Os próximos 30 anos foram marcados por convulsões políticas. Em um golpe armado em 3 de agosto de 1975, o presidente Ahmed Abdallah foi deposto e substituído pelo príncipe Said Mohamed Jaffar, membro da Frente Nacional Unida das Comores (FNUK). Em janeiro de 1976, Jaffar foi deposto em favor de Ali Soilih, seu ministro da Defesa.
Em dois referendos realizados na época, o povo de Mayotte decidiu contra a independência da França. A primeira, em 22 de dezembro de 1974, recebeu 63.8% de apoio para manter as relações com a França, e a segunda, em fevereiro de 1976, recebeu espantosos 99.4%. O presidente Soilih, que governou as três ilhas sobreviventes, implementou uma variedade de medidas socialistas e isolacionistas que estremeceram os laços com a França. Bob Denard retornou em 13 de maio de 1978, com o apoio dos governos francês, rodesiano e sul-africano, para depor o presidente Soilih e restaurar Abdallah. Durante o curto reinado de Soilih, ele foi submetido a mais sete tentativas de golpe antes de ser deposto e assassinado.
A presidência de Abdallah, em contraste com a de Soilih, foi caracterizada pelo controle autoritário e maior devoção ao Islã tradicional, e a nação foi renomeada como República Federal Islâmica das Comores (République Fédérale Islamique des Comores; ). Temendo um golpe de estado, Abdallah permaneceu presidente até 1989, quando emitiu uma proclamação ordenando que a Guarda Presidencial, comandada por Bob Denard, desarmasse as forças armadas. Abdallah teria sido morto a tiros em seu escritório por um oficial militar irritado logo após a assinatura do decreto, mas relatórios posteriores dizem que um míssil antitanque foi disparado em seu quarto e o matou. Apesar do fato de Denard ter sido ferido, acredita-se que o assassino de Abdallah era um soldado sob seu comando.
Bob Denard foi transportado de avião para a África do Sul por pára-quedistas franceses alguns dias depois. O presidente foi posteriormente Said Mohamed Djohar, meio-irmão mais velho de Soilih, que governou até setembro de 1995, quando Bob Denard voltou e tentou outro golpe. Denard foi forçado a se render quando a França interveio com pára-quedistas. Djohar foi deportado para a Reunião pelos franceses, e Mohamed Taki Abdoulkarim, que era apoiado por Paris, foi eleito presidente. Ele foi o líder do país de 1996 até sua morte em novembro de 1998, durante um período marcado por agitação trabalhista, repressão do governo e guerras separatistas. O presidente interino Tadjidine Ben Said Massounde assumiu como seu sucessor.
Em um esforço para recuperar a soberania francesa, as ilhas de Anjouan e Mohéli proclamaram a independência das Comores em 1997. No entanto, a França se voltou contra seu pedido, resultando em confrontos violentos entre forças federais e insurgentes. O coronel Azali Assoumani, chefe do Estado-Maior do Exército, derrubou o presidente interino Massounde em um golpe sem derramamento de sangue em abril de 1999, alegando liderança fraca diante da crise. Desde a independência em 1975, as Comores viram 18 golpes ou tentativas de golpe.
O fracasso de Azali em consolidar a autoridade e restaurar o controle sobre as ilhas atraiu condenação mundial. A União Africana, liderada pelo presidente sul-africano Thabo Mbeki, puniu Anjouan para ajudar no processo de mediação e reconciliação. O nome formal do país foi alterado para União das Comores, e um novo sistema de autonomia política para cada ilha foi estabelecido, bem como uma administração sindical para as três ilhas.
Azali ficou de lado em 2002 para concorrer à presidência das Comores em uma eleição democrática, que ele venceu. Como um ditador militar que chegou ao poder pela primeira vez pela força e nem sempre foi democrático enquanto estava no governo, Azali liderou as Comores por meio de revisões constitucionais que permitiram novas eleições, apesar das contínuas críticas internacionais. A legislação da Loi des compétences, que especifica as atribuições de cada entidade governamental, foi promulgada no início de 2005 e agora está sendo implementada. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, um clérigo muçulmano sunita apelidado de “Aiatolá” por seus anos estudando o Islã no Irã, venceu as eleições de 2006. Azali aceitou os resultados das eleições, permitindo a primeira transferência de poder pacífica e democrática do arquipélago.
O coronel Mohammed Bacar, um ex-gendarme educado na França, assumiu o controle de Anjouan em 2001. Em junho de 2007, ele realizou um referendo para afirmar sua liderança, que o governo federal de Comores e a União Africana condenaram como inconstitucionais. Centenas de tropas da União Africana e das Comores invadiram Anjouan em 25 de março de 2008, para o deleite da população local: centenas, senão milhares, de pessoas foram torturadas sob o reinado de Bacar. Alguns rebeldes foram mortos ou feridos, mas não há números oficiais disponíveis. Pelo menos 11 pessoas ficaram feridas no ataque. Vários funcionários foram presos. Bacar escapou para Mayotte, um enclave francês do Oceano Índico, em uma lancha para buscar refúgio. Nas Comores, manifestações anti-francesas eclodiram.
Mais de 20 golpes ou tentativas de golpes ocorreram nas Comores desde a independência da França.
Em 26 de maio de 2011, o ex-vice-presidente Ikililou Dhoinine foi empossado como presidente após as eleições no final de 2010. Dhoinine, membro do partido do governo, foi apoiado na eleição pelo presidente Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, farmacêutico de profissão, é o primeiro presidente das Comores, vindo da ilha de Mohéli.
