De volgende 30 jaar werden gekenmerkt door politieke onrust. In een gewapende staatsgreep op 3 augustus 1975 werd president Ahmed Abdallah afgezet en vervangen door prins Said Mohamed Jaffar, lid van het United National Front of the Comoren (FNUK). In januari 1976 werd Jaffar afgezet ten gunste van Ali Soilih, zijn minister van Defensie.
In twee referenda die destijds werden gehouden, beslisten de inwoners van Mayotte tegen onafhankelijkheid van Frankrijk. De eerste ontving op 22 december 1974 63.8 procent steun voor het onderhouden van de betrekkingen met Frankrijk, en de tweede ontving in februari 1976 maar liefst 99.4 procent. President Soilih, die de drie overgebleven eilanden regeerde, voerde een verscheidenheid aan socialistische en isolationistische maatregelen uit die de banden met Frankrijk onder druk zetten. Bob Denard keerde op 13 mei 1978 terug, met de steun van de Franse, Rhodesische en Zuid-Afrikaanse regeringen, om president Soilih af te zetten en Abdallah te herstellen. Tijdens de korte regeerperiode van Soilih werd hij onderworpen aan nog zeven pogingen tot staatsgreep voordat hij werd afgezet en vermoord.
Het presidentschap van Abdallah, in tegenstelling tot dat van Soilih, werd gekenmerkt door autoritaire controle en grotere toewijding aan de traditionele islam, en de natie werd omgedoopt tot de Federale Islamitische Republiek van de Comoren (République Fédérale Islamique des Comores; ). Uit angst voor een staatsgreep bleef Abdallah president tot 1989, toen hij een proclamatie uitvaardigde die de presidentiële garde, onder bevel van Bob Denard, beval de strijdkrachten te ontwapenen. Abdallah werd naar verluidt in zijn kantoor doodgeschoten door een boze militaire officier kort nadat het decreet was ondertekend, maar latere rapporten zeggen dat een antitankraket op zijn slaapkamer werd afgevuurd en hem doodde. Ondanks het feit dat Denard gewond was geraakt, wordt aangenomen dat de moordenaar van Abdallah een soldaat onder zijn bevel was.
Een paar dagen later werd Bob Denard door Franse parachutisten overgevlogen naar Zuid-Afrika. De president was vervolgens Said Mohamed Djohar, de oudere halfbroer van Soilih, die regeerde tot september 1995, toen Bob Denard terugkeerde en een nieuwe staatsgreep probeerde. Denard werd gedwongen zich over te geven toen Frankrijk tussenbeide kwam met parachutisten. Djohar werd door de Fransen naar Réunion gedeporteerd en Mohamed Taki Abdoulkarim, die werd gesteund door Parijs, werd tot president gekozen. Hij was de leider van het land van 1996 tot aan zijn dood in november 1998, in een periode die werd gekenmerkt door arbeidsonrust, repressie door de regering en separatistische oorlogen. Interim-president Tadjidine Ben Said Massounde nam het stokje over als zijn opvolger.
In een poging om de Franse soevereiniteit terug te winnen, riepen de eilanden Anjouan en Mohéli in 1997 de onafhankelijkheid van de Comoren uit. Frankrijk keerde zich echter tegen hun verzoek, wat resulteerde in gewelddadige botsingen tussen federale troepen en opstandelingen. Kolonel Azali Assoumani, de stafchef van het leger, heeft interim-president Massounde in april 1999 in een bloedeloze staatsgreep omvergeworpen en beweerde slecht leiderschap te hebben gehad in het licht van de crisis. Sinds de onafhankelijkheid in 1975 hebben de Comoren 18 staatsgrepen of pogingen tot staatsgreep meegemaakt.
Het falen van Azali om het gezag te consolideren en de controle over de eilanden te herstellen, leidde tot wereldwijde veroordeling. De Afrikaanse Unie, geleid door de Zuid-Afrikaanse president Thabo Mbeki, heeft Anjouan sancties opgelegd om te helpen bij het bemiddelings- en verzoeningsproces. De formele naam van het land werd veranderd in de Unie van de Comoren en er werd een nieuw systeem van politieke autonomie voor elk eiland ingesteld, evenals een vakbondsbestuur voor de drie eilanden.
Azali stond opzij in 2002 om te strijden voor het presidentschap van de Comoren in een democratische verkiezing, die hij won. Als een militaire dictator die eerst met geweld aan de macht was gekomen en niet altijd democratisch was tijdens zijn regering, leidde Azali de Comoren door grondwetsherzieningen die nieuwe verkiezingen mogelijk maakten, ondanks aanhoudende internationale kritiek. Begin 2005 werd een Wet op de bevoegdheden vastgesteld, die de taken van elke overheidsinstantie specificeert en die nu wordt uitgevoerd. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, een soennitische moslimgeestelijke die "Ayatollah" wordt genoemd vanwege zijn jarenlange studie van de islam in Iran, won de verkiezingen van 2006. Azali accepteerde de verkiezingsresultaten en maakte de eerste vreedzame en democratische machtsoverdracht van de archipel mogelijk.
Kolonel Mohammed Bacar, een voormalige rijkswachter opgeleid in Frankrijk, nam in 2001 de macht over in Anjouan. In juni 2007 hield hij een referendum om zijn leiderschap te bevestigen, dat door de federale regering van de Comoren en de Afrikaanse Unie beide als ongrondwettelijk werd veroordeeld. Honderden troepen van de Afrikaanse Unie en de Comoren vielen op 25 maart 2008 het door de rebellen bezette Anjouan binnen, tot grote vreugde van de lokale bevolking: honderden, zo niet duizenden mensen werden gemarteld onder het bewind van Bacar. Sommige rebellen werden gedood of gewond, maar officiële cijfers zijn niet beschikbaar. Bij de aanval raakten zeker 11 mensen gewond. Een aantal ambtenaren is in hechtenis genomen. Bacar ontsnapte naar Mayotte, een Franse enclave in de Indische Oceaan, op een speedboot om toevlucht te zoeken. In de Comoren braken anti-Franse demonstraties uit.
Sinds de onafhankelijkheid van Frankrijk hebben op de Comoren meer dan 20 staatsgrepen of pogingen tot staatsgreep plaatsgevonden.
Op 26 mei 2011 werd voormalig vice-president Ikililou Dhoinine beëdigd als president na verkiezingen eind 2010. Dhoinine, een lid van de regeringspartij, werd bij de verkiezing gesteund door president Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, apotheker van beroep, is de eerste president van de Comoren, afkomstig van het eiland Mohéli.