Em 1472, o navegador português Fernando Pó é considerado o primeiro europeu a encontrar a ilha de Bioko enquanto procurava uma rota para a Índia. Foi-lhe dado o nome de Formosa (“Bela”), mas logo recebeu o nome de seu descobridor europeu. Em 1474, Portugal conquistou as ilhas de Fernando Pó e Annobón.
O Tratado de El Pardo, assinado em 1778 pela rainha Maria I de Portugal e pelo rei Carlos III de Espanha, deu à Espanha Bioko, ilhas vizinhas e direitos comerciais na Baía de Biafra entre os rios Níger e Ogoue. Como resultado, a Espanha tentou adquirir acesso a um suprimento de escravos de propriedade de mercadores britânicos. Entre 1778 e 1810, o vice-reinado do Ro de la Plata, com sede em Buenos Aires, ficou a cargo da Guiné Equatorial.
O Reino Unido manteve uma base em Bioko de 1827 a 1843 para combater o tráfico de escravos, que foi transferida para Serra Leoa após um acordo com a Espanha em 1843. Após a restauração da autoridade espanhola em 1844, a região foi apelidada de “Territorios Espaoles del Golfo da Guiné.” A Espanha não conseguiu ocupar o vasto território na Baía de Biafra ao qual tinha direitos do Tratado, enquanto os franceses estavam ocupados estendendo sua ocupação às custas da reivindicação da Espanha. Após o Tratado de Paris em 1900, a Espanha ficou com o enclave continental do Rio Muni, meros 26,000 km2 dos 300,000 km2 que se estendem para o leste até o rio Ubangi que os espanhóis originalmente reivindicaram. As plantações de Fernando Po estavam principalmente nas mãos de uma aristocracia crioula negra, posteriormente conhecida como Fernandinos, por volta da virada do século. Durante o controle britânico da ilha no início do século XIX, eles estabeleceram 2,000 serra-leoneses e escravos libertos, e um pequeno fluxo de imigração da África Ocidental e das Índias Ocidentais persistiu após a saída britânica. Cubanos, filipinos e espanhóis de diferentes cores deportados por crimes políticos ou outros, bem como alguns colonos ajudados, foram adicionados a esse núcleo de colonos.
Na forma de escravos fugitivos e fazendeiros em potencial, houve também um pingo de imigração das ilhas vizinhas portuguesas. Embora alguns Fernandinos fossem católicos e falassem espanhol, às vésperas da Primeira Guerra Mundial, aproximadamente nove décimos da população era protestante e falava inglês, e o inglês pidgin era a língua franca da ilha. Enquanto o recrutamento de mão de obra na costa de Barlavento continuava, os serra-leoneses estavam especialmente bem posicionados como fazendeiros, pois tinham laços familiares e outros lá e podiam organizar prontamente a oferta de mão de obra.
Uma nova geração de imigrantes espanhóis começou a colocar os Fernandinos na defensiva no início do século XX. Em 1904-1905, novas leis de terras favoreceram os espanhóis, e a maioria dos fazendeiros maiores posteriormente veio para as ilhas como resultado dessas mudanças. O acordo de trabalho liberiano de 1914 favoreceu indivíduos ricos com fácil acesso ao governo, e a transferência da oferta de trabalho da Libéria para o Rio Muni exacerbou essa vantagem. Em 1940, acreditava-se que apenas 20% da produção de cacau da colônia vinha de terras africanas, com Fernandinos controlando quase toda ela.
O maior impedimento ao crescimento econômico foi a persistente escassez de mão de obra. O povo indígena Bubi de Bioko, empurrado para o interior da ilha e devastado pelo alcoolismo, doenças venéreas, varíola e doença do sono, recusou-se a trabalhar nas plantações. Trabalhar em suas próprias pequenas plantações de cacau lhes oferecia uma grande independência. Além disso, a partir do final de 1800, os Bubi foram protegidos das demandas dos fazendeiros pelos missionários claretianos espanhóis, que eram poderosos na colônia e, finalmente, organizaram os Bubi em teocracias de mini-missão como as famosas Reduções Jesuítas paraguaias. Duas pequenas insurgências em 1898 e 1910, ambas se opondo ao recrutamento de trabalho forçado para as plantações, resultaram no desarmamento dos Bubi em 1917 e na dependência total dos missionários.
Entre 1926 e 1959, Bioko e Rio Muni foram incluídos na colônia espanhola da Guiné. A força de trabalho era principalmente de imigrantes da Libéria, Nigéria e Camarões, e a economia estava centrada em enormes plantações de cacau e café e concessões de madeira. Entre 1914 e 1930, cerca de 10,000 liberianos foram enviados para Fernando Po como parte de um Tratado do Trabalho que terminou em 1930. Após a cessação das importações liberianas, os produtores de cacau de Fernando Po mudaram-se para Rio Muni. Não foi por acaso que os esforços para subjugar o povo Fang foram lançados na década de 1920, exatamente quando a Libéria estava começando a reduzir seu recrutamento. Em 1926, a guarda colonial estabeleceu guarnições em todo o enclave, e a colônia foi declarada 'pacificada' em 1929.
Rio Muni tinha uma população minúscula, estimada em cerca de 100,000 na década de 1930, e cruzar a fronteira para Camarões ou Gabão era simples. Além disso, os negócios florestais exigiam uma quantidade crescente de mão de obra e a expansão da produção de café proporcionou uma nova forma de pagamento de impostos. Como resultado, a escassez de mão de obra de Fernando Po persistiu. Os franceses só permitiram o recrutamento em Camarões por um curto período de tempo, e os igbos contrabandeados em canoas de Calabar, na Nigéria, tornaram-se a principal fonte de trabalho. Após a Segunda Guerra Mundial, permitiu que Fernando Po se tornasse uma das regiões agrícolas mais prolíficas da África.
Politicamente, a história colonial do pós-guerra pode ser dividida em três fases distintas: até 1959, quando seu status foi elevado de 'colonial' a 'provincial', partindo da abordagem do Império Português; entre 1960 e 1968, quando Madrid tentou uma descolonização parcial, que pretendia preservar o território como parte integrante do sistema espanhol; e depois de 1968, quando Madrid tentou uma descolonização total, que se esperava preservar o território como parte integrante. dividindo a população em uma grande maioria governada como “nativos”, ou não-cidadãos, e uma pequena minoria (juntamente com os brancos) admitidos ao status cívico como emancipados, sendo a assimilação à cultura metropolitana a única permissão.
Os primórdios do nacionalismo surgiram durante esse período "provincial", mas apenas entre pequenas comunidades que buscaram abrigo da mão paterna do Caudilho em Camarões e Gabão. Foram fundados o Movimento Nacional de Libertação da Guiné (MONALIGE) e a Ideia Popular de Guiné Equatorial (IPGE). Suas pressões eram leves, mas não em toda a África Ocidental como um todo. A região obteve certa autonomia e avanço administrativo por uma organização “moderada”, o Movimento de União Nacional da Guiné Equatorial, depois que uma resolução de 9 de agosto de 1963 foi ratificada por um referendo em 15 de dezembro de 1963. (MUNGE). Isso provou ser uma arma fraca, e Madri sucumbiu às correntes do nacionalismo diante da crescente demanda da ONU por reformas.
