O povo San eram os ocupantes indígenas do que hoje é o Lesoto. Exemplos de sua arte rupestre podem ser vistos nas montanhas da região.
Em 1822, o rei Moshoeshoe I estabeleceu o atual Lesoto, então conhecido como Basutoland, como um único estado. Moshoeshoe, filho de Mokhachane, um chefe menor da linhagem Bakoteli, estabeleceu seu próprio clã e ganhou destaque por volta de 1804. Entre 1821 e 1823, ele e seus seguidores residiram na Montanha Butha-Buthe, juntando-se a antigos inimigos na luta contra os Lifaqane, que foi conectado com o governo de Shaka Zulu de 1818 a 1828.
Após a tomada britânica da Colônia do Cabo dos holandeses aliados da França em 1795, o desenvolvimento subsequente do estado foi baseado em disputas entre colonos britânicos e holandeses que fugiam da Colônia do Cabo e mais tarde se conectaram com a Soberania do Rio Orange e o subsequente Estado Livre de Orange. Entre 1837 e 1855, Moshoeshoe I acolheu missionários da Sociedade Missionária Evangélica de Paris, Thomas Arbousset, Eugène Casalis e Constant Gosselin, em Morija, onde estabeleceram ortografia e trabalhos impressos na língua Sesotho. Casalis, que atuou como tradutor e assessorou em política externa, auxiliou no estabelecimento de canais diplomáticos e na aquisição de armas para uso contra os invasores europeus e o povo Griqua.
A partir de maio-junho de 1838, os trekboers da Colônia do Cabo chegaram aos limites ocidentais de Basutoland e reivindicaram direitos à terra, começando com Jan de Winnaar, que se estabeleceu na região de Matlakeng. À medida que mais Boers se mudaram para a região, eles tentaram colonizar a terra entre os dois rios, mesmo ao norte do Caledon, dizendo que o povo Sotho o havia abandonado. Depois disso, Moshoeshoe assinou um contrato com o governador britânico da Colônia do Cabo, Sir George Thomas Napier, que anexou a soberania do rio Orange, onde muitos bôeres residiam. Em 1848, esses bôeres enfurecidos foram derrotados em um curto conflito. Uma força britânica foi derrotada pelo exército Basotho em Kolonyama em 1851, provocando um conflito humilhante para os britânicos. Depois de repelir outro ataque britânico em 1852, Moshoeshoe fez um apelo ao comandante britânico, que resultou em um acordo diplomático, antes de derrotar o Batlokoa em 1853.
Os britânicos se retiraram da área em 1854 e, em 1858, Moshoeshoe travou uma série de batalhas contra os bôeres na Guerra Estado Livre-Basotho, perdendo grande parte das terras baixas ocidentais. O conflito anterior foi concluído em 1867, quando Moshoeshoe fez uma petição à Rainha Vitória, que consentiu em estabelecer um protetorado britânico em Basutoland em 1868. Em 1869, os britânicos negociaram um contrato com os bôeres em Aliwal North que estabeleceu as fronteiras de Basutoland e, posteriormente, Lesoto, reduzindo essencialmente Reino de Moshoeshoe para metade de seu tamanho anterior, rendendo as províncias ocidentais.
Após a cessão em 1869, os britânicos primeiro transferiram os deveres da capital de Moshoeshoe em Thaba Bosiu para um acampamento policial na fronteira noroeste, Maseru, até que Basutoland foi administrado pela Colônia do Cabo em 1871. Moshoeshoe morreu em 11 de março de 1870, trazendo o tradicional período a um fim e inaugurando a era colonial. Ele foi sepultado em Thaba Bosiu. Entre 1871 e 1884, durante os primeiros anos da administração britânica, Basutoland foi tratado de forma semelhante a outras áreas que haviam sido adquiridas à força, para desgosto do Basotho. Isso resultou na Guerra de Armas de 1881. O status de Basutoland como protetorado foi restaurado em 1884, com Maseru restabelecida como sua capital, embora permanecesse sujeita ao controle direto de um governador, apesar da autoridade interna efetiva ser mantida pelos chefes tradicionais.
Basutoland alcançou a independência da Grã-Bretanha em 1966 e tornou-se o Reino do Lesoto.
O governante Partido Nacional Basotho (BNP) perdeu as primeiras eleições gerais pós-independência em janeiro de 1970, com 23 assentos contra 36 do Partido do Congresso Basutoland. Tona Kholo (Sesotho para “primeiro ministro”) e aprisionando a liderança do BCP.
O BCP lançou uma revolta e, posteriormente, recebeu treinamento na Líbia para o seu Exército de Libertação do Lesoto (LLA), enquanto se apresentava como tropas do Exército de Libertação Popular Azaniano (APLA) do Congresso Pan-Africanista (PAC). O LLA de 178 membros foi salvo de sua base na Tanzânia pela ajuda financeira de um oficial maoísta do PAC em 1978 depois de ter sido privado de armas e suprimentos pela facção Sibeko do PAC, mas eles começaram a campanha de guerrilha com apenas um punhado de armas de fogo desatualizadas . Depois que o exército principal foi destruído no norte do Lesoto, os insurgentes realizaram ataques intermitentes, mas geralmente ineficazes. Quando o chefe do BCP, Ntsu Mokhehle, mudou-se para Pretória, a campanha foi gravemente prejudicada. No início dos anos 1980, a administração de Leabua Jonathan intimidou e agrediu muitos Basotho que simpatizavam com o BCP exilado. A família de Benjamin Masilo foi agredida em setembro de 1981. Edgar Mahlomola Motuba foi sequestrado e morto alguns dias depois.
De 1966 até janeiro de 1970, o BNP governou o país. O que se seguiu foi uma administração de fato liderada pelo Dr. Leabua Jonathan até 1986, quando foi deposto por um golpe militar. KingMoshoeshoe II, que já havia sido um rei cerimonial, recebeu poderes executivos do Conselho Militar de Transição que chegou ao poder. No entanto, o rei foi levado ao exílio em 1987 depois de enviar um memorando de seis páginas descrevendo sua visão para a constituição do Lesoto, que lhe concederia maiores poderes executivos se o governo militar tivesse concordado. Seu filho foi coroado Rei Letsie III.
O major-general Justin Metsing Lekhanya, chefe da junta militar, foi deposto em 1991 e substituído pelo major-general Elias Phisoana Ramaema, que passou o controle para uma administração do BCP democraticamente eleita em 1993. Moshoeshoe II retornou do exílio como cidadão regular em 1992. Após a restauração do regime democrático, o rei Letsie III tentou sem sucesso convencer a administração do BCP a restaurar seu pai (Moshoeshoe II) como chefe de estado.
Depois que a administração do BCP não conseguiu restaurar seu pai, Moshoeshoe II, de acordo com a constituição do Lesoto, Letsie III lançou um golpe apoiado pelos militares que derrubou o governo do BCP em agosto de 1994. A nova administração não foi totalmente reconhecida pela comunidade internacional. Os países membros da Comunidade de Desenvolvimento da África Austral (SADC) estão negociando a restauração do governo do BCP. Um dos requisitos propostos por Letsie III era que seu pai fosse reinstalado como chefe de Estado. Após longas negociações, o governo do BCP foi restabelecido e Letsie III abdicou em favor de seu pai em 1995, mas subiu ao trono novamente quando Moshoeshoe II morreu aos cinquenta e sete anos em um suposto acidente de viação quando seu carro caiu de uma montanha. estrada nas primeiras horas de 15 de janeiro de 1996. Segundo as autoridades, Moshoeshoe partiu à 1 da manhã para ver seu gado em Matsieng e estava voltando para Maseru pelas montanhas Maluti quando seu veículo saiu da estrada.
O BCP governante se separou em 1997 devido a divergências de liderança. O primeiro-ministro Ntsu Mokhehle estabeleceu um novo partido, o Congresso para a Democracia do Lesoto (LCD), e foi apoiado pela maioria dos parlamentares, permitindo-lhe formar uma nova administração. Pakalitha Mosisili assumiu como líder do partido quando Mokhehle morreu, e o LCD ganhou as eleições gerais em 1998. Apesar de as eleições terem sido consideradas livres e justas pelos observadores locais e internacionais, bem como uma comissão especial estabelecida pela SADC, a oposição partidos políticos contestaram os resultados.
Os protestos da oposição na nação cresceram em intensidade, culminando em um comício pacífico do lado de fora do palácio real em agosto de 1998. Os detalhes exatos do que aconteceu em seguida são muito debatidos no Lesoto e na África do Sul. Enquanto os soldados da Força de Defesa do Botswana foram recebidos, as tensões com o pessoal da Força de Defesa Nacional da África do Sul eram altas, culminando em violência. Motins esporádicos tornaram-se mais comuns quando soldados sul-africanos ergueram uma bandeira sul-africana acima do Palácio Real. Quando as tropas da SADC partiram em Maio de 1999, a maior parte da cidade de Maseru estava em ruínas, enquanto as capitais provinciais do sul de Mafeteng e Mohale's Hoek tinham perdido mais de um terço dos seus imóveis comerciais. Vários sul-africanos e Basotho também foram mortos no conflito.
Em dezembro de 1998, foi estabelecida uma Autoridade Política Interina (IPA) com a tarefa de avaliar o sistema eleitoral do país. Para garantir a representação da oposição na Assembleia Nacional, a IPA desenvolveu um sistema eleitoral proporcional. O novo método manteve os atuais 80 membros eleitos da Assembleia, mas acrescentou 40 assentos preenchidos proporcionalmente. Em maio de 2002, as eleições foram realizadas sob esse novo sistema e o LCD venceu novamente, com 54% dos votos. No entanto, pela primeira vez, os partidos políticos da oposição conquistaram um número substancial de assentos, e Lesoto teve sua primeira eleição pacífica, apesar de pequenas anomalias e ameaças de violência do major-general Lekhanya. Todos os 40 assentos proporcionais são agora ocupados por nove partidos da oposição, com o BNP tendo a maior fatia (21). O LCD controla 79 dos 80 assentos eleitorais. Apesar de seus deputados eleitos servirem na Assembleia Nacional, o BNP apresentou inúmeras contestações legais às eleições, incluindo uma recontagem, mas nenhuma foi bem sucedida.
Em 30 de agosto de 2014, ocorreu uma tentativa de golpe militar, fazendo com que o primeiro-ministro em exercício escapasse para a África do Sul por um curto período de tempo.