Antes das ondas de povos bantos começarem a imigrar do norte durante o século 10, a região da África hoje conhecida como Malawi tinha uma população relativamente pequena de caçadores-coletores. Embora a maioria dos povos bantos tenha se mudado para o sul, alguns permaneceram e formaram grupos étnicos baseados em ancestrais compartilhados. As tribos formaram o Reino de Maravi por volta de 1500 dC, que se estendia do norte do que hoje é Nkhotakota ao rio Zambeze, e do lago Malawi ao rio Luangwa na Zâmbia.
Tribos locais começaram a se reunir, negociar e formar alianças com mercadores e militares portugueses logo após 1600, quando a região estava amplamente unificada sob um monarca nativo. Em 1700, no entanto, o império se desintegrou em regiões governadas por uma variedade de grupos étnicos. Em meados de 1800, o tráfico de escravos suaíli-árabes atingiu o pico, com cerca de 20,000 indivíduos escravizados e transportados anualmente de Nkhotakota para Kilwa, onde eram vendidos.
Em 1859, o missionário e explorador David Livingstone chegou ao Lago Malawi (então Lago Nyasa) e descobriu as Terras Altas de Shire ao sul do lago como um local viável para a colonização européia. Várias missões anglicanas e presbiterianas foram estabelecidas na área como resultado da visita de Livingstone nas décadas de 1860 e 1870, a African Lakes Company Limited foi fundada em 1878 para estabelecer uma empresa de comércio e transporte trabalhando em estreita colaboração com as missões, e uma pequena missão e comércio O assentamento foi estabelecido em Blantyre em 1876, com um cônsul britânico fixando residência lá em 1883. Como o governo português também estava interessado na região, o governo britânico enviou Harry Johnston como cônsul britânico com ordens para negociar tratados com autoridades locais fora do português autoridade para evitar a anexação portuguesa.
O Protetorado Britânico da África Central foi estabelecido em 1889 sobre as Terras Altas de Shire, e foi expandido em 1891 para cobrir todo o atual Malawi. O protetorado foi renomeado Nyasaland em 1907, e permaneceu com esse nome pelo resto de sua administração britânica. A administração colonial da Niassalândia foi estabelecida em 1891 e é um exemplo clássico do que é muitas vezes referido como a “linha branca fina” do poder colonial na África. Os administradores receberam um orçamento anual de £ 10,000 (valor nominal de 1891), o suficiente para contratar dez cidadãos europeus, dois comandantes militares, setenta Sikhs do Punjab e 85 carregadores de Zanzibar. Esperava-se que esses poucos funcionários administrassem e policiassem uma área de 94,000 quilômetros quadrados com uma população de um a dois milhões de pessoas.
O Congresso Africano da Niassalândia (NAC) foi fundado em 1944 pelos africanos da Niassalândia para representar as preocupações locais da administração britânica. Por razões puramente políticas, a Grã-Bretanha juntou a Niassalândia com a Rodésia do Norte e do Sul na Federação da Rodésia e Niassalândia, muitas vezes conhecida como Federação Centro-Africana (CAF), em 1953. Apesar da semi-independência da Federação, a conexão provocou resistência nacionalista africana e o NAC obteve apoio público. O Dr. Hastings Banda, um médico formado na Europa que atuava em Gana e que foi persuadido a retornar à Niassalândia em 1958 para ajudar o movimento nacionalista, era um poderoso oponente da CAF. Antes de ser preso pelas autoridades coloniais em 1959, Banda foi eleito presidente do NAC e procurou mobilizar o entusiasmo nacionalista. Em 1960, ele foi libertado e convidado a ajudar na redação de uma nova constituição para a Niassalândia, que incluía uma disposição que dava aos africanos a maioria no Conselho Legislativo da colônia.
Nas eleições do Conselho Legislativo em 1961, o Partido do Congresso do Malawi (MCP) de Banda ganhou a maioria, e ele se tornou primeiro-ministro em 1963. A Federação foi dissolvida em 1963, e a Niassalândia declarou independência do controle britânico em 6 de julho de 1964, renomeando-se Malawi . Malawi tornou-se uma república sob uma nova constituição, com Banda como seu primeiro presidente. O Malawi é agora oficialmente um estado de partido único, com o MCP como o único partido político legítimo. Banda foi eleito presidente vitalício em 1971. Por quase 30 anos, Banda governou um sistema autoritário rígido que manteve o Malawi livre de conflitos violentos. No exílio, foram formados grupos de oposição como o Movimento de Liberdade do Malawi de Orton Chirwa e a Liga Socialista do Malawi.
A economia do Malawi sob a presidência de Banda foi muitas vezes apresentada como um exemplo de como uma nação pobre, sem litoral, densamente povoada e pobre em minerais pode ter crescimento agrícola e industrial.
Banda construiu um império comercial enquanto estava no poder, utilizando seu controle da nação para gerar um terço do PIB do país e empregar 10% da população assalariada do país. Banda investiu todos os seus ganhos no desenvolvimento do Malawi, que foi simbolizado pela construção da Kamuzu Academy, um prestigioso internato (Eton of Africa). A motivação para dar esta escola ao Malawi foi, nas próprias palavras de Banda, “Não quero que os meus filhos e filhas tenham que fazer o que eu tive que fazer – deixar as suas casas e famílias e viajar para longe do Malawi para obter educação. ”
Em 1993, sob demanda por mais liberdade política, Banda consentiu em um referendo no qual o povo votou a favor de uma democracia multipartidária. Um conselho presidencial foi estabelecido no final de 1993, a presidência vitalícia foi abolida e uma nova constituição foi promulgada, encerrando assim o reinado do MCP. Em 1994, o Malawi teve as suas primeiras eleições multipartidárias e Banda foi derrotado por Bakili Muluzi (ex-secretário-geral do MCP e ex-ministro do Gabinete de Banda). Muluzi foi reeleito presidente em 1999 e serviu até 2004, quando o Dr. Bingu wa Mutharika foi eleito. Embora o clima político seja caracterizado como “difícil”, o sistema multipartidário do Malawi ainda está em vigor em 2009. Em maio de 2009, Malawi realizou suas quartas eleições legislativas e presidenciais multipartidárias, com o Presidente Mutharika reeleito em meio a alegações de fraude eleitoral de seu oponente.
Alguns viram o presidente Mutharika como sendo mais ditatorial e desdenhoso dos direitos humanos, e manifestações eclodiram em julho de 2011 contra o aumento das despesas de vida, a devolução das relações internacionais, a má administração e a escassez de reservas em moeda estrangeira. As manifestações resultaram na morte de 18 pessoas e nos ferimentos de pelo menos mais 44. Mutharika morreu após um ataque cardíaco em abril de 2012, e a ex-vice-presidente Joyce Banda tornou-se a presidência.
Joyce Banda terminou em terceiro lugar nas eleições de 2014 e foi sucedido por Arthur Peter Mutharika, irmão do terceiro presidente eleito do Malawi.