De Maltese grondwet verkondigt dat het katholicisme de officiële religie is, ondanks de gevestigde bescherming van religieuze vrijheid.
Het rooms-katholicisme is de meest beoefende religie op Malta. De Maltese grondwet definieert het katholicisme als de officiële religie, die ook in veel aspecten van de Maltese cultuur vertegenwoordigd is.
In Malta, Gozo en Comino zijn er ongeveer 360 kerken, of één op elke 1,000 inwoners. De parochiekerk (Maltese: "il-parroa" of "il-knisja parrokkjali") is het architecturale en geografische centrum van elke Maltese stad en gehucht, evenals de bron van burgerlijke trots. Deze gemeentelijke trots is te zien op de plaatselijke dorpsfeesten, die de patroonheilige van elke parochie vieren met fanfares, religieuze processies, speciale missen, vuurwerk (met name petards) en andere festiviteiten.
Malta is een Apostolische Stoel; de Handelingen van de Apostelen spreekt over St. Paul die schipbreuk lijdt op het eiland "Melite", dat door veel bijbelgeleerden wordt aangeduid als Malta, op zijn reis van Jeruzalem naar Rome om terecht te staan, een gebeurtenis die plaatsvond rond het jaar 60. St. Paul bracht drie maanden op het eiland door op zijn reis naar Rome, zoals verteld in de Handelingen van de Apostelen, waar hij de zieken genas, waaronder de vader van Publius, de 'hoofdman van het eiland'. Dit verhaal is gekoppeld aan een aantal verschillende tradities. Het schipbreuk wordt verondersteld te zijn gebeurd in wat nu bekend staat als St Paul's Bay. Van Sint Publius, een Maltese heilige, wordt gezegd dat hij de eerste bisschop van Malta is geworden, en een grot in Rabat, nu bekend als "St Paul's Grotto" (en in de buurt waarvan bewijzen zijn gevonden voor christelijke begrafenissen en rituelen uit de 3e eeuw na Christus ontdekt), is een van de vroegst bekende plaatsen van christelijke eredienst op het eiland.
Catacomben op verschillende locaties in Malta, met name de Sint-Pauluscatacomben en de Sint-Agatha-catacomben bij Rabat, net buiten de muren van Mdina, leveren verder bewijs van christelijke activiteiten en overtuigingen tijdens de tijd van de Romeinse vervolging. De laatste waren vooral goed beschilderd tussen 1200 en 1480, maar binnenvallende Turken beschadigden een aantal van hen in de jaren 1550. Er zijn ook een aantal grotkerken, zoals de grot van Melliea, een heiligdom van de Geboorte van Onze-Lieve-Vrouw en volgens de overlevering schilderde St. Luke daar een portret van de Madonna. Het is al sinds de middeleeuwen een bedevaartsoord.
Volgens de Handelingen van het Concilie van Chalcedon was een zekere Acacius bisschop van Malta in 451 n.Chr. (Melitenus Episcopus). Het is ook bekend dat een zekere Constantinus, Episcopus Melitenensis, in 501 n.Chr. het Vijfde Oecumenische Concilie bijwoonde. Paus Gregorius I ontsloeg Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, in 588 na Christus, en de geestelijkheid en het volk van Malta kozen Trajanus als zijn opvolger in 599 na Christus. Vóór de verovering van de eilanden was de laatste gedocumenteerde bisschop van Malta een Griek genaamd Manas, die daarna in Palermo werd opgesloten.
Volgens de Maltese historicus Giovanni Francesco Abela behielden de Maltezen hun christelijk geloof ondanks de invasie van de Fatimiden na hun bekering tot het christendom door toedoen van St. Paul. Malta wordt in Abela's werken beschreven als een door God aangewezen 'bolwerk van de christelijke, Europese cultuur tegen de uitbreiding van de mediterrane islam'. In de 12e en 13e eeuw versterkte immigratie naar Malta vanuit Italië de lokale christelijke bevolking die Roger I van Sicilië verwelkomde.
Eeuwenlang was de kerk in Malta onderworpen aan het bisdom van Palermo, behalve toen het onder Karel van Anjou was, die bisschoppen voor Malta koos, net als de Spanjaarden en vervolgens de ridders in zeldzame gevallen. Sinds 1808 hebben alle Maltese bisschoppen gediend. Malta werd het toegewijde katholieke land dat het nu is als gevolg van de Normandische en Spaanse tijdperken, evenals het gezag van de ridders. Het is vermeldenswaard dat het Bureau van de Inquisiteur van Malta een langdurig verblijf op het eiland had na de oprichting in 1530: de laatste Inquisiteur verliet de eilanden in 1798, toen de ridders zich overgaven aan de troepen van Napoleon Bonaparte. Verschillende Maltese families verhuisden naar Corfu onder de Republiek Venetië. Hun nakomelingen vormen ongeveer tweederde van de 4,000 katholieken die momenteel op het eiland wonen.
De patroonheiligen van Malta zijn Saint Paul, Saint Publius en Saint Agatha. Hoewel hij geen patroonheilige is, wordt St. George Preca (San of Preca) hoog aangeschreven als de tweede Maltese heilige die heilig is verklaard na St. Publius Malta, de eerste erkende heilige van Malta (heiligdom in het jaar 1634). Op 3 juni 2007 heeft paus Benedictus XVI hem heilig verklaard. Bovendien is een aantal Maltezen zalig verklaard, met name Maria Adeodata Pisani en Nazju Falzon, die in 2001 door paus Johannes Paulus II werden zalig verklaard.
Malta is de thuisbasis van een aantal rooms-katholieke religieuze ordes, waaronder de jezuïeten, franciscanen, dominicanen en kleine zusters van de armen.
De meerderheid van de gemeenten van de plaatselijke protestantse kerken zijn niet Maltees; hun congregaties zijn afkomstig van de vele Britse gepensioneerden die op het eiland wonen, evenals toeristen uit vele andere landen. Er zijn ongeveer 600 Jehovah's Getuigen in het gebied. Elk van de kerken van Jezus Christus van de Heiligen der Laatste Dagen (LDS Church), de Bible Baptist Church en de Fellowship of Evangelical Churches heeft ongeveer 60 filialen. Andere confessionele kerken zijn de St. Andrew's Scots Church in Valletta (een gemengde presbyteriaanse en methodistische gemeente) en de St Paul's Anglicaanse kathedraal, evenals een kerk van de Zevende-dags Adventisten in Birkirkara. In 1983 werd in Gwardamangia een gemeente van de Nieuw-Apostolische Kerk opgericht.
De Joodse bevolking van Malta bereikte in de middeleeuwen een hoogtepunt onder Normandische controle. Malta en Sicilië werden in 1479 door de Aragonezen geannexeerd en het Alhambra-decreet van 1492 dwong alle Joden om het land te ontvluchten, waardoor ze slechts een paar dingen mee mochten nemen. Mogelijk hebben enkele honderden Maltese joden zich tot het christendom bekeerd om in die tijd in het land te blijven. Er is nu nog maar één joodse gemeente.
Zenboeddhisme en het Bahá'-geloof hebben beide ongeveer 40 aanhangers.
De Mariam Al-Batool-moskee is de enige moslimmoskee in de stad. Er is net een islamitische basisschool opgericht. Van de naar schatting 3,000 moslims in Malta zijn er ongeveer 2,250 immigranten, 600 zijn genaturaliseerde burgers en 150 zijn van geboorte Maltees.