De economie van Havana is divers, met oude sectoren, waaronder productie, bouw, transport en communicatie, naast nieuwe of gerevitaliseerde sectoren zoals biotechnologie en toerisme.
De economie van de stad groeide aanvankelijk vanwege zijn positie, waardoor het een van de eerste grote handelscentra in de Nieuwe Wereld was. Suiker en een bloeiende slavenhandel zorgden aanvankelijk voor rijkdom aan de stad, en na de vrijheid werd het een bekende toeristische bestemming. Ondanks pogingen van de regering van Fidel Castro om de industriële activiteit op het eiland uit te breiden, blijft Havana het centrum van de meeste industrie van het land.
De historische suikerindustrie, die al drie eeuwen de basis vormt van de economie van het eiland, is elders op het eiland gecentreerd en controleert ongeveer driekwart van de exportsector. Havana heeft echter een concentratie van lichte industriële faciliteiten, vleesverwerkende fabrieken en chemische en farmaceutische bedrijven. Andere voedselverwerkende sectoren zijn belangrijk, evenals de scheepsbouw, de automobielindustrie, de productie van alcoholische dranken (vooral rum), textiel en tabaksproducten, waaronder de wereldberoemde Habanos-sigaren.
Hoewel de revolutionaire regering vooral de havens van Cienfuegos en Matanzas heeft verbeterd, blijft Havana Cuba's belangrijkste havenfaciliteit; 50 procent van de Cubaanse import en export gaat via Havana. De haven bedient ook een omvangrijke visserijsector.
Bijna 89 procent van de officieel geregistreerde beroepsbevolking van de stad werkte in 2000 voor overheidsorganisaties, instellingen of bedrijven. Gemiddeld heeft Havana de hoogste inkomens- en menselijke ontwikkelingsindexen van het land. Na de val van de Sovjet-Unie legde Cuba opnieuw de nadruk op toerisme als een belangrijk bedrijf, wat het land hielp herstellen. Toerisme is momenteel de belangrijkste bron van inkomsten van Havana en Cuba.
Ondanks Raul Castro's omarming van het vrije ondernemerschap in 2011, is de economie van Havana nog steeds in rep en roer. Hoewel er in 2011 een toename was van het aantal kleine ondernemingen, zijn er vervolgens vele failliet gegaan vanwege een gebrek aan zaken en geld van de lokale bevolking, wier maandelijkse inkomsten gemiddeld $ 20 zijn.
Vedado, gelegen langs de Atlantische kust, werd eind jaren negentig de belangrijkste zakenwijk. Het werd grotendeels gebouwd tussen 1990 en 1930, toen Havana een populaire vakantiebestemming werd voor Amerikanen; hoogbouwhotels, casino's, restaurants en chique zakelijke faciliteiten, waarvan vele het art deco-ontwerp weerspiegelden.
Vedado is nu het financiële centrum van Havana, met de grootste banken, kantoren van luchtvaartmaatschappijen, winkels, de meeste hoofdkantoren van bedrijven en een hele reeks hoogbouwwoningen en hotels. Vedado is de thuisbasis van de Universiteit van Havana.