Het San-volk was de inheemse bewoners van wat nu Lesotho is. Voorbeelden van hun rotstekeningen zijn te zien in de bergen van het gebied.
In 1822 stichtte koning Moshoeshoe I het huidige Lesotho, toen bekend als Basutoland, als één staat. Moshoeshoe, de zoon van Mokhachane, een klein opperhoofd uit de Bakoteli-lijn, richtte zijn eigen clan op en kreeg bekendheid rond 1804. Tussen 1821 en 1823 woonden hij en zijn volgelingen op de Butha-Buthe-berg, waar ze samen met oude vijanden vochten tegen de Lifaqane, die verband hield met het bewind van Shaka Zulu van 1818 tot 1828.
Na de Britse overname van de Kaapkolonie van de Frans-geallieerde Nederlanders in 1795, was de daaropvolgende ontwikkeling van de staat gebaseerd op geschillen tussen Britse en Nederlandse kolonisten die de Kaapkolonie ontvluchtten en later verbonden waren met de Oranjeriviersoevereiniteit en de daaropvolgende Oranje Vrijstaat. Tussen 1837 en 1855 verwelkomde Moshoeshoe I missionarissen van de Paris Evangelical Missionary Society, Thomas Arbousset, Eugène Casalis en Constant Gosselin, in Morija, waar ze spelling en gedrukte werken in de Sesotho-taal ontwikkelden. Casalis, die als vertaler werkte en adviseur buitenlands beleid gaf, hielp bij het opzetten van diplomatieke kanalen en het verwerven van wapens voor gebruik tegen de binnenvallende Europeanen en het Griqua-volk.
Vanaf mei-juni 1838 arriveerden trekboeren uit de Kaapkolonie aan de westelijke grens van Basutoland en claimden landrechten, te beginnen met Jan de Winnaar, die zich in de regio Matlakeng vestigde. Toen meer Boeren de regio binnentrokken, probeerden ze het land tussen de twee rivieren te koloniseren, zelfs ten noorden van de Caledon, waarbij ze zeiden dat het Sotho-volk het had verlaten. Daarna tekende Moshoeshoe een contract met de Britse gouverneur van de Kaapkolonie, Sir George Thomas Napier, die de Oranjeriviersoevereiniteit annexeerde, waar veel Boeren hadden gewoond. In 1848 werden deze woedende Boeren verslagen in een kort conflict. Een Britse troepenmacht werd in 1851 bij Kolonyama verslagen door het Basotho-leger, wat een vernederend conflict voor de Britten veroorzaakte. Na het afslaan van een nieuwe Britse aanval in 1852, deed Moshoeshoe een beroep op de Britse commandant, wat resulteerde in een diplomatieke regeling, voordat hij de Batlokoa versloeg in 1853.
De Britten trokken zich in 1854 terug uit het gebied en in 1858 voerde Moshoeshoe een reeks veldslagen tegen de Boeren in de Vrijstaat-Basotho-oorlog, waarbij een groot deel van de westelijke laaglanden verloren ging. Het vorige conflict eindigde in 1867 toen Moshoeshoe een verzoekschrift indiende bij koningin Victoria, die ermee instemde om Basutoland in 1868 tot Brits protectoraat te stichten. Moshoeshoe's koninkrijk halveren door de westelijke provincies over te geven.
Na de cessie in 1869 verplaatsten de Britten eerst hun taken van de hoofdstad van Moshoeshoe in Thaba Bosiu naar een politiekamp aan de noordwestelijke grens, Maseru, totdat Basutoland in 1871 werd bestuurd door de Kaapkolonie. Moshoeshoe stierf op 11 maart 1870 en bracht de traditionele periode ten einde en luidde het koloniale tijdperk in. Hij werd te ruste gelegd in Thaba Bosiu. Tussen 1871 en 1884, tijdens de eerste jaren van de Britse regering, werd Basutoland op dezelfde manier behandeld als andere gebieden die met geweld waren verworven, tot groot ongenoegen van de Basotho. Dit resulteerde in de 1881 Gun War. De status van Basutoland als protectoraat werd hersteld in 1884, met Maseru opnieuw gevestigd als hoofdstad, hoewel het onderworpen bleef aan directe controle door een gouverneur, ondanks het effectieve interne gezag van traditionele leiders.
Basutoland werd in 1966 onafhankelijk van Groot-Brittannië en werd het koninkrijk Lesotho.
De regerende Basotho National Party (BNP) verloor de eerste algemene verkiezingen na de onafhankelijkheid in januari 1970, met 23 zetels tegen de 36 van de Basutoland Congress Party. Premier Leabua Jonathan weigerde de macht over te dragen aan de Basotho Congress Party (BCP), en verklaarde dat hij Tona Kholo (Sesotho voor "premier") en het gevangenzetten van de BCP-leiding.
De BCP lanceerde een opstand en ontving vervolgens training in Libië voor zijn Lesotho Liberation Army (LLA) terwijl ze zich voordeed als Azanian People's Liberation Army (APLA) troepen van het Pan Africanist Congress (PAC). De 178 man sterke LLA werd in 1978 gered van hun Tanzaniaanse basis door de financiële hulp van een maoïstische PAC-functionaris nadat ze door de Sibeko-factie van de PAC beroofd waren van wapens en voorraden, maar ze begonnen de guerrillacampagne met slechts een handvol verouderde vuurwapens . Nadat het hoofdleger in het noorden van Lesotho was vernietigd, voerden opstandelingen intermitterende maar over het algemeen ineffectieve aanvallen uit. Toen het hoofd van de BCP, Ntsu Mokhehle, naar Pretoria verhuisde, werd de campagne ernstig geschaad. In het begin van de jaren tachtig intimideerde en viel de regering van Leabua Jonathan veel Basotho aan die sympathiseerden met de verbannen BCP. De familie van Benjamin Masilo werd in september 1980 aangevallen. Edgar Mahlomola Motuba werd een paar dagen later ontvoerd en vermoord.
Van 1966 tot januari 1970 regeerde de BNP het land. Wat volgde was een feitelijke regering onder leiding van Dr. Leabua Jonathan tot 1986, toen het werd afgezet door een militaire staatsgreep. KingMoshoeshoe II, die eerder een ceremoniële koning was geweest, kreeg uitvoerende bevoegdheden van de Militaire Overgangsraad die aan de macht kwam. De koning werd echter in 1987 in ballingschap gedreven nadat hij een memorandum van zes pagina's had ingediend waarin hij zijn visie op de grondwet van Lesotho uiteenzette, die hem meer uitvoerende bevoegdheden zou hebben gegeven als de militaire regering had ingestemd. Zijn zoon werd gekroond tot koning Letsie III.
Generaal-majoor Justin Metsing Lekhanya, het hoofd van de militaire junta, werd in 1991 afgezet en vervangen door generaal-majoor Elias Phisoana Ramaema, die in 1993 de controle overdroeg aan een democratisch gekozen BCP-regering. Moshoeshoe II keerde in 1992 als gewone burger terug uit ballingschap Na het herstel van de democratische heerschappij, probeerde koning Letsie III tevergeefs de BCP-administratie te overtuigen om zijn vader (Moshoeshoe II) als staatshoofd te herstellen.
Nadat de BCP-regering er niet in was geslaagd zijn vader, Moshoeshoe II, te herstellen, volgens de grondwet van Lesotho, lanceerde Letsie III in augustus 1994 een door het leger gesteunde staatsgreep die de BCP-regering ten val bracht. De nieuwe regering werd niet volledig erkend door de internationale gemeenschap. Lidstaten van de Southern African Development Community (SADC) onderhandelen over het herstel van de BCP-regering. Een van de eisen die Letsie III voorstelde, was dat zijn vader opnieuw als staatshoofd zou worden geïnstalleerd. Na langdurige onderhandelingen werd de BCP-regering hersteld en deed Letsie III in 1995 afstand van de troon ten gunste van zijn vader, maar besteeg de troon opnieuw toen Moshoeshoe II op 15-jarige leeftijd stierf bij een vermeend verkeersongeval toen zijn auto van een berg stortte weg in de vroege uren van 1996 januari 1. Volgens de autoriteiten vertrok Moshoeshoe om 2016 uur 's nachts om zijn vee te zien in Matsieng en keerde hij terug naar Maseru door het Maluti-gebergte toen zijn voertuig van de weg raakte.
De regerende BCP splitste zich in 1997 vanwege meningsverschillen over de leiding. Premier Ntsu Mokhehle richtte een nieuwe partij op, het Lesotho Congress for Democracy (LCD), en werd gesteund door een meerderheid van parlementariërs, waardoor hij een nieuwe regering kon vormen. Pakalitha Mosisili werd partijleider toen Mokhehle stierf, en de LCD won de algemene verkiezingen in 1998. Ondanks het feit dat de verkiezingen door lokale en internationale waarnemers als vrij en eerlijk werden beschouwd, evenals door een speciale commissie ingesteld door de SADC, heeft de oppositie politieke partijen betwistten de resultaten.
De protesten van de oppositie in het land namen toe in hevigheid en culmineerden in een vreedzame bijeenkomst buiten het koninklijk paleis in augustus 1998. Exacte details van wat er daarna gebeurde, wordt fel bediscussieerd in zowel Lesotho als Zuid-Afrika. Terwijl soldaten van de Botswana Defense Force werden verwelkomd, waren de spanningen met het personeel van de South African National Defence Force hoog, met als hoogtepunt geweld. Sporadische rellen kwamen vaker voor toen Zuid-Afrikaanse soldaten een Zuid-Afrikaanse vlag boven het Koninklijk Paleis hieven. Tegen de tijd dat de SADC-troepen in mei 1999 vertrokken, lag het grootste deel van Maseru's stad in puin, terwijl de zuidelijke provinciehoofdsteden Mafeteng en Mohale's Hoek meer dan een derde van hun commercieel vastgoed hadden verloren. Verschillende Zuid-Afrikanen en Basotho werden ook gedood in het conflict.
In december 1998 werd een Interim Political Authority (IPA) opgericht met als taak het verkiezingssysteem van het land te evalueren. Om te garanderen dat de oppositie vertegenwoordigd was in de Nationale Assemblee, ontwikkelde de IPA een proportioneel kiessysteem. De nieuwe methode behield de huidige 80 gekozen leden van de Vergadering, maar voegde 40 proportioneel gevulde zetels toe. In mei 2002 werden onder dit nieuwe systeem verkiezingen gehouden en de LCD won opnieuw met 54 procent van de stemmen. Voor het eerst wonnen politieke oppositiepartijen echter een aanzienlijk aantal zetels, en Lesotho had zijn eerste vreedzame verkiezingen, ondanks kleine anomalieën en dreigementen met geweld van generaal-majoor Lekhanya. Alle 40 proportionele zetels zijn nu in handen van negen oppositiepartijen, waarbij de BNP het grootste aandeel heeft (21). Het LCD-scherm bestuurt 79 van de 80 kiesdistrictszetels. Ondanks het feit dat de gekozen parlementsleden zitting hebben in de Nationale Assemblee, heeft de BNP tal van juridische bezwaren ingediend tegen de verkiezingen, waaronder een hertelling, maar geen daarvan was succesvol.
Op 30 augustus 2014 vond een poging tot militaire staatsgreep plaats, waardoor de zittende premier voor korte tijd naar Zuid-Afrika vluchtte.
