Pygmee-volkeren waren de eersten die zich in de regio vestigden. Terwijl ze zich verplaatsten, verdrongen en assimileerden Bantu-stammen hen voornamelijk.
De eerste Europeanen kwamen in de 15e eeuw. In Gabon ontstond in de 18e eeuw een Myeni-sprekende monarchie die bekend staat als Orungu.
Bartholomew Roberts, een Welshe piraat die bekend staat als Black Bart, stierf op 10 februari 1722 op zee voor de kust van Cape Lopez. Van 1719 tot 1722 viel hij schepen aan langs de kusten van Amerika en West-Afrika.
In 1875 werd de eerste expeditie naar de regio Gabon-Congo uitgevoerd door de Franse avonturier Pierre Savorgnan de Brazza. Hij vestigde Franceville en diende vervolgens als koloniale gouverneur. Toen Frankrijk in 1885 Gabon formeel veroverde, woonden er veel Bantu-stammen in de regio die nu Gabon is.
Gabon sloot zich in 1910 aan bij de vier regio's van Frans Equatoriaal Afrika en vormde een federatie die duurde tot 1959. Op 17 augustus 1960 werden deze regio's onafhankelijk. Léon M'ba was de eerste president van Gabon, verkozen in 1961, naast Omar Bongo Ondimba als zijn vice-president.
Nadat M'ba aan de macht was gekomen, werd de pers onderdrukt, werden politieke bijeenkomsten verboden, werd de vrijheid van meningsuiting beperkt, werden andere politieke partijen geleidelijk aan uit de macht geduwd en werd de grondwet gewijzigd volgens de Franse regels om de macht te verwerven in het voorzitterschap, dat M'ba nam. Toen M'ba in januari 1964 de Nationale Vergadering ontbond om een eenpartijregering in te stellen, probeerde een legerstaat hem af te zetten en de parlementaire democratie te herstellen. Binnen 24 uur arriveerden Franse parachutisten om M'ba aan de macht te brengen.
Ondanks massale demonstraties en rellen eindigde de staatsgreep na een paar dagen strijd en werd de oppositie gevangengenomen. Tot op de dag van vandaag zijn Franse troepen gestationeerd in het Camp de Gaulle aan de rand van de stad Gabon. Bongo werd president toen M'Ba in 1967 stierf.
Bongo riep Gabon in maart 1968 uit tot een eenpartijstaat, ontbond de BDG en richtte de Parti Democratique Gabonais (PDG) op. Hij verwelkomde alle Gabonezen om mee te doen, ongeacht hun vroegere politieke loyaliteit. Bongo gebruikte de PDG als een middel om de regionale en tribale conflicten te verdrinken die eerder de Gabonese politiek hadden verdeeld om een verenigde nationale beweging te creëren ten gunste van de ontwikkelingsdoelen van de regering. In februari 1975 werd Bongo tot president gekozen; in april 1975 werd het vice-presidentschap afgeschaft en vervangen door het premierschap, dat geen automatische opvolgingsrechten had. Bongo werd herkozen voor een termijn van 7 jaar als president in december 1979 en november 1986.
Studenten en arbeiders organiseerden begin jaren negentig gewelddadige protesten en stakingen, aangewakkerd door economische onvrede en een verlangen naar politieke hervormingen. Bongo werkte sectorsgewijs met werknemers naar aanleiding van hun klachten, waardoor aanzienlijke loonsverlagingen werden doorgevoerd. Hij zei ook dat hij de PDG zou openen en in maart-april 1990 een nationale politieke conferentie zou houden om de toekomstige politieke structuur van Gabon te bespreken. De vergadering werd bijgewoond door de PDG en 1990 fracties. De regerende PDG en haar aanhangers werden opgesplitst in twee losse coalities, het United Front of Opposition Associations and Parties, waaronder de afgescheiden Morena Fundamental en de Gabonese Progress Party.
De conferentie van april 1990 keurde belangrijke politieke veranderingen goed, waaronder de oprichting van een nationale senaat, decentralisatie van het begrotingsproces, vrijheid van vergadering en pers, en de afschaffing van de noodzaak van een vertrekvisum. Bongo nam ontslag als voorzitter van de PDG in een poging om de overgang van het politieke systeem naar een meerpartijendemocratie te leiden, en er werd een overgangsregering gevormd onder leiding van een nieuwe premier, Casimir Oye-Mba. De resulterende regering, bekend als de Gabonese Sociaal-Democratische Groepering (RSDG), was kleiner dan de vorige en had leden van verschillende oppositiegroepen in haar kabinet. In mei 1990 kwam de RSDG met een tijdelijke grondwet die een basiswetboek en een onafhankelijke rechterlijke macht omvatte, maar de president ruime bestuurlijke bevoegdheden gaf. Dit document trad in maart 1991 in werking na aanvullend onderzoek door een constitutionele commissie en de Nationale Assemblee.
Het verzet tegen de PDG bleef echter bestaan na de bijeenkomst van april 1990, en in september 1990 werden twee pogingen tot staatsgreep ontdekt en verijdeld. Ondanks protesten tegen de regering na de onverwachte dood van een oppositieleider, won de PDG een sterke meerderheid in de eerste meerpartijen Nationale Vergaderingsverkiezingen in bijna 30 jaar in september-oktober 1990.
Na de herverkiezing van president Omar Bongo met 51% van de stemmen in december 1993, weigerden de oppositiekandidaten de resultaten te aanvaarden. Na ernstige burgerlijke onrust kwamen de regering en oppositiegroeperingen overeen te werken aan een politieke oplossing. Deze besprekingen resulteerden in de Akkoorden van Parijs, die in november 1994 werden ondertekend en waarin veel oppositieleiders deel uitmaakten van een regering van nationale eenheid. Deze regeling viel echter snel uit elkaar en de parlements- en gemeenteraadsverkiezingen van 1996 en 1997 vormden het toneel voor een terugkeer naar de partijpolitiek. De PDG behaalde een klinkende overwinning bij de parlementsverkiezingen, maar bij de gemeenteraadsverkiezingen van 1997 werden in veel grote steden, waaronder Libreville, burgemeesters van de oppositie gekozen.
In december 1998 ging president Omar Bongo met enorme meerderheid van stemmen naar de herverkiezing, ondanks een verdeelde oppositie. Ondanks talrijke vermeende anomalieën beschreven verschillende buitenlandse waarnemers de resultaten als representatief, en was er geen sprake van de gewelddadige onrust die aan de verkiezingen van 1993 voorafging. De PDG en geassocieerde onafhankelijken controleerden de Nationale Assemblee bijna volledig na vreedzame maar foutieve parlementsverkiezingen in 2001-2002, die werden geboycot door een aantal kleine oppositiepartijen en streng veroordeeld wegens administratieve fouten. President Omar Bongo werd in november 2005 herkozen voor een zesde termijn. Hij werd comfortabel herkozen, hoewel tegenstanders beweren dat de verkiezingen werden geteisterd door onregelmatigheden. Na de aankondiging van zijn overwinning waren er enkele geweldsincidenten, maar Gabon bleef over het algemeen kalm.
In december 2006 werden nieuwe verkiezingen voor de Nationale Assemblee gehouden. Het Grondwettelijk Hof keerde veel zetels terug die waren uitgedaagd vanwege onregelmatigheden bij de stemming, maar de PDG behield de controle over de Nationale Assemblee bij de tweede ronde van begin 2007.
President Omar Bongo stierf op 8 juni 2009 aan een hartstilstand in een Spaans ziekenhuis in Barcelona, het begin van een nieuw tijdperk in de Gabonese politiek. Rose Francine Rogombé, voorzitter van de Senaat, werd op 10 juni 2009 benoemd tot interim-voorzitter, in overeenstemming met de herziene grondwet. Op 30 augustus 2009 werden de eerste competitieve verkiezingen in de geschiedenis van Gabon gehouden zonder Omar Bongo als kandidaat, met 18 kandidaten voor het presidentschap. In de aanloop naar de verkiezingen waren er enkele kleine demonstraties, maar geen grote verstoringen. Na een evaluatie van drie weken door het Grondwettelijk Hof, werd Omar Bongo's zoon, leider van de regeringspartij Ali Bongo Ondimba, officieel uitgeroepen tot winnaar; zijn inauguratie vond plaats op 16 oktober 2009.
Veel oppositiekandidaten beweerden verkiezingsfraude en de eerste bekendmaking van de verkiezingsresultaten leidde tot ongebruikelijk gewelddadige demonstraties in Port-Gentil, de op een na grootste stad van het land en een lange tijd een bolwerk van verzet tegen de PDG-administratie. Inwoners van Port-Gentil renden de straat op en staken een aantal bedrijven en huizen in brand, waaronder het Franse consulaat en een plaatselijke gevangenis. Volgens officiële cijfers kwamen bij de rellen slechts vier mensen om het leven, maar volgens de oppositie en lokale leiders waren het er nog veel meer. Om de worstelende politie bij te staan, werden gendarmes en het leger naar Port-Gentil gestuurd en werd er een avondklok ingesteld voor meer dan drie maanden.
In juni 2010 werd een gedeeltelijke wetgevende tussentijdse verkiezing gehouden. Voor het eerst nam een nieuw gevormde coalitie van partijen, de Union Nationale (VN), deel. PDG-overlopers die de partij verlieten na de dood van Omar Bongo, vormen de meerderheid van de VN. De PDG won drie van de vijf fel bevochten zetels, terwijl de VN er twee won; beide partijen claimden de overwinning.