Colombia werd bewoond door veel grote inheemse culturen zoals de Muisca, Tayrona en Quimbaya. Sommige inheemse groepen, zoals de Cariben, leefden in een permanente staat van oorlog, maar anderen hadden een minder oorlogszuchtige houding. De regio die nu Colombia is, werd door de Spanjaarden veroverd door allianties met bepaalde inheemse groepen toen Amerika door de Europeanen werd 'ontdekt'. Het proces van verovering en kolonisatie heeft de sociale structuren van de gebieden radicaal veranderd, de inheemse bevolking is drastisch in omvang afgenomen en haar aandeel in de bevolking is sindsdien afgenomen. Het Spaanse rijk bracht Europese kolonisten en Afrikaanse slaven, terwijl de meerderheid van de bevolking van de kolonie van gemengde Spaanse en inheemse afkomst was. Het Spaanse rijk bracht slaven naar zijn koloniën, voornamelijk door gebruik te maken van het "Asiento"-systeem, waarbij kooplieden uit vele slavenhoudende landen vergunningen verkregen om slaven te vervoeren.
Onafhankelijkheid van Spanje werd in 1819 bereikt als onderdeel van de federatie "Gran Colombia", maar de federatie werd in 1830 opgeheven. Het is een van de vijf landen die door Simón Bolívar zijn bevrijd (de andere zijn Ecuador, Venezuela, Peru en Bolivia). Het succes van onafhankelijkheidsbewegingen in heel Latijns-Amerika werd geholpen door de Napoleontische oorlogen, waardoor twee rivaliserende regeringen op het vasteland van Spanje achterbleven. De Republiek Nieuw-Granada werd gevormd uit wat nu Colombia en Panama is. De nieuwe natie experimenteerde met federalisme in de vorm van de Confederatie van Granada (1858), daarna de Verenigde Staten van Colombia (1863) voordat ze in 1886 de Republiek Colombia uitriepen. De bedoelingen van de Verenigde Staten van Amerika om het Panamakanaal te controleren leidden naar Panama dat in 1903 een aparte natie werd.
Colombia was de eerste constitutionele regering in Zuid-Amerika. In 1851 werd de slavernij in het land afgeschaft. De jaren na de onafhankelijkheid werden gekenmerkt door verschillende burgeroorlogen. De erfenis van deze conflicten, gecombineerd met de staatsrepressie van linkse milities op het platteland en de polarisatie van de wereld veroorzaakt door de Koude Oorlog, leidden in 1964 tot een communistische opstandcampagne van de FARC en ELN om de Colombiaanse regering omver te werpen. conflict werd gekenmerkt door gewelddadige gevechten tussen communistische guerrillastrijders, de Colombiaanse staat en het leger, rechtse paramilitairen en verschillende drugskartels. In de jaren sinds 2005 is de veiligheid in het hele land verbeterd. Een moeizaam vredesproces leidde tot de ontbinding van de AUC (rechtse paramilitairen) als officiële organisatie, en in 2012 begonnen de regering en de FARC vredesbesprekingen om voor eens en altijd een einde te maken aan de 50-jarige burgeroorlog. Colombia zit in de lift en de economie verbetert snel. Het beëindigen van het conflict, ongelijkheid in rijkdom en natievorming zijn enkele van de problemen waarmee het land wordt geconfronteerd. In oktober 2016 ontving president Santos de Nobelprijs voor de Vrede voor zijn inspanningen om een einde te maken aan de burgeroorlog van vijf decennia in het land.