis e, posteriormente, os Cavaleiros em raras ocasiões. Desde 1808, todos os bispos malteses serviram. Malta tornou-se o país católico devoto que é hoje como consequência das eras normanda e espanhola, bem como da autoridade dos cavaleiros. Vale a pena mencionar que o Gabinete do Inquisidor de Malta teve uma longa permanência na ilha após a sua fundação em 1530: o último Inquisidor deixou as Ilhas em 1798, quando os Cavaleiros se renderam às tropas de Napoleão Bonaparte. Várias famílias maltesas se mudaram para Corfu sob a República de Veneza. Seus descendentes representam cerca de dois terços dos 4,000 católicos que atualmente residem na ilha.
Os santos padroeiros de Malta são São Paulo, São Públio e Santa Ágata. Embora não seja um santo padroeiro, São Jorge Preca (San ou Preca) é altamente considerado como o segundo santo maltês a ser canonizado depois de São Públio Malta, o primeiro santo reconhecido de Malta (canonizado no ano de 1634). Em 3 de junho de 2007, o Papa Bento XVI o canonizou. Além disso, vários malteses foram declarados beatos, principalmente Maria Adeodata Pisani e Nazju Falzon, que foram beatificados pelo Papa João Paulo II em 2001.
Malta é o lar de várias ordens religiosas católicas romanas, incluindo os jesuítas, franciscanos, dominicanos e irmãzinhas dos pobres.
A maioria das congregações das igrejas protestantes locais não são maltesas; suas congregações são formadas por numerosos aposentados britânicos que residem na ilha, bem como turistas de muitos outros países. Há cerca de 600 Testemunhas de Jeová na área. Cada uma das Igrejas de Jesus Cristo dos Santos dos Últimos Dias (Igreja SUD), a Igreja Batista Bíblica e a Irmandade das Igrejas Evangélicas tem cerca de 60 afiliadas. Outras igrejas denominacionais incluem a Igreja Escocesa de Santo André em Valletta (uma congregação mista presbiteriana e metodista) e a Catedral Anglicana de São Paulo, bem como uma igreja adventista do sétimo dia em Birkirkara. Em 1983, uma congregação da Igreja Nova Apostólica foi estabelecida em Gwardamangia.
A população judaica de Malta atingiu o pico sob o controle normando na Idade Média. Malta e a Sicília foram anexadas pelos aragoneses em 1479, e o Decreto de Alhambra de 1492 obrigou todos os judeus a fugir da nação, permitindo-lhes levar apenas algumas coisas consigo. Várias centenas de judeus malteses podem ter se convertido ao cristianismo para permanecer na nação durante o tempo. Existe agora apenas uma congregação judaica.
O Zen Budismo e a Fé Bahá' têm cerca de 40 adeptos.
A Mesquita Mariam Al-Batool é a única mesquita muçulmana da cidade. Uma escola primária muçulmana acaba de ser estabelecida. Dos cerca de 3,000 muçulmanos em Malta, cerca de 2,250 são imigrantes, 600 são cidadãos naturalizados e 150 são malteses de nascimento.