François Bozizé suspendeu a constituição e nomeou um novo governo composto pela maioria dos partidos da oposição. A nomeação de Abel Goumba como vice-presidente impulsionou a imagem da nova administração de Bozizé. Bozizé formou um Conselho Nacional de Transição de base ampla para redigir uma nova constituição e declarou sua intenção de renunciar e concorrer ao cargo assim que a nova constituição fosse adotada.
A Guerra de Bush na República Centro-Africana começou em 2004, quando grupos anti-Bozizé pegaram em armas contra sua administração. Ao longo de maio de 2005, Bozizé venceu uma eleição presidencial que excluiu Patassé, e o combate entre o governo e os rebeldes continuou em 2006. O governo de Bozizé buscou assistência militar francesa em novembro de 2006 para ajudá-los a resistir aos insurgentes que haviam tomado o controle de cidades nas províncias do norte do país. . Embora os primeiros detalhes públicos do acordo se concentrassem em logística e inteligência, o apoio francês acabou por incluir ataques de aeronaves Mirage a posições rebeldes.
O Acordo de Syrte, assinado em fevereiro, e o Acordo de Paz de Birao, assinado em abril de 2007, exigiam a cessação das hostilidades, o aquartelamento dos combatentes da FDPC e sua integração com a FACA, a libertação de presos políticos, a integração da FDPC no governo , anistia à UFDR, reconhecimento como partido político e integração de seus combatentes ao exército nacional. Várias organizações lutaram, mas outras assinaram o pacto ou acordos semelhantes com o governo (por exemplo, UFR em 15 de dezembro de 2008). O CPJP, a única organização significativa que não assinou um acordo na época, manteve suas operações e assinou um acordo de paz com o governo em 25 de agosto de 2012.
Bozizé foi reeleito em 2011 em uma eleição amplamente vista como fraudulenta.
Séléka, uma aliança de organizações rebeldes, assumiu o controle de cidades nas regiões norte e central do país em novembro de 2012. Essas partes finalmente negociaram um acordo de paz com a administração de Bozizé em janeiro de 2013, incluindo um governo de compartilhamento de poder, mas o acordo fracassou, e os rebeldes assumiram o controle da capital em março de 2013, forçando Bozizé a fugir do país.
Michel Djotodia foi eleito presidente e, em maio de 2013, o primeiro-ministro Nicolas Tiangaye buscou uma missão de paz da ONU junto ao Conselho de Segurança da ONU e, em 31 de maio, o ex-presidente Bozizé foi acusado de crimes contra a humanidade e incitação ao genocídio.
Durante junho-agosto de 2013, a situação de segurança não melhorou, e houve relatos de mais de 200,000 deslocados internos (IDPs), bem como violações de direitos humanos e nova violência entre apoiadores do Séléka e Bozizé.
O presidente francês, François Hollande, pediu ao Conselho de Segurança das Nações Unidas e à União Africana que intensifiquem os esforços para estabilizar a nação. Dizia-se que o governo Séléka estava fraturado. Djotodia dissolveu formalmente Seleka em setembro de 2013, mas muitos rebeldes se recusaram a se desarmar e se afastaram da autoridade do governo.
A violência se deteriorou no final do ano, provocando preocupações internacionais de “genocídio”, e o combate foi principalmente resultado de ataques de retaliação a civis pelos soldados principalmente muçulmanos de Seleka e milícias cristãs conhecidas como “anti-balaka”.
Michael Djotodia e seu primeiro-ministro, Nicolas Tiengaye, renunciaram em 11 de janeiro de 2014, como parte de um acordo alcançado em uma conferência regional no vizinho Chade. O Conselho Nacional de Transição escolheu Catherine Samba-Panza como presidente temporária, e ela assumiu o cargo em 23 de janeiro. Ela se tornou a primeira presidente mulher da África Central. Marie-Nolle Koyara tornou-se a primeira mulher ministra da Defesa desde a independência em janeiro de 2015.
Em 18 de fevereiro de 2014, o secretário-geral das Nações Unidas, Ban Ki-moon, solicitou que o Conselho de Segurança da ONU enviasse rapidamente 3,000 soldados ao país para combater o que ele caracterizou como alvo intencional e massacre em massa de pessoas inocentes. O secretário-geral apresentou uma estratégia de seis pontos, que inclui o envio de 3,000 soldados de paz para complementar os 6,000 soldados da União Africana e 2,000 forças francesas atualmente no país.
Após os esforços de mediação congoleses, Séléka e funcionários anti-balaka assinaram um acordo de cessar-fogo em Brazzaville em 23 de julho de 2014.
Em 14 de dezembro de 2015, o comandante rebelde Séléka proclamou a República de Logone independente.