Als gevolg van politieke instabiliteit en tekortkomingen in de omgang met zijn koloniën, met name Indochina en Algerije, viel de Franse Vierde Republiek in 1958. Het Franse volk steunde de oprichting van een Vijfde Republiek en de Franse president Charles de Gaulle maakte dit op 8 augustus 1958 duidelijk. , dat de Franse koloniën zouden moeten kiezen tussen grotere autonomie in een nieuwe Franse Gemeenschap of onmiddellijke onafhankelijkheid in een stemming op 28 september 1958. De andere koloniën kozen de eerste, maar Guinee stemde resoluut voor onafhankelijkheid, onder leiding van Ahmed Sékou Touré, wiens Democratische De Partij van Guinee (PDG) had 56 van de 60 zetels gewonnen bij de territoriale verkiezingen in 1957. De Fransen vertrokken al snel en Guinee riep zichzelf op 2 oktober 1958 uit tot een soevereine en onafhankelijke republiek, met Sékou Touré als president.
Guinee sloot zich snel aan bij de Sovjet-Unie na het vertrek van Frankrijk en omarmde het communistische beleid. Guinee daarentegen neigde naar een Chinese vorm van socialisme en het partnerschap was van korte duur. Desondanks bleven kapitalistische landen zoals de Verenigde Staten hulp en investeringen aan het land verlenen. Zelfs de relatie met Frankrijk verbeterde; de handel groeide na de verkiezing van Valéry Giscard d'Estaing tot Franse president, en de twee naties wisselden officiële bezoeken uit.
Touré riep de PDG in 1960 uit tot de enige legitieme partij. De regering en de PDG fuseerden de volgende 24 jaar. Touré was onbetwist voor vier termijnen van zeven jaar als president, en de kiezers kregen om de vijf jaar een enkele lijst met PDG-kandidaten voor de Nationale Assemblee. Touré werd al snel een polariserende leider, die pleitte voor een hybride Afrikaans socialisme in eigen land en panafrikanisme in het buitenland, en zijn regering werd intolerant voor kritiek, honderden gevangengezet en de pers verstikkend.
Gedurende deze periode nationaliseerde de Guinese regering het grondgebied, zette ze Franse en traditionele leiders af en verbrak ze de betrekkingen met de Franse regering en het bedrijfsleven. De economische toestand van Guinee werd net zo onzeker als zijn diplomatieke houding, weifelend tussen steun voor de Sovjet-Unie en (tegen het einde van de jaren zeventig) steun voor de Verenigde Staten. De regering van Touré viel echte en ingebeelde tegenstanders aan, dwong duizenden politieke tegenstanders tot ballingschap en beweerde plannen en samenzweringen tegen hem in binnen- en buitenland.
In 1970 hielpen expatriate Guinese oppositietroepen Portugese soldaten uit het naburige Portugees Guinee bij Operatie Groene Zee, een inval in Guinee. Het Portugese leger probeerde Sekou Toure te vermoorden of te arresteren vanwege zijn steun aan onder meer de PAIGC, een guerrillagroepering die actief is in Portugees-Guinea. De Portugese troepen trokken zich terug nadat ze de meeste van hun doelen hadden bereikt na vele dagen van intense gevechten. De frequentie van interne arrestaties en executies steeg tijdens het bewind van Sékou Touré.
Een monument ter herdenking van de militaire triomf tegen de Portugese aanval in 1970. Het enige doel dat de Portugese aanval niet bereikte, was de gevangenneming van Ahmed Sékou Touré.
Sékou Touré stierf op 26 maart 1984 in de Verenigde Staten na een hartoperatie, en werd opgevolgd door premier Louis Lansana Beavogui, die als tijdelijke president zou dienen totdat er nieuwe verkiezingen konden worden gehouden.
Op 3 april 1984 zou de PDG een nieuwe leider kiezen. Die persoon zou volgens de grondwet de enige kandidaat voor het presidentschap zijn geweest. Kolonels Lansana Conté en Diarra Traoré namen echter slechts enkele uren voor de conferentie de leiding in een bloedeloze staatsgreep. Traoré was premier tot december, toen Conté het stokje overnam als president.
Conté veroordeelde snel de mensenrechtensituatie van het vorige regime, liet 250 politieke gevangenen vrij en drong er bij nog eens 200,000 mensen op aan om terug te keren uit ballingschap. Hij maakte ook duidelijk dat hij het socialisme verliet, hoewel dit niets deed om de armoede te verlichten, en de natie vertoonde geen tekenen van vooruitgang in de richting van democratie.
Conté kondigde in 1992 een herstel van de burgerregering af, met presidentsverkiezingen in 1993 en parlementsverkiezingen in 1995. (waarin zijn partij - de Partij voor Eenheid en Vooruitgang - 71 van de 114 zetels won.) Conté's greep op de macht bleef sterk ondanks zijn beleden toewijding aan de democratie. Alpha Condé, de oppositieleider, werd in september 2001 gevangengezet wegens bedreiging van de nationale veiligheid, maar werd acht maanden later vrijgelaten. Daarna ging hij in ballingschap in Frankrijk.
Conté plande en won een referendum om de presidentiële termijn in 2001 te verlengen, en hij begon zijn derde termijn in 2003 toen de oppositie de peilingen boycotte. Conté ontsnapte in januari 2005 aan een vermoedelijke moordpoging terwijl ze een zeldzame publieke verschijning maakte in Conakry, de hoofdstad van Guinee. Zijn tegenstanders noemden hem een 'vermoeide tiran' wiens ondergang onvermijdelijk was, terwijl zijn aanhangers dachten dat hij de oorlog tegen dissidenten aan het winnen was. Guinee blijft voor grote uitdagingen staan en staat volgens het buitenlands beleid op het punt een mislukte staat te worden.
Toen opstandelingen in 2000 de grens met Liberia en Sierra Leone overstaken, raakte Guinee betrokken bij de instabiliteit die de rest van West-Afrika lange tijd had geteisterd, en een tijdje leek het erop dat het land op de rand van een burgeroorlog stond. Conté beweerde dat naburige leiders jaloers waren op de natuurlijke rijkdommen van Guinee, maar deze beschuldigingen werden fel afgewezen. Guinee sloot in 2003 overeenkomsten met haar buren om de rebellen te bestrijden. In 2007 braken protesten tegen de regering uit, met als hoogtepunt de benoeming van een nieuwe premier.
