Voordat golven van Bantu-volkeren in de 10e eeuw vanuit het noorden begonnen te emigreren, had de regio van Afrika die tegenwoordig bekend staat als Malawi een relatief kleine populatie jager-verzamelaars. Hoewel de meerderheid van de Bantu-volkeren naar het zuiden trok, bleven sommigen en vormden etnische groepen op basis van gedeelde voorouders. De stammen vormden het koninkrijk Maravi rond 1500 na Christus, dat zich uitstrekte van het noorden van wat nu Nkhotakota is tot de Zambezi-rivier, en van het Malawi-meer tot de Luangwa-rivier in Zambia.
Lokale stamleden begonnen kort na 1600, toen de regio grotendeels verenigd was onder één inheemse monarch, te ontmoeten, te onderhandelen en allianties aan te gaan met Portugese kooplieden en militair personeel. Tegen 1700 was het rijk echter uiteengevallen in regio's die geregeerd werden door een verscheidenheid aan etnische groepen. In het midden van de 1800e eeuw bereikte de Swahili-Arabische slavenhandel een hoogtepunt, met naar schatting 20,000 individuen die jaarlijks tot slaaf werden gemaakt en vervoerd van Nkhotakota naar Kilwa, waar ze werden verkocht.
In 1859 arriveerde missionaris en ontdekkingsreiziger David Livingstone in Lake Malawi (toen Lake Nyasa) en ontdekte de Shire Highlands ten zuiden van het meer als een haalbare locatie voor Europese kolonisatie. Verschillende anglicaanse en presbyteriaanse missies werden in het gebied opgericht als gevolg van het bezoek van Livingstone in de jaren 1860 en 1870. in 1878 werd in Blantyre een nederzetting gesticht, waar in 1876 een Britse consul zijn intrek nam. Omdat de Portugese regering ook geïnteresseerd was in de regio, stuurde de Britse regering Harry Johnston als Britse consul met het bevel om verdragen te sluiten met lokale autoriteiten buiten de Portugese autoriteiten om de Portugese annexatie te voorkomen.
Het Brits Midden-Afrika Protectoraat werd in 1889 opgericht boven de Shire Highlands en werd in 1891 uitgebreid tot het hele huidige Malawi. Het protectoraat werd in 1907 omgedoopt tot Nyasaland en het bleef die naam voor de rest van het Britse bestuur. Het koloniale bestuur van Nyasaland werd opgericht in 1891 en is een klassiek voorbeeld van wat vaak de 'dunne witte lijn' van de koloniale macht in Afrika wordt genoemd. De beheerders kregen een jaarlijks budget van £ 10,000 (nominale waarde 1891), genoeg om tien Europese burgers, twee militaire commandanten, zeventig Punjab-sikhs en 85 Zanzibar-dragers in dienst te nemen. Van deze weinige personeelsleden werd vervolgens verwacht dat ze een gebied van 94,000 vierkante kilometer met een bevolking van één tot twee miljoen mensen beheren en bewaken.
Het Nyasaland African Congress (NAC) werd in 1944 opgericht door de Afrikanen van Nyasaland om lokale belangen bij de Britse regering te vertegenwoordigen. Om puur politieke redenen sloot Groot-Brittannië zich in 1953 aan bij Nyasaland met Noord- en Zuid-Rhodesië in de Federatie van Rhodesië en Nyasaland, vaak bekend als de Centraal-Afrikaanse Federatie (CAF). Ondanks de semi-onafhankelijkheid van de Federatie leidde de verbinding tot Afrikaanse nationalistische weerstand, en de NAC kreeg publieke steun. Dr. Hastings Banda, een in Europa opgeleide arts die in Ghana praktiseert en die in 1958 werd overgehaald om terug te keren naar Nyasaland om de nationalistische beweging te helpen, was een krachtige tegenstander van het CAF. Voordat hij in 1959 door de koloniale autoriteiten werd gevangengenomen, werd Banda gekozen tot president van de NAC en probeerde hij nationalistisch enthousiasme te mobiliseren. In 1960 werd hij vrijgelaten en uitgenodigd om te helpen bij het opstellen van een nieuwe grondwet voor Nyasaland, die een bepaling bevatte die Afrikanen een meerderheid gaf in de Wetgevende Raad van de kolonie.
