Panama ligt in Midden-Amerika en grenst aan zowel de Caribische Zee als de Stille Oceaan, tussen Colombia en Costa Rica. Het ligt voornamelijk tussen de breedtegraden 7° en 10°N en lengtegraden 77° en 83°W (een klein gebied ligt ten westen van 83°).
De ligging op de landengte van Panama is strategisch. In 2000 controleerde Panama het Panamakanaal, dat de Atlantische Oceaan en de Caribische Zee met de noordelijke Stille Oceaan verbindt. De totale oppervlakte van Panama is 74,177.3 km2.
Het dominante kenmerk van Panama's geografie is de centrale ruggengraat van bergen en heuvels die de continentale kloof vormen. Dit stroomgebied is niet een van de belangrijkste bergketens van Noord-Amerika, en alleen in de buurt van de Colombiaanse grens zijn er plateaus die verband houden met het Andes-systeem van Zuid-Amerika. De ruggengraat die de waterscheiding vormt, is de sterk geërodeerde boog van een zeebodemverhoging, waar de toppen werden gevormd door vulkanische inbraken.
De bergketen van de continentale kloof heet de Cordillera de Talamanca en ligt dicht bij de grens met Costa Rica. Verder naar het oosten wordt het de Serranía de Tabasará, en het deel dat het dichtst bij het lagere zadel van de landengte ligt, waar het Panamakanaal zich bevindt, wordt vaak de Sierra de Veraguas genoemd. Als geheel wordt de bergketen tussen Costa Rica en het kanaal door geografen gewoonlijk de Cordillera Central genoemd.
Het hoogste punt van het land is Volcán Barú, met een hoogte van 3,475 meter. Bijna ondoordringbare jungle vormt de Darién Fault tussen Panama en Colombia, waar Colombiaanse guerrilla's en drugshandelaren opereren met gijzelingen. Dit fenomeen en de bewegingen om het bos te beschermen creëren een gat in de Pan-American Highway, die ook een complete route vormt van Alaska naar Patagonië.
De fauna van Panama is de meest diverse van alle Midden-Amerikaanse landen. Er zijn veel Zuid-Amerikaanse soorten, evenals Noord-Amerikaanse soorten.
Waterwegen
Bijna 500 rivieren doorkruisen het ruige landschap van Panama. De meeste zijn niet bevaarbaar, stijgen op in de hooglanden, kronkelen door valleien en vormen kustdelta's. Echter, de Río Chagres (Chagres-rivier) in het centrum van Panama is een van de weinige brede rivieren en een grote bron van waterkracht. Het centrale deel van de rivier wordt afgedamd door de Gatun-dam en vormt het Gatun-meer, een kunstmatig meer dat deel uitmaakt van het Panamakanaal. Het meer is tussen 1907 en 1913 ontstaan door de bouw van de Gatun-dam op de Río Chagres. Ten tijde van zijn ontstaan was het Gatunmeer het grootste kunstmatige meer ter wereld en de dam de grootste aarden dam. De rivier mondt in noordwestelijke richting uit in de Caribische Zee. De meren Kampia en Madden (ook gevuld door de Río Chagres) voorzien het gebied van de voormalige kanaalzone van waterkracht.
De Río Chepo, een andere bron van waterkracht, is een van de meer dan 300 rivieren die uitmonden in de Stille Oceaan. Deze rivieren die uitkijken op de Stille Oceaan zijn langer en langzamer dan de rivieren aan de Caribische kant. Hun bassins zijn ook groter. Een van de langste is de Río Tuira, die uitmondt in de Golfo de San Miguel en de enige rivier in het land is die bevaarbaar is met grote schepen.
poorten
De Caribische kust wordt gekenmerkt door een aantal goede natuurlijke havens. Cristóbal, aan het Caribische uiteinde van het kanaal, had eind jaren tachtig echter de enige belangrijke havenfaciliteiten. De talrijke eilanden van de Archipiélago de Bocas del Toro, dicht bij de stranden van Costa Rica, vormen een grote natuurlijke haven en beschermen de bananenhaven van Almirante. De meer dan 1980 San Blas-eilanden bij Colombia strekken zich uit over meer dan 350 kilometer (160 mijl) langs de beschermde Caribische kust.
Momenteel staan de terminalhavens aan beide uiteinden van het Panamakanaal, de haven van Cristobal en de haven van Balboa, respectievelijk op de tweede en derde plaats in Latijns-Amerika wat betreft het aantal behandelde containereenheden (TEU's). De haven van Balboa beslaat 182 hectare en omvat vier containerligplaatsen en twee multifunctionele ligplaatsen. In totaal zijn de ligplaatsen ruim 2,400 meter lang en 15 meter diep. De haven van Balboa heeft 18 super post-Panamax- en Panamax-dokkranen en 44 portaalkranen. De haven van Balboa heeft ook 2,100 vierkante meter (23,000 vierkante voet) opslagruimte.
De havens van Cristobal (waaronder de containerterminals van Panama Ports Cristobal, Manzanillo International Terminal en Colon Container Terminal) behandelden in 2,210,720 2009 TEU, de tweede in Latijns-Amerika na de haven van Santos in Brazilië.
Uitstekende diepwaterhavens die grote VLCC's (Very Large Crude Oil Carriers) aankunnen, bevinden zich in Charco Azul, Chiriquí (Pacific) en Chiriquí Grande, Bocas del Toro (Atlantische Oceaan), nabij de westelijke grens van Panama met Costa Rica. De Trans-Panama-pijpleiding, die de landengte over een lengte van 131 kilometer (81 mijl) doorkruist, is sinds 1979 in bedrijf tussen Charco Azul en Chiriquí Grande.