Bij de verkiezingen voor de Wetgevende Raad in 1961 won Banda's Malawi Congress Party (MCP) een meerderheid, en hij werd premier in 1963. De Federatie werd in 1963 ontbonden en Nyasaland verklaarde zich op 6 juli 1964 onafhankelijk van de Britse controle en noemde zichzelf Malawi. . Malawi werd een republiek onder een nieuwe grondwet, met Banda als eerste president. Malawi is nu officieel een eenpartijstaat, met de MCP als enige legitieme politieke partij. Banda werd in 1971 tot president voor het leven gekozen. Bijna 30 jaar lang heerste Banda over een streng autoritair systeem dat Malawi vrijhield van gewelddadige conflicten. In ballingschap werden oppositiegroepen zoals Orton Chirwa's Malawi Freedom Movement en de Socialist League of Malawi gevormd.
De economie van Malawi onder Banda's presidentschap werd vaak aangeprezen als een voorbeeld van hoe een arme, niet aan zee grenzende, dichtbevolkte, mineraalarme natie landbouw- en industriële groei zou kunnen bewerkstelligen.
Banda bouwde een commercieel imperium op terwijl hij aan de macht was, waarbij hij zijn controle over de natie gebruikte om een derde van het BBP van het land te genereren en 10% van de loontrekkende bevolking van het land in dienst te nemen. Banda investeerde al zijn verdiensten in de ontwikkeling van Malawi, wat werd gesymboliseerd door de bouw van de Kamuzu Academy, een prestigieuze kostschool (Eton of Africa). De motivatie om deze school aan Malawi te geven was, in Banda's eigen woorden: “Ik wil niet dat mijn zonen en dochters moeten doen wat ik moest doen: hun huis en familie verlaten en wegreizen uit Malawi om een opleiding te volgen. ”
In 1993 stemde Banda, op verzoek van meer politieke vrijheid, in met een referendum waarin het volk voor een meerpartijendemocratie stemde. Eind 1993 werd een presidentiële raad opgericht, het levenslange presidentschap werd afgeschaft en er werd een nieuwe grondwet aangenomen, waarmee het bewind van de MCP werd beëindigd. In 1994 werden in Malawi de eerste meerpartijenverkiezingen gehouden en werd Banda verslagen door Bakili Muluzi (een voormalig secretaris-generaal van de MCP en voormalig minister van het Kabinet van Banda). Muluzi werd in 1999 herkozen tot president en diende tot 2004, toen Dr. Bingu wa Mutharika werd gekozen. Hoewel het politieke klimaat als "moeilijk" wordt gekenmerkt, is het meerpartijenstelsel van Malawi anno 2009 nog steeds van kracht. In mei 2009 hield Malawi zijn vierde meerpartijenwetgevende en presidentsverkiezingen, waarbij president Mutharika werd herkozen na beschuldigingen van verkiezingsfraude van zijn tegenstander.
Sommigen zagen president Mutharika als dictatoriaal en minachtend voor de mensenrechten, en in juli 2011 braken er demonstraties uit tegen stijgende kosten van levensonderhoud, verslechterende internationale betrekkingen, slecht bestuur en een tekort aan deviezenreserves. De demonstraties resulteerden in de dood van 18 personen en de verwondingen van nog eens 44. Mutharika stierf in april 2012 na een hartaanval en voormalig vicepresident Joyce Banda werd president.
Joyce Banda eindigde als derde bij de verkiezingen van 2014 en werd opgevolgd door Arthur Peter Mutharika, de broer van de derde gekozen president van Malawi